明末北京失陷后朱姓宗室在南方建立起来的诸政权。有福王弘光政权，唐王隆武政权，鲁王政权，唐王绍武政权，桂王永历政权，韩王定武政权，其中影响较大的是福王和桂王政权。顺治元年(1644)五月十五日，福王朱由崧在丹阳总督马士英等人拥戴下，在南京称帝，建元弘光。福王政权一方面抵御清军南下，一方面继续剿杀农民军。顺治二年春，清军始攻福王。福王政权内部正在进行激烈的党争和内战，只有兵部尚书史可法督师江北，坚决抗战，死守扬州。清军攻下扬州，杀害了宁死不降的史可法，并实行屠城。五月清军占南京，俘虏福王。
弘光政权仅仅维持一年就灭亡了。当年六月，故明官吏、缙绅钱肃乐等扶植鲁王朱以海监国于绍兴，建立政权。鲁王依据钱塘江天险，与清军相持一年，至顺治三年五月绍兴城破，鲁王出走而覆灭。在鲁王监国的同时，故明官吏黄道周和军阀郑芝龙等迎唐王朱聿键在福州称帝，建号隆武。但两政权不能合力抗清，反而互争“正统”，彼此水火不容。清廷诱降了拥有重兵的郑芝龙，在攻下两浙之后兵入福建，消灭了隆武政权。顺治三年十一月，故明官僚苏观生等人拥立隆武帝的弟弟朱聿在广州称帝，年号绍武，而仅过了40多天清军攻陷广州便灭亡了。
绍武政权创立的同时，由两广官吏瞿式耜、丁魁楚在肇庆拥立桂王朱由榔为帝，改元永历。初期与广州唐王绍武政权互争“正统”，清军乘其内战，攻入广东，桂王奔逃于两广。此后由于抗清坚决的何腾蛟、堵胤锡、瞿式耜等将领力战，并得到大顺军、大西军的支持，政权方得以维持。顺治十三年李定国迎桂王到云南。顺治十五年吴三桂攻入云南，于顺治十八年入缅甸俘获桂王，支撑16年之久的桂王政权终于灭亡了。
所谓南明的南是史学家加上去的，就像南宋的南也是史学家加上去的一样。这些政权是建立在原来明朝的领土上，其实并不符合流亡政权的定义，只能说原来大明的北方领土被纳入了大清的范围，而被迫迁都、重建政权。就像宋朝失去北方领土、被迫迁都，仍是自称宋，史称南宋，并未因迁都而称呼南宋政权为流亡政府。所以称呼所有的南明政权是流亡政权，严格来说并不正确。至于南明皇帝被迫逃亡缅甸后，则符合流亡政权之定义。
南明政权为什么没算在明朝的历史里？
第一，当时明朝的首都已经被攻占，一个王朝的兴替，首都占据着重要的位置。例如，东西晋，南北宋。
第二，所谓的南明政权其实就是散兵游勇组合几只地方正规军拉个姓朱的当老大，自己人瞎扯淡弄的，而且数量还挺多，最能坚持的朱由榔也被吴三桂从缅甸抓回去做了，连10年的平安都没有，是算不上政权的。
第三，后面可以看见的明史都是清朝史官写的。
