在小说《三国演义》中，华佗因为想要用斧头劈开曹操的头颅，给曹操治疗头痛病，遭到了曹操的猜疑，被曹操关进监狱后虐待而死，说实话，并不怪曹操猜疑，那个时代的任何一个人要是听到华佗要劈开他的脑袋才能治病，恐怕都会怀疑这个医生想要谋害性命。当然这只是杜撰出来的，在真正的历史上，华佗并没有提出过给曹操做开颅手术，曹操杀死华佗的原因也并不是出于猜疑，实际上站在曹操的立场上来看，华佗确实该杀。
华佗年轻的时候原本是一位读书人，朝廷曾经多次邀请华佗做官，但是那时候的华佗一直潜心研究医术，始终没有接受朝廷的征召。后来华佗开始提壶济世，转行做了一名医生。华佗的医术非常的高超，每一次都能起死回生，凡是他接手的病人，基本都会痊愈，这样的医术放眼整个天下，也没有谁有这个本事了。当然随着华佗的名声越来越大，很多名人都纷纷找华佗医治。
广陵太守陈登换上了厌食症，胸中烦懑而脸上通红，这其实是陈登常吃成鱼片导致的一种疾病，不过当时的人们对此认识不足，医生也找不到病根，自然也就无法为陈登治病。后来华佗给陈登开了一个药方，陈登吐出来了一大堆的虫子，厌食症立刻就好了。华佗临走的时候告诉陈登，以后这个病还会在三年后复发，到时候再找他就可以，那个时候就是真正痊愈之时。可惜的是，陈登再次发病的时候却没有找到华佗，而陈登最终也没有痊愈，反而就此失去了生命，这不能不说是一种遗憾。
曹操听说华佗的高超医术后就将华佗请到了自己身边，为的也是曹操自己的顽疾，他从年轻的时候就一直被头痛病困扰，称得上是遍访名医，但是始终没有什么好的办法治疗这个疾病，即便是缓解头痛都做不到。所以，当曹操听说华佗给陈登治病的事情后，立刻派人将华佗请到了身边，让华佗专门为自己医治头痛病。
不过两人的相处却并不愉快，曹操每次心乱目眩的时候，华佗都用针灸来为曹操缓解疼痛，但是曹操要的并不是缓解疼痛，而是彻底治疗头风。华佗也并没有隐瞒，而是选择实话实说，他告诉曹操这个是顽疾，不是一天两天就能治愈的，需要持之以恒的治疗，这样的话才能延长曹操的寿命，曹操也并没有怀疑，于是将华佗留在了身边，但不久之后，华佗就告诉曹操自己收到了家书，要回家看看，曹操不疑有他，就让华佗回了家。
华佗回家之后就不想回去了，写信告诉曹操自己老婆得了病，需要自己照顾，眼看曹操给的假期到了，华佗一次次争取延长假期，终于将曹操的耐心磨没了，曹操要求华佗赶紧回去。并且让郡县直接征发遣送，而华佗的倔脾气也上来了，他就是不肯回去。曹操觉得事出反常，就派人到了华佗的家乡（华佗和曹操是老乡）去看明情况，倘若华佗的老婆真的病了，那么该赐的赐下去，该慰问的慰问，倘若她没有生病，那就把华佗绑回来。使者去一看，华佗的老婆好好的，近期并不曾生过病，然后华佗就被绑了回去，关进了监狱，和犯人一样接受拷问，荀彧还曾为华佗求过情，但是曹操不为所动，最终华佗死在了狱中。
曹操处死华佗其实算不得什么大事，而且华佗也确实该杀，虽然曹操并没有称帝，但从某种程度上来说，华佗欺骗曹操说自己老婆病了才在家中不肯回去，这就是欺君之罪，而且华佗还在曹操命郡县征发遣送的时候拒绝配合，这同样是大罪，如果这样的人都能被原谅，那曹操何以取信于部下，何以取信于天下？
那么曹操就不怕华佗死后，再也没有人治好自己的病了吗？曹操说过这样一句话：
“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重，然吾不杀此子，亦终当不为我断此根原耳。”
这里的意思可以理解为华佗想要挟曹操，为的是什么呢？或许就是想谋个一官半职，要知道医生在当时实际上只是个低贱的职业，属于方技的一种，并不被尊重，而华佗原本是士族出身，年轻时候自由散漫也就罢了，年纪大了突然又后悔没有做官，所以想借着为曹操治病的机会谋个一官半职，或许华佗真的动过这样的念头。
也或许华佗就是不喜欢待在曹操身边，他自由散漫惯了，然后回到家后又自恃医术高明，就是不肯听曹操的话回去。但是这个说法似乎也说不大过去，毕竟医者父母心，华佗遇到曹操这个病人不至于就是不肯给他治病，而且曹操并没有限制华佗的自由，他还是可以离开，只是不能离得太远而已。
不管怎样，曹操将华佗处死了这是事实，而华佗犯了大罪也是事实，曹操并非没有容人之量，实在是华佗自己作死。至于中间的那些曲折经过，或许已经不重要了，历史记住的是华佗为我国的医术所做出的巨大贡献。
