国务院《医疗事故处理条例》(以下简称《条例》)和最高院的《最高人民法院关于参照<医疗事故处理条例>审理医疗纠纷民事案件的通知》(以下简称《通知》)相继出台后，医务界、法学理论界以及审判实务界对医疗损害赔偿纠纷案件的适用法律问题一直争议不休。同一医疗事故中，由于法律的原则适用问题，在选择适用哪部法律上存在争议。
对医疗损害赔偿纠纷究竟应该适用《中华人民共和国民法典》(以下简称《民法典》)还是《条例》，有观点认为，按照特别法优于普通法这一基本的司法的原则，应优先适用《条例》，因为《民法典》属于普通法，《条例》属于特别法，特别法应该优于普通法而优先适用;另有观点认为，按照法律的高阶位优先适用的原则，《民法典》属于上位法，《条例》属于下位法，当上位法和下位法的法律规定不一致的时候，应优先适用上位法即《民法典》及《解释》;还有观点认为，按照《条例》第四十九条二款“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任”的规定，当然不能再适用《民法典》和《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》(以下简称《解释》)。又有观点认为，《民法典》的法律效力高于《条例》，且《民法典》与《条例》也不是基本法与特别法的关系，从有利于实现当事人的合法权益最大化出发，应按《民法典》和《解释》的规定进行处理，这也是以人为本司法理念的体现和对人的健康、生命的尊重。而在处理医疗事故引起的医疗赔偿纠纷案件时必须严格按照《条例》的规定适用法律，而不能适用《民法典》和《解释》，只有不构成医疗事故的其他医疗纠纷的人身损害赔偿案件，才能适用《民法典》和《解释》的规定处理。
因此，审理医疗事故损害赔偿案件应适用《医疗事故处理条例》，而不能适用《民法典》及司法解释的相关规定;对共同侵权人，在无法区分责任大小的情况下，应由侵权人共同承担赔偿责任。
在医疗机构提出不构成相关医疗纠纷的声明和抗辩时，并且有足够的证据证明相关事件是医疗事故导致的，应优先适用《条例》的规定。而且《条例》的相关规定显示了分散医疗机构承担医疗事故风险的趋势，不仅保护了患者当事人民事权利，又缓冲了医疗机构的赔偿负担。
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