公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，属于行政协议。公民、法人或者其他组织就下列行政协议提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理：
(一)政府特许经营协议;
(二)土地、房屋等征收征用补偿协议;
(三)其他行政协议。
公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，参照民事法律规范关于诉讼时效的规定;对行政机关单方变更、解除协议等行为提起诉讼的，适用行政诉讼法及其司法解释关于起诉期限的规定。
对行政协议提起诉讼的案件，适用《行政诉讼法》及其司法解释的规定确定管辖法院。
对行政机关不依法履行、未按照约定履行协议提起诉讼的，诉讼费用准用民事案件交纳标准;对行政机关单方变更、解除协议等行为提起诉讼的，诉讼费用适用行政案件交纳标准。
《行政诉讼法》第四十六条 公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
由此可以看出：
1.公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，参照民事法律规范关于诉讼时效的规定(一般的诉讼时效是3年。如果一直不知道,过20年就不保护了)
2.对行政机关单方变更、解除协议等行为提起诉讼的，适用《行政诉讼法》及其司法解释关于起诉期限的规定(一般为6个月)
综合上面所说的，对于行政协议不认可的，那么是可以利用诉讼的方式来进行解决，但前提一定要有合法的证据，以及还在规定的时效之内进行处理，并且在确定的管辖法院进行处理，不然自己的权益是不会受到法律保护的。
延伸阅读：
行政诉讼时效的法律规定有哪些
行政诉讼判决有哪些种类?
行政法全文中对行政诉讼是如何规定的
