(一)启动程序不同
首先，应当说鉴定是一种被动的行为。它是鉴定组织应纠纷双方或纠纷处理部门的要求，对纠纷中的一些专门性问题进行科学的分析、理性的判断，最后得出结论性意见的行为。因此，任何鉴定都存在鉴定启动的问题，即谁有权委托鉴定组织进行鉴定。医学鉴定由卫生行政部门委托或医患双方当事人共同委托两种启动方式。前者属于行政鉴定，解决的是行政处理医疗纠纷中的专门性问题，即是否属于医疗事故的问题和赔偿调解问题。后者属于自行委托的鉴定，其作用在于给双方当事人一个判定的标准。
司法鉴定是独立于自行委托鉴定和行政鉴定之外的一种鉴定。目前根据我国法律和相关司法解释的规定，司法鉴定的启动一般是由双方当事人申请或法律服务机构申请，委托社会上依法设立的司法鉴定机构进行鉴定。司法机关对案件中的专门性问题认为需要鉴定的，也可以指令或直接委托专门司法鉴定机构进行鉴定。
因此，从比较医疗鉴定与司法鉴定的启动程序可以看出，二者的启动程序是不同的。由于司法处理是目前法制国家认同的所有纠纷最终救济途径，司法处理具有绝对的权威性。加之司法鉴定在启动之前，双方的医疗纠纷已经起诉至法院，法官对于案件的全部情况有比较清楚的认识和了解，对于案件中存在的疑难问题、专业技术问题以及法律问题都有比较全面的认识，显然法官委托鉴定可能有更强的针对性，提供的材料更加客观、真实、全面。因此，从鉴定程序的启动上看，司法鉴定优于医疗鉴定。
(二)鉴定人员的组成不同
根据《医疗事故处理条例》的规定，省、市两级医学会分别组建辖区范围内的医学专家库，由双方当事人从专家库中抽签选择医学专家参加医学鉴定，鉴定人员是都具有高级技术职称的医学专家。
而司法鉴定是由司法鉴定机构组织两名以上具备司法鉴定人资格的法医学专家主持鉴定，同时可特邀或聘请临床医学专家参加鉴定。
医学鉴定和司法鉴定都有临床医学专家的参与，所不同的是，参加鉴定的医学专家数量的多少和在鉴定中的主次地位。因此，医学鉴定、司法鉴定各有利弊。但是，鉴定毕竟是一项法律服务的特殊工作，有特殊的鉴定思维和鉴定方法。这其中还涉及法律问题、证据审查和甄别以及事实认定等问题。因此，单纯的临床医学专家开展鉴定很难让鉴定做得完美。
在国外有些发达国家虽然没有医疗事故技术鉴定制度，但是他们有类似的一些做法，比如专家听证仲裁制度等。一般主持听证的都是医学专家，同时邀请医疗律师到场作法律指导。从这个角度看，从事司法鉴定的法医能够将医学知识与法律结合的更融洽。
(三)鉴定的组织者不同
鉴定是一种依照法律规定，有组织、有秩序进行的社会行为。强调鉴定的法律程序性，不得违反公平、公正和科学的原则，任何影响公正的因素都可能影响鉴定的效力。因此，鉴定的组织者也是鉴定中的一个重要因素。
根据《医疗事故处理条例》和《医疗事故技术鉴定暂行办法》的规定，医学鉴定由医学会负责组织。一方面医学会组建本辖区的专家库;另一方面，由医学会设立医学鉴定办公室承担鉴定事务。医学会在整个医学鉴定过程中扮演了组织者的角色。
司法鉴定的组织者是司法鉴定机构，其在鉴定中的功能与作用，与医学会相比并没有明显的差别。但是司法鉴定机构与医学会二者，在与医疗机构的关系上却有明显的不同。
医学会虽然是一个独立的社会团体，但他由于在卫生行政机关挂靠，由政府出资设立，并由当地卫生行政官员管理，实质上它与卫生行政机关及医疗机构有着千丝万缕的联系，一些医疗机构及其医务人员就是医学会的会员(单位)。而司法鉴定机构隶属于不同的司法机关，是在司法行政机关登记注册并受其监督的公益性社会组织，其与医疗机构的组织关系相对松散，受到医疗机构的影响相对较少。因此，在医疗事故处理的过程中受到患者及其家属的青睐。
在涉及民事赔偿的医疗纠纷诉讼案件中，如果当事人没有特别强调违约问题，目前一般是将医疗损害事件作为侵权纠纷来处理。因此，法官需要解决的问题是医疗损害事件是否符合侵权责任构成的四个要件：
1、损害行为，通俗讲，就是医院在治疗、抢救的过程中存在的医疗过错行为。这里需要提醒广大患者及其家属，这里所讲的过错行为是现实存在、并且可以用相关证据证明的过错行为。
2、损害结果，就是给患者及其家属造成的功能障碍、器官缺损、身体残疾、患者死亡的结果;如果患者及其家属手头上有诊断证明、相关检查报告。可以客观的证明受到的损害后果的，就可以作为损害后果的证据。
3、损害行为与损害结果之间是否具有因果关系;这是医疗纠纷中的核心和难点，由于患者到医院进行治疗时本身就是存在其他疾病的，怎样区别损害后果是由于原发疾病造成的，还是医院的医疗损害造成的，需要通过鉴定来区别，再划分责任大小。在法律的责任划分上讲求直接的因果关系，也就是说，患者的伤害后果就是由于医院的医疗过错行为造成的，在能够确定这样的情况下，医疗机构就应当承担相应的法律责任。
4、医疗行为本身是否具有过错。该条应当说是属于结论性的了。在判定上需要医疗专业技术的支持。
而其后3、4两个要件，由于医疗行为的特殊性和专业性，法官难以判断真伪，即使医疗机构对这两个问题进行举证，法官也难以从医疗机构提供的证据中做出正确的判断。因此，法官更多地需要专业鉴定机构来解决这些问题。司法鉴定正是满足了法官的这一要求，在鉴定中着重解决医疗行为是否具有过错，过错的医疗行为与损害后果之间是否具有因果关系。
但是，医疗事故鉴定却难以解决问题。虽然根据《医疗事故处理条例》和《医疗事故鉴定办法》的规定，医学会专家组做出的鉴定应当包括上述特定内容。但是，由于传统思维和卫生行政处理的特定要求的原因，目前医学会做出的鉴定结论仍然只注重是否属于医疗事故;如果构成医疗事故的，医疗事故的级别等等。这就使得医学鉴定不能满足司法审判的需要，导致法官不得不重新启动司法鉴定程序。
