畜牧业行政处罚自由裁量权需要在公平的，合理的正当范围之内行使。行使行政处罚自由裁量权，应当以法律为依据，做出的行政处罚自由裁量应与违法行为的事实、性质、情节及社会危害程度相当。
行使自由裁量权时必须以事实为依据，以法律为准绳，全面分析违法行为的主体、客体、主观方面、客观方面等因素，对违法行为处罚与否以及处罚的种类、幅度进行判断，并作出相应的处理决定。对于性质相同、情节相近、危害后果基本相当的违法行为，在实施行政处罚自由裁量时，使用的法律依据、处罚种类及处罚幅度应当基本相同。
1、自由裁量权的行使，要公正、善意、合乎情理。
公正，就是在行使自由裁量权时要出于公心，做到“相同情况相同处理，不同情况不同处理”;善意，就是行使自由裁量权时，要出于善良的意愿，不是图报复;合乎情理，就是行使自由裁量权时，要合乎人们的正常思维，是出于一个正常人的通常考虑而做出的行为。要合乎符合社会客观规律，如责令当事人撤除侵权商品上的商标标识，应视数量的多少而定，不能要求几分钟内完成。
2、自由裁量权的行使，要仅为正当目的。
仅为正当目的，是针对非正当目的而言的。非正当目的，是指出于私利等非正常的考虑。“私利”是一个广义的概念，可分为“直接私利”和“间接私利”两种。“直接私利”是指，自由裁量权的行使，直接能给行为人带来经济上或政治上的好处;“间接私利”是指，自由裁量权的行使，虽然不能直接给行为人带来好处，但是却能给行为人带来未来的、可期待的经济利益或政治利益。如当事人违法事实轻微，却被处以最高额的处罚，显属对自由裁量权的滥用。
3、自由裁量权的行使，要合乎法的目的。
任何法律、法规的制定，都有它的价值取向，那就是法所追求的目的。自由裁量权的行使如果偏离乃至离法的目的，必然导致行政不合理，自由裁量权也就成了个人私利、图报复的工具了。如为罚款而罚款，为完成罚款任务而执法，既属次种情形。
行政处罚这方面的权利在我们国家是有非常明确的规定的，通常状况之下不同领域的行政机关所作出的行政处罚的权利都是不一样的，但是在行使行政处罚自由裁量权的时候，是有非常明确的原则性的规定的，比如说必须要与违反事实的性质，还有就是情节的严重程度相当。
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