1、法律性质不同：刑事羁押是保障刑事诉讼顺利进行的强制措施，本身不具有惩罚性;行政拘留 对违反治安管理处罚法的人采取的，具有处罚性质。司法拘留是对妨害民事诉讼行为的人采取的具有惩罚性质的措施;
2、适用对象不同：刑事羁押现行犯或者重大嫌疑分子;司法拘留实施了妨害民事诉讼行为的人，既包括民事诉讼参与人，也包括案外人;行政拘留违反治安管理处罚法，尚不构成犯罪的人。
3、法律依据不同：刑事拘留《刑事诉讼法》;司法拘留《民事诉讼法》; 《治安管理处罚法》、《行政处罚法》等行政法规。
4、适用目的不同：刑事拘留防止犯罪嫌疑人逃跑、自杀或者继续危害社会，保证刑事诉讼的顺利进行;司法拘留保障民事诉讼的顺利进行;行政拘留惩罚一般的行政违法者。
5、适用机关不同：刑事拘留由公安机关、人民检察院决定，公安机关执行;司法拘留由人民法院决定，司法警察执行，交公安机关有关场所看管;行政拘留公安机关。
羁押则是在人民法院决定逮捕或者人民检察院批准逮捕，并且实施逮捕以后把人犯羁押起来;执行逮捕的机关，即人民法院、人民检察院和公安机关，都可以在逮捕人犯后实施羁押。”行政拘留指将违反治安管理的人关在公安机关拘留所内，一般不超过十五天，合并处罚最长不超过二十天 。行政拘留是最严厉的行政处罚。被处罚人对治安管理处罚决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
案件的办理应该按照我国的法律规定和案件情况进行办理，公安机关和检察部门在羁押的时间内对案件进行审理，如案件情况复杂或者交通不便利的地区时，应该延长对违法人员的羁押时间，调查案件的实际情况。
延伸阅读：
有关超期羁押的法律规定
超期羁押国家赔偿标准
先行羁押折抵刑期是否可以
