妇女由于未经治疗的感染而长期并发症的风险更大。女性未经治疗的淋病感染可能会提升女性生殖道，并累及子宫，输卵管和卵巢。这种情况被称为骨盆炎（PID），会引起严重和慢性疼痛并损害女性生殖器官。PID也可能由其他性传播疾病引起。妇女还可能发展为输卵管阻塞或结疤，这可能会阻止将来怀孕或引起异位妊娠。异位妊娠是受精卵在子宫外植入时。淋病感染可能会在分娩时传播给新生婴儿。
男性可能会遇到尿道疤痕。男性在阴茎内部也会出现疼痛性脓肿。感染会导致生育力或不育性降低。
当淋病感染扩散到血液中时，男人和女人都会经历关节炎，心脏瓣膜损伤或大脑或脊髓内层的炎症。这些是罕见但严峻的条件。
