徐福的去向有以下几种说法：
日本说
来到日本，是为日本历史上第一位天皇——神武天皇，在考古研究中，结合“欠史八代”的疑点，在证明这九代天皇存在之前，这种说法不失为一种看来合理的说法。日本现有徐福墓，但成立年代颇晚，当是后世徐福来日传说传入日本附会所建。又，徐福墓数量过多，如杨贵妃墓，前前后后有数十座，徒增疑点。历史上率先提出日本开国神武天皇为中国人的是中国清代同治年间(公元1862—1875年)驻日公使馆一等书记官黄遵宪。他在所着《日本国志》一书中指出：“至徐福之事……今纪伊国有徐福祠，熊野山有徐福墓，其明证也。日本传国重器三，曰剑、曰镜、曰玺，皆秦制也。君曰尊，臣曰命，曰大夫、曰将军，又周秦语也。自称神国，立教首重敬神;国之大事，莫先于祭;有罪则诵禊词以自洗濯，又方士之术也。崇神立国，始有规模，计徐福东渡已及百年矣，当时主政者，非其子孙殆其党徒欤?至日本称神武开国基，盖当周末，然考神武至崇神，中更九代，无事足记，或者神武亦追王之辞乎?”，这说法三笠宫崇仁亲王也同意。台湾学者卫挺生所着《神武天皇开国考》和《徐福与日本》指出神武天皇就是徐福，因为他发现徐福登岸地点恰巧就是日本传说中的人物神武天皇登岸地点。书中还提到生活在天照大神时代的重要日本皇族墓穴中发现了一枚秦铜镜和巨大的秦人用的战刀，纵使对此现象日本史学界有不同看法，但卫挺生坚持认为徐福就是神武天皇，因为若非徐福的到来，尚处在石器时代的日本是无法制造出这种铁器时代的精良器械的。
成为日本人的祖先。据‘日本国史略’提到：“孝灵天皇七十二年，秦人徐福来。(或云，徐福率童男女三千人，赍三坟五典来聘。福求药不得，遂留而不归。或云，止富士山。或云，熊野山，有徐福祠。)”说徐福带童男童女来日本修好，贡上三坟五典而寻求仙药，然而不得仙药，只等定居下来。在‘富士文书’中则提道徐福来到日本，协助当地农民耕种，带来一些新的技术。然而‘富士文书’一般被学界认为是伪书。早稻田大学钣野教授研究结论认为徐福和他留在日本的随员繁衍了成千上万后世子孙，他们有不同姓氏而当中许多人姓秦，1300年前山口郡曾存在“秦王国”，中国隋朝皇帝派遣的使节从日本回中国后告诉皇帝，山口郡的人与他们长有相同面孔、有着同样风俗和生活方式，认为他们很可能都是徐福使节的后裔。
徐福东渡后，开始在当地定居下来，并向日本的土着民族传播农耕知识、捕鱼方法、锻冶和制盐等技术，还传授日本人医疗技术等秦朝先进文化，促进了日本社会发展也深受日本人民敬重。日本尊徐福为“司农耕神”和“医药神”。在日本关西地区、和歌山县、佐贺县、广岛县等存在徐福活动的遗迹[2](p9)。
日本官方为纪念徐福之伟绩，曾在很长一段时间举行相关祭祀活动，从宇多天皇到龟山天皇由天皇主祭徐福达80多次，直到明治维新才停止。和歌山新宫市每年11月28日也庆祝徐福东渡，1980年他们庆祝徐福来日2200年。金立每五十年有一次徐福大祭。
美洲说：中华民国南京古物保存所、前暨南大学及辅仁大学教授卫聚贤认为徐福去了美洲，他在《中国人发现美洲》考证：“美洲特产四十多种动植物矿产为先秦人民所知”。卫聚贤研究吴人《外国图》“亶洲去琅琊万里”，得出亶洲是美洲而不是日本，他还提到现在美国檀香山还有中国篆书刻字的方形岩石，旧金山还有中国篆文的古箭。
琉球群岛说：徐福渡海帆船的浮世绘到了琉球群岛。
失踪说：于大海上遇到风暴失踪。
台湾说：到了蓬莱仙岛，就是现在的台湾。
