调解制度作为解决纠纷的一种机制，是中国固有的传统，是享有"东方经验"之美誉的法院调解制度，被视为法院行使审判权诉讼制度中占有重要位置。其本质上是一种合意为核心要素的解决纠纷的方式，是私法纠纷领域的廷伸，是一种当事人主义。在审判实践中，由于缺乏明确具体的规定，民事调解制度存在如下缺陷:
合法是民事诉讼调解有效的前提，含概了程序合法、实体合法。中国民事诉讼法规定，法院调解贯穿于审判程序的全过程，这意味着调解没有独立的程序。法官可以随时组织当事人调解，启动调解程序的随意性较大，造成诉讼调解中法官中心地位和主导作用过于突出，有悖于当事人主义的调解原则，使双方当事人诉讼权利受到一定压制，当事人自由选择纠纷解决方式的诉讼权受到侵害，同时也为"强制调解"、"恣意性调解"留下了广泛的空间，失去法院调解所具有的独特的公正价值。
2、民事调解制度缺陷二：是调解无具体期限，限制当事人的上诉权。
中国的法院调解制度所采取的是调审合一的模式，即调解和审判可以动态转换，法官可以随时主动地决定进入调解程序。较之判决，调解可以使法官在相对的时间内提高办案数量、回避法律适用，减少上诉案件，法官的风险最大化地降低，这无疑促使法官更多地适用调解。也变相剥夺了当事人的上诉权，限制了上一级法院的司法监督功能。中国《民事诉讼法》第89条规定"调解达成协议，人民法院应当制作调解书，调解书应当写明诉讼请求、案件的事实和调解结果。……调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。"调解协议一经生效，即表明当事人之间的争议已经解决，产生与生效判决同等的效果，除个别特殊案件(如调解和好的离婚、维持收养关系的案件)外，不得再行起诉、上诉，因而审判监督机制难以发挥作用。同时，由于调解协议或送达回证上的签字属于自愿，当事人尽管可能无奈，但也只好忍气吞声。而且正是由于这种"自愿"，除严重违反程序外，使当事人无法提出充分证据，从而导致再审的机会几乎为零。
法官对当事人自愿达成的调解协议的合法性负有审查义务，但在多数情况下，调解是由当事人自行协商形成一致意见后，再诉至法院，有的案件当事人恶意串通，为逃避他人债务以诉讼调解的方式转移财产、规避法律责任，较为常见的有调解假离婚、假抵债、假清偿，这类案件的调解，往往是事后才发现调解目的恶意并损害了第三人利益，中国法律对这种调解行为缺乏相应的预防和补救措施。
