明隆庆三年（1569年）六月，海瑞以右佥都御史巡抚应天府（今江苏、安徽大部）。上任之初，海瑞将他在淳安、兴国当县令时所订的条约，稍为润色加工，制订了《督抚条约》三十五条，接着又订了《续行条约册式》九条，作为前者的补充。《督抚条约》寄托了海瑞力除社会种种弊端，极力革弊布新的希望。
海瑞自嘉靖三十二年（1553年）被任命为福建省南平县教谕后步入官场，历任淳安知县、兴国知县、户部主事、尚宝司丞、南京通政司右通政、都察院右佥都御史、南京右都御史等职，其间曾因得罪权贵而两度罢官，还曾因上疏批评皇帝而下狱。海瑞在从政期间，亲身体验了官场种种弊端的危害。海瑞所处的嘉靖年间，可谓“仕途如市，入仕者如往市中贸易，计美恶，计大小、计贫富，计迟速”。为保住官位和谋求升迁，下级对上级极尽阿谀奉承之能事，官场中的吃喝风愈演愈烈。正所谓“纳贿受赂，公行无忌”，“无官不赂遗”，“无受不盗窃”。海瑞认为，造成“国病民冤”、“民间困苦日甚一日”的原因，“第一是官吏贪污”。因此，极力主张整顿吏治，提倡廉政。
海瑞在从政期间颁布了许多行政法规和告示，其中有《兴革条例》、《参评》、《禁约》、《督抚条约》、《续行条约册式》、《禁馈送告示》等。如《兴革条例》和《禁馈送告示》是海瑞任淳安县知县时制定的，前者对知县、县丞、里长及县中吏，户、礼、兵、刑各房的职责和考核标准都一一作了规定。其中规定知县报到或旧官离任，不许送迎，不许“滥受缎席，逾制劳人”。后者规定：“今后凡有送薪送菜入县门者，以财嘱治罪。”“接受所部内馈送士宜礼物，受苔四十，与者减一等。”《督抚条约》则集中了海瑞以往给自己和下属官吏规定的法规和制度。其主要内容有：
一是禁止属官在接待自己时讲排场、摆阔气。如规定自己到各府、州、县时，官吏不许出城迎来送往（“官吏不得出郭迎送”）；各下属官员都要穿戴各自官阶等级的服色来见，不许如同初来时那样身穿素服（因海瑞妻妾在隆庆二年相继去世，故属官穿素服示哀）（“各属官俱用本等服色见”）；到达各处不许用鼓乐（“本院到处不用鼓乐”）；凡是外出视察，所到县驿都不许铺地毯张灯结彩（“所在县驿俱不许铺毡结彩”）。
二是反对侈靡之风，力主节俭。如规定自己巡视各县，只在原有公所找可以暂时居住的地方就行了，不许改修新的住所，其住所中的设施、砚池、桌椅、帷帐等物，随便即用，不要重新制作。所到之处的接风宴，只用鸡、肉、鱼、小瓶酒等物，不用鹅和金酒（或指以金器饮酒）。物价贵的地方，用银不超过三钱；物价贱的地方，用银不超过二钱，灯烛柴薪消耗也算在内。当时御史都备有官船，各府各院也都有一二只。海瑞下令将自己和各府各院的船只和水手银两革去一半。他甚至详细规定各官参见时的名帖要用廉价的草纸，不用硬壳的封底封面，最后不留空白纸。（“用价廉草纸，前后不著壳，后不留余纸”）。
三是反对贪污及化公为私。如规定不得侵吞仓库物质，对此法律上要有明文处置条例（“侵欺仓库，律有明条”），“本院非为公为民，决不支用。”不准用公物“充人情”、请客送礼，规定只能公事用公银，办私事要用自己的俸金，如果“不分公私，混行支用”就要以贪赃论。海瑞明确规定，公银用来办公事，有需要的话就向上打报告。“拜客帖”、“私衙烛”、“请过客”、“请同僚乡官”，“行庆、行吊”等情况要自掏腰包。“其有不分公私、混行支用，虽额数余银，亦以赃论”，如果公私混用，尽管正常的经费有结余，也算贪赃枉法。
四是反对行贿受贿。规定不许给官署及长官送礼行贿。为了防止书吏收取贿赂，要求巡捕官对书吏进行搜身检查，如果行贿的是官，要加重处罚。#p#分页标题#e#
五是用经济办法惩处渎职的属官，如规定官军不能按时领到月粮，府州县官也不能支取，或者把府州县官的米、银扣发给官军。
海瑞的《督抚条约》颁行后，对他所管辖地区官吏的贪赃侵渔起过一定的抑制作用。据当时人黄秉石讲：“令下无敢不执行者，一时传诵。民情若出汤火。”梁云龙说：“令既布，严乎烈日秋霜，风物顿易。”另据《海忠介公年谱》记载：《督抚条约》和《续行条约册式》颁布后，“郡县官吏凛凛竞饬，贪污者望风解印绶而去。权豪势宦，敛迹屏息，至移他省避之。有显者朱丹其门以居，闻公明月降至，一夜遂易而黝。监造中官费某，素骄侈纵，出入肩舆八人，驺从甚者。一日见公，即内愧贬损，不能自安，所用肩舆人遂减其半。其政治精明严厉成效如此。”然而，七个月后，海瑞这个巡抚便被赶下了台，于是，《督抚条约》也成了一纸空文。
究其原因，是有着复杂深刻的社会背景的。
应天府是明代经济、文化最为发达的地方，是明皇朝经济重心之所在，但又是历来素号“繁剧难治”之区。自明初以来，江南地区不法官吏往往与当地豪绅大户串通一气，贪赃枉法，敲榨勒索，谋财害命，成为地方百姓的一大祸害。海瑞遵照朝廷的法令与条例，根据江南的具体特点，并参照他在南平、淳安、兴国的施政经验，慨然以澄清天下自任，竭尽心力，一意挫豪强，抚穷弱。他严厉整饬吏治，先后颁布反腐条约，斥黜贪墨，搏击豪强，矫革浮淫，厘正宿弊。海瑞自己论《督抚条约》时说：“化民易俗，知府为之，功在一府；知县为之，功在一县”，“尤其是县令，称官则一邑之人春温，不称官则一邑之人秋杀”。所谓“欲安百姓先守令”，而要正守令，就要正司道、抚按、阁部诸大臣，最终“归本于君身”。要皇帝老子也限制自己，这只能是海瑞自己的政治空想。尽管海瑞制订条约限制官吏，目的是为皇朝“立千百年基业”，但在封建社会里却难以做到。正因为由于《督抚条约》危及了官吏、大臣们的切身利益，因此海瑞接连遭致弹劾、攻击。
黄仁宇先生在《万历十五年》一书中，对海瑞有专门的篇章予以评述。在评述海瑞上任南直隶（应天府）新职时说，海瑞下车伊始，就把他的《督抚条约》在所治各府县公布，“这些规定，有的不免失之琐碎苛细，本来就会发生问题的。”在全国最富庶的地区，而且是历来号为难治的地区，任命这样一位不由进士出生的人担任巡抚，已属罕见，更何况以海瑞的性格任斯职，有识见的人早就料到必然引起不良的后果。同时，黄仁宇先生还分析，海瑞“最后的垮台，则是因为他干预了境内的农田所有权所致。”结果，“事实不出所料，八个月之后，他遇到参劾而被迫退休。”
海瑞的同乡门生梁云龙曾将海瑞出山的主要工作概括为“正官民界限”，意思是，江南一带的千百官员利用权力摊派各种劳务和费用，官吏侵犯平民，百姓将官吏看成病害。现在海瑞来重新制定规矩，一项一项的消减摊派，将官民界限重新调正了。吴思先生在《潜规则》一书中说，海瑞最后一次出山，干了三件惊世骇俗的事，其实质都属于“正疆界”。建议恢复严刑是其一，大规模消减摊派是其二，杖责御史是其三。海瑞忠君爱民，高举义旗，反击官吏集团的侵吞蚕食，结果，用他自己的话来说，很快就感觉到“窝蜂难犯”，攻击者连他家里的婆媳关系和妻妾关系都抖搂到皇上面前。由此可见，官僚集团对本方疆界把守甚严，反应迅速，反击有力，而且不择手段。
于是，海瑞败下阵来，气愤地说：“这等世界，做得甚事业！”
