这十几个稀有的水晶头骨或者被私人收藏，或者保存在公共机构。有些水晶头骨晶莹剔透，其它水晶头骨或为烟水晶或为有色水晶。有些为真人头骨大小并且做工极其细致，另一些则相对较小并且做工略显粗糙。所有这些水晶头骨都被认为源于墨西哥和中美洲。
许多人都相信这些水晶头骨是某个古代中美洲文明在上千年甚至上万年前所雕刻。还有的人认为这些水晶头骨是传说中亚特兰蒂斯岛的遗物，或者是外星人在西班牙入侵之前曾经光顾过阿兹特克的有力证据。
关于这些头骨的故事大多集中在它们感知的超自然力量。《Mysteries of the Crystal SkullsRevealed》(揭开水晶头骨的秘密)的联合作者乔叔华·夏皮罗(JoshuaShapiro)在他的网络上引述了这些水晶头骨的目击者的话——他们认为这些水晶头骨可以帮助治病并且增长了他们的通灵能力。“我们相信水晶头骨是计算机的一种形式，能够记录周围产生的能量和振动”，他写道，“这些头骨形象地再现了与其接触的人们的所有活动或者影像(即：它们储存了我们所在世界的历史)。”
至少可以这样说，大多数考古学家和科学家对此表示怀疑。在古代中美洲，特别是在阿兹特克的艺术品中，水晶头骨是一颗璀璨夺目的明星，这些艺术品之间存在某种联系，并且这些文明之间也有趋同性。
亚利桑那州立大学人类学教授迈克尔？史密斯(MichaelSmith)表示：“它们是繁衍的象征，这些头骨代表某些阿兹特克神，因此它们或许是用于向这些神祈祷。我不认为它们可能具有某种力量或者其它神奇之处。”
另外，英国博物馆和史密森学会最近利用电子显微镜对这些头骨进行的分析结果显示，有迹象证明这些头骨可能仅仅是现代人雕刻的艺术品。这两家博物馆估计自己收藏的这些头骨可以追溯到19世纪中叶或者晚期，这正是公众对古文化产生浓厚兴趣的时期，并且那时的博物馆也急于寻找古代文物进行展出。
迄今为止还没有任何正式的考古发掘工作发现任何此类头骨的事实，使英国博物馆开始推测所有这些着名的水晶头骨可能都是赝品。这个问题的两面性，以及没有人可以肯定这些头骨的制作者和制作时间的这个事实，都会引起人们的热情。截至目前为止还没有任何方法可以准确地确定这些无机物的年龄，这个秘团可能还要继续留给后人研究。
