太平洋战争爆发之前，在菲律宾群岛居住的日本人超过了4万人，这些人源源不断地将各类信息发回本土，因此对于菲律宾的军事实力，东京可谓是了如指掌。大本营认为，只要海军奇袭珍珠港能够成功摧毁美国太平洋舰队主力，日本联合舰队在西南太平洋的所有军事行动都会畅通无阻。至于驻扎在菲律宾的美国亚洲舰队，在大日本帝国海军眼中，不过是小菜一碟而已。马尼拉是菲律宾政治、经济和文化中心，其北部的克拉克机场和西南方向的甲米地是美国远东最大的海、空军基地，因此马尼拉的地位对于菲律宾来说举足轻重，占领马尼拉就相当于占领了菲律宾。因此大本营在制定作战计划时，固执地将攻占马尼拉定为第十四军作战的首要目标。参谋本部片面地认为，美国人绝对不会放任马尼拉被日军占领，这样在马尼拉周围的平原地带势必形成双方的主力决战，日军可借此歼灭美菲军主力，一举奠定胜局。
如果说对珍珠港属于纯粹的奇袭作战，马来亚带有奇袭作战性质的话，大本营为菲律宾战役选择的攻略，是堂堂正正的正面作战。即首先通过航空作战取得制空权，之后实施多点登陆，围歼美菲军主力于马尼拉附近的平原地带。对登陆地点的选择，大本营经过认真分析后选中了距离马尼拉较近、地势适宜登陆作战的林加延和拉蒙两个海湾。
参与菲律宾作战的不仅仅只有本间的第十四军，今村均中将的第十六军将负责攻占南方菲律宾的第二大岛棉兰老岛，并将该岛作为第十六军下一步实施荷属东印度作战的前进基地。这样，第十四军就可以集中精力攻打吕宋岛，并歼灭那里的美菲军主力部队。
相比于山下奉文的第二十五军和今村均的第十六军来说，本间的第十四军实力稍弱。军主力只有两个师团和一个旅团，即第十六师团、第四十八师团和独立混成第六十五旅团。日本陆军共有三个机械化师团，其中的近卫师团和第五师团分给了山下奉文，剩下的第四十八师团划给了本间的第十四军。
如果仅仅说第四十八师团，我们可能并没有太深的印象。但是一提大名鼎鼎的波田支队，我们就会一下子想起来武汉会战。当年的1938年8月4日，就是这个波田支队率先攻克江西瑞昌，拉开了武汉会战的序幕。1939年，立下赫赫战功的波田支队正式改编为台湾混成旅团，旅团长由当时还是少将的饭田祥二郎担任。之后这支部队参加了日军攻占海南、广西的战役，随后驻扎在海南岛。1940年11月30日，大本营决定以该部为基干组建第四十八师团，代号为“海”，师团长为土桥勇逸陆军中将。由于该师团常年驻扎台湾、海南，还有多年在中国南方地区征战的经历，使得官兵非常适合在菲律宾这样的热带地区作战。值得一提的是，这个师团里还有数百名骁勇彪悍的台湾高山族士兵。
相比之下，对于国人印象更深的是代号为“垣”的第十六师团，这支臭名昭著的部队是南京大屠杀的元凶之一。淞沪会战之后，第十六师团奉命向南京追击从上海撤退的中国军队。在当时的师团长中岛今朝吾中将的率领下，先后攻占了熟、苏州、无锡、常州、丹阳、句容等地，进抵南京东郊的紫金山一线。该师团沿途烧杀淫掠，其暴行不胜枚举。当时被日本报纸大肆宣扬的“百人斩”比赛选手野田毅、向井敏明就来自于该师团。第十六师团作为17个甲种师团之一，多年在中国战场浸淫，实力自然不可小觑。战前的师团长是森冈皋陆军中将。
相对于以上两支虎狼之师，代号为“夏”的独立混成第六十五旅团似乎就有点拿不出手了，他们原本不过是日本国内的一支治安部队，本来是准备菲律宾战役结束后负责该地区的治安的。后来由于第四十八师团被提前调往第十六军，参加荷属东印度作战，才不得已临时变成了一线作战部队。该部兵员普遍年龄较大，也没有多少战争经验，后来果真在巴丹半岛作战中吃尽了苦头。日军旅团级的指挥官一般为少将，但这支部队的旅团长却贵为中将，也算是唯一可以吹嘘的地方。那个在华北被共军击毙的“名将之花”、“山地战专家”的阿部规秀中将也是个旅团长。
除了上述主力部队之外，第十四军还配有两个战车联队，两个炮兵联队又一个大队，三个工兵联队和三个高射炮大队。加上辅助人员，总兵力达到了65000人。
菲律宾与台湾之间有800公里之遥，相比较有陆地相连的马来亚来说，菲律宾作战属于纯粹的两栖登陆作战，自然离不开海、空军的护航和支援。和马来亚类似，为本间雅晴第十四军提供空中支援的战机分为两部分。首先是小畑英良中将麾下的陆军第五飞行集团，共有各型作战飞机307架，其中194架专用于菲律宾作战。作战期间，第五飞行集团被置于本间司令官的指挥之下。
由于陆军战机的航程较短，从台湾起飞只能达到北吕宋地区，因此战役的展开必须有海军航空兵的参与。由于第一航空舰队的主力航空母舰全部到珍珠港搞突然袭击去了，因此负责菲律宾作战的海军航空兵，仍然是冢原二四三中将属下的陆基第十一航空舰队。具体参加菲律宾攻略的，是多田武雄少将的第二十一航空战队和竹中龙三少将的第二十三航空战队，共有各型战机444架，其中279架专用于菲律宾作战。如果加上海军第三舰队所属的80架飞机，海军在菲律宾将投入359架作战飞机。陆、海军战机加起来共533架，还可以随时投入更大的兵力。
根据可靠情报，第十四军作战参谋佐藤德太郎中佐认为，美军可用于作战的飞机约200架左右。这样，上述战机就可以对美军形成近3:1的绝对优势。另有情报表明，美军的战斗机群驻扎在马尼拉北端的伊巴和克拉克机场，那些令人闻之色变的“空中堡垒”全部集中在克拉克机场。因此日本作战计划的第一步，就是要出其不意地攻击这两个机场，力争尽快摧毁美军的航空力量，取得制空权。
为第十四军担任海军护航的是联合舰队所属第三舰队，舰队司令部设在帕劳群岛，司令官为高桥伊望海军中将。高桥也是联合舰队的资深将领，和南云忠一是“海兵”第36期的同班同学，毕业成绩在当期191人中排名第10，南云忠一比他成绩要好一点，排名第7。高桥曾经在多艘驱逐舰、巡洋舰上服役，还担任过“雾岛”号战列舰的舰长。他不但有着在海军省和军令部任职的经历，还出任过驻日本驻英国使馆的海军武官，期间参加了伦敦裁军会议。在日本联合舰队中，高桥是南进论的大力倡导者，而今又亲自率领舰队参与其中。但由于哈特上将过早地将亚洲舰队主力南撤，使得在菲律宾作战中，几乎没有发生像样的海面作战，使得高桥中将也没有赢得什么大的名气。
由于预定的登陆地点实在太多，需要编组多支护航舰队，因此联合舰队还抽调了部分舰只充实到第三舰队之中。用于菲律宾作战的海军包括，轻型航空母舰1艘，重巡洋舰5艘，轻巡洋舰5艘，驱逐舰29艘，水上飞机母舰3艘，另外还有数目众多的鱼雷艇和扫雷艇。既然美国亚洲舰队不可能构成大的威胁，联合舰队也没必要派出更大的力量。菲律宾群岛南部的棉兰老岛距台湾太远，即使是腿长的海军陆基航空兵也无法提供有效的攻击和支援，因此在高桥的麾下出现了我们久违的航空母舰。大型航母都被山本大将派去珍珠港了，在这里只是派出了轻型航母“龙骧”号，舰载机只有区区30架。但是相比马来亚和荷属东印度作战来说，已经算不错的了。
海军力量除了第三舰队之外，在马来亚战役中我们已经提到过，由近藤信竹中将率领的海军南方部队主力拥有战列舰2艘、重巡洋舰2艘、驱逐舰12艘，大致在南中国海一带游弋，随时可以对高桥的第三舰队进行支援。相对于哈特上将孱弱的亚洲舰队来说，日本的海军力量更是稳占上风。
针对陆、海军战机的不同特点，本间、小畑、冢原、高桥等一众高级将领在经过会商之后，对战机在战役中的使用进行了分工。作战半径较大的海军战机负责攻击克拉克机场航空基地、马尼拉地区的甲米地海军基地以及港湾防御设施，作战半径较小的陆军飞机负责掩护吕宋岛登陆部队。原则上北纬16度以北由陆军航空兵承担，以南由海军航空兵负责。“龙骧”号航母的舰载机将担负起菲律宾群岛南部作战的空中支援任务。
战前，第四十八师团主力和航空兵在台湾集结，第四十八师团一部在澎湖列岛集结，第十六师团主力在日本本土和台湾之间的奄美大岛集结。另外，负责登陆吕宋岛南部的部分兵力部署于帕劳群岛。
大本营为第十四军制定的作战目标是：
一、在登陆之前首先实施航空作战，摧毁美军空中力量，夺取制空权。
二、登陆部队主力分别从林加延湾和拉蒙湾实施登陆，对美军实施南北夹击。
三、开战50天后占领马尼拉。
四、在马尼拉附近平原，围歼美菲军主力部队。
作为日军中著名的“菲律宾通”，之前刚刚晋升中将的前田正实出任了第十四军参谋长。前文已经提到，早在二十年代末期，当时的前田大尉就曾多次深入虎穴，对菲律宾群岛实施过无数次的实地考察。另外，原参谋本部第三课课长中山源夫大佐，本间在台湾的老部下牧达夫中佐和中岛义雄中佐，参谋本部作战课佐藤德太郎中佐等人，也都先后加入了第十四军的参谋队伍。
（照片：日本联合舰队第二舰队司令官近藤信竹海军中将）
