拓跋嗣继位前后，北方刘屈孑(赫连勃勃)、南方刘裕同时崛起，这两个人及其后人将来都给北魏带来大麻烦。
姚兴极力扶植刘屈孑，令其收集旧部，为后秦北面屏障。但刘屈孑是个白眼狼，杀死岳父没弈干，吞并多兰部，背叛后秦，改名赫连勃勃，自称大单于，大夏王，姚兴从此陷入与赫连勃勃的苦战之中，因此主动向拓跋嗣抛去了红线，要结婚姻之好。真是此一时彼一时，当年，拓跋珪低三下四前来求亲，姚兴留马扣使，鼻子不是鼻子眼不是眼的，而今却沦落到这个份上。
415年，姚兴女兴平公主来到平城，与拓跋嗣完婚，夫妻恩爱。后来，姚氏铸金人不成，不得为皇后，并于结婚五年后病故，拓跋嗣十分惋惜，追封为皇后。
西平公主到平城不足一年，姚兴病死，姚泓继位，姚氏子弟多有不复者，内讧大起，赫连勃勃趁机南侵，擒杀姚军都，“遂据雍，抄掠郿城”。
刘裕见机大喜，决定发动第二次北伐，平灭后秦。刘裕是这一时期的第一牛人，少年贫苦，以贩卖草鞋为生，399年应征入伍，在镇压孙恩的战事中崭露头角，表现出非凡的军事才能。403年，军阀桓玄杀入建康，废白痴晋安帝司马德宗，自称大楚皇帝。404年，刘裕与刘毅、何无忌等二十七人在京口起兵，次年击溃桓玄，迎晋安帝复位，自此大权在握。410年，刘裕进行第一次北伐，一举消灭了南燕，慕容超被押送建康，斩于菜市口，鲜卑慕容部建立的政权自此全面谢幕。411年，又镇压了神棍卢循的造反，413年，又派兵西攻谯纵，收复了巴蜀。
东晋义熙十二年(416年)八月，刘裕出兵讨秦，五路并进。第一路是先锋主力，由龙骧将军王镇恶与冠军将军檀道济率领，从淮北直扑许昌、洛阳方向;第二路是偏师，由新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率领，自襄阳向北，攻略南阳，这两路的战略目的是尽收黄河之南。
第三路是诱敌之师，兵力很少，但声势造的很大，由振武将军沈田子、建威将军傅弘之率领，自襄阳向西北挺近，进攻武关(今陕西商州附近)，威胁关中，使后秦主力不敢东出潼关，救助中原。待收复中原之后，第三路待机再动。
四路、五路为水军，建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领第四路，出石门(今河南荥阳西北)，自汴水入黄河，保障先锋军团的粮草后勤。由征虏将军王仲德统领第五路，开通巨野泽(今山东巨野北)，率舟师自泗水入黄河，巡视河防，防止北魏干涉。高手出招，法度森严，无懈可击，这样的战略部署，是东晋历次北伐最高峰。
刘裕自己驻扎在彭城，总督五路，待北魏态度明朗之后，再行西进。
王镇恶是前秦名相王猛之孙，前秦灭亡后移居江南，刘裕委之以先锋之任，王镇恶慨然发誓：“我若不能攻克关中，誓死不渡江回乡！”
王镇恶与檀道济所向披靡，连战连捷，秦军望风而降，顺利攻克许昌，擒获后秦颍川太守姚垣及大将杨业。沈林子的一路水军进入黄河后，得到了襄邑(今河南睢县)豪强董神虎的协助，很快就攻克仓垣(今河南开封西北)。
从巨野进入黄河的王仲德水军溯河而上，一路无阻。当时，魏军占据黄河以北，只有滑台(今河南滑县)一城孤悬在黄河南岸，滑台守将是北魏的兖州刺史尉迟建。尉迟建见晋军水陆并进，声势浩大，吓得心惊胆战，弃城北渡黄河，王仲德兵不血刃，白捡了一座滑台城。
拓跋嗣与西平公主新婚燕尔，见后秦有难，岂甘心袖手旁观？最关键的是，拓跋嗣担心刘裕行假途灭虢之计，顺道攻打北魏，因此立即派叔孙建、公孙表引军南下，先杀了畏敌如虎的尉迟建，然后渡河兵临滑台城下，质问王仲德为何入侵魏国。
关于与北魏的关系，刘裕在出征之前就定下基调：全力灭秦，暂不惹魏，先礼后兵，因此王仲德让司马竺和之在城头答话：“刘太尉借道黄河，只是想到洛阳清扫先帝皇陵，并无针对魏国的军事行动，魏军自己弃城而去，我们也倍感意外。王征虏(王仲德)只是借空城稍做停留，很快就将西进，你们何必扬旗鸣鼓、虎视眈眈呢？”
刘裕比王仲德还能装，亲自给北魏河北镇将于栗磾写了封信：黑矛公阁下，本太尉的敌人只是姚秦，仅仅是借道黄河，没有别的企图，请勿忧虑。
我们现在看到的《魏书》，实际上已经对北魏人名做了改动，姓氏按照太和改制之后的姓氏，名字一般取鲜卑本名的一个音节，或者另取新名。如刘库仁，实际的姓名为独孤没根(独孤改为刘，没根急读作“库仁”)。我们前面分析过的叔孙建，实际叫“乙旃幡能健”(《宋书索虏传》：“虏又遣楚兵将军徐州刺史安平公涉归幡能健，“涉归”是个官号，拓跋珪的鲜卑名就是“涉圭”，慕容廆的父亲也叫“涉归”)。
为了保留原名，《魏书》创造性地将原名记作小名或字，如拓跋珪，字“涉圭”。拓跋嗣，字“木末”，小名叫托腿锢(可能有个S字尾音被省略了)。
在改制之前，这些人物的名字都是用的鲜卑本名，拗口得很，南朝人多不能记，于栗磾(读作于利弟)的汉化名字尚如此怪异，鲜卑本名不定是神马火星呢，以致刘裕的信都不好写，听说这家伙好使用一杆黑矛，得！干脆称他为“黑矛公”。帐下书记皆大笑，这几乎与绿毛龟是同类。
黑矛公”于栗磾收到刘裕书信，不敢自专，派快马送至平城，然后“筑垒于河上，亲自守焉。禁防严密，斥侯不通”。刘裕越不让担心，他越担心。
北魏君臣就刘裕的黑毛信展开热烈的讨论。
有人说：“函谷、潼关号称天险，一夫当关万夫莫开，刘裕些许步兵水师，岂能得过，北上登岸，则极其容易，刘裕必然是以讨秦为名，北上攻魏，此不得不防。”
拓跋嗣赞同，有人却表示反对：“刘裕五路齐出，战意决然，如果我们悍然拦截，乃是代人受兵，引火烧身，如此则姚秦无事我们却白挨一顿打，不值！”
有人分析得很中肯：“黄河千里，处处可渡，一旦开战，实在防不胜防。先帝建功立业，都是主动出击，至于防守，实在不是魏军所长。且晋军已占青州，到时候，刘裕自彭城北进，中原晋军自荥阳渡河，恐怕恒山以南，不复为魏国所有也！”
拓跋嗣不能决，回到后宫，西平公主哭哭啼啼，哀求救助后秦。女人最有力的工具就是眼泪，拓跋嗣决定发兵阻击刘裕。又有人扯着拓跋嗣的袖子进谏：“军国大事，岂顾婚姻，酬一女子之惠哉？”
拓跋嗣很为难，转问老臣崔宏。崔宏说：“论战用谋，臣不如犬子崔浩，可招崔浩来问。”拓跋嗣召见崔浩，拜为博士祭酒，赐爵武城子，这是崔浩进入北魏中枢之始。
崔浩多谋善算，学究天人，白皙高大，颜如美妇，常自比张良，并自称在某些方面还超过张良，但就是没学会张良的韬晦之计。听完拓跋焘的苦恼，崔浩微微一笑，献计道：“陛下勿忧！刘裕暂时不敢两线作战，我们不如不予理睬，纵之西进，待刘裕与秦军主力接火后，我们兴兵塞其东归之路，迫使刘裕做出抉择。”
就当时的形势而言，崔浩的计策是最佳选择，如果拓跋嗣采纳崔浩之计，刘裕将陷入两面受敌之地，如果不愿两线作战，只能黯然撤军。拓跋嗣没有崔浩的脑子，也没有他儿子拓跋焘的雅量，听说崔浩懂《易经》，知《洪范》，因此只让崔浩给他算卦解惑，并不用其经国之计，最终还是派司徒长孙嵩督山东诸军事，又遣振威将军娥清(原名拓跋娥清，亦是北魏宗室，后来在攻灭北燕之战中导致冯跋逃跑，被拓跋焘贬为门卒，开除出宗室，因此搞得有名无姓)、冀州刺史阿薄干(姓阿伏，名薄干)，率步骑十万屯驻黄河北岸，加上叔孙建、公孙表、于栗磾的军队，近二十万魏军夹河死守，摆出一副阻止晋军西进北上的架势。
任你有雄兵百万，岂能吓到气吞万里如虎的刘裕，刘裕留子刘义隆镇守彭城，以左将军向弥为北青州刺史，镇守碻磝(今山东茌平西南)，威胁魏军侧背，然后亲率水军自淮、泗入清河，转巨野泽逆黄河西上。
北岸魏军大惊，便以数千骑兵随刘裕水军西行，不时袭扰，从岸上放箭。刘裕派人上岸还击，魏军立即退走，奔入营垒。等晋军登船，魏军复来，晋军纤夫只能在南岸拉纤，因此船行甚缓。刘裕大怒，派督护丁旿(此人是刘裕的贴身卫士，力大无穷，南朝乐府歌谣中有《丁督护歌》数首，即言此人也)率七百人登岸，在距水百余步处，列战车百乘，布下弧形的车阵。此阵两头抱河，形似新月，故名却月阵，这是刘裕的新发明，乃以步兵反制骑兵的神来之笔。
魏军见数百名晋军推车登岸，不解其意，引颈观望。丁旿命每车上登士卒七人，在车辕上张设巨型盾牌，然后在阵中坚起白旄，这是车阵建好的信号，刘裕望见，又命宁朔将军朱超石率军两千携带大弩、利箭、短槊上岸，每辆战车又增二十名弩手。
魏军这才恍过神来，向晋军发动攻击。朱超石嫌魏军太远，命弩手先以软弓小箭射击，射之不远，中箭亦不死，魏军大笑，不为设备。长孙嵩接到消息，率骑三万前来助战，下令三面合围(阵后是黄河，只能围三面，但却月阵是弧形，任你三面来，我只守一面，这是却月阵的妙处之一)。
朱超石这才命令士卒改换强弓硬弩，猛射魏军，魏军死伤颇重。长孙嵩大怒，督促后军补充，踏尸而进，缩小包围圈。朱超石早有准备，箭也不用了，命士卒射短槊，用大锤锤击弩机，一射发三槊，一槊洞穿三、四名魏军。却月阵呈弧形，魏军虽多无用，仿佛排队受死，魏军从未受过如此重创，“一时奔溃，死者相积”。刘裕见魏军溃败，下令振武将军徐猗之率五千士卒登岸追击，徐猗之斩杀魏军大将阿薄干，追至越骑城，魏军援军赶到，包围徐猗之。徐猗之命令士兵用长戟结阵抵抗，与魏军展开肉搏。如此凶悍的晋军，久违了！不久朱超石率军推车赶到，再设车阵，魏军已经领略过车阵硬弩的厉害，胆气已破，前后相传，哄然而逃。
叔孙建、公孙表见此恶战，心惊胆战，滑台城内的王仲德击鼓而出，叔孙建、公孙表害怕被灭，急忙渡河而逃，刘裕也不阻击，任其渡河。刘裕在河上耀兵数日，魏军不敢接近黄河，刘裕打一巴掌揉三揉，派人给魏军主将长孙嵩送去米酒及江南点心，长孙嵩不敢食用，皆送往平城。拓跋嗣知道魏军惨败，乃命长孙嵩厚答刘裕，送上马肉羊酪之塞北食品，刘裕笑纳，命左右分为食之，以示不疑。拓跋嗣仍命魏军监视晋军行动，但长孙嵩等终怀恐惧，只是在河北摆摆样子，不敢接近黄河，刘裕遂安然西上。
却月阵之战，刘裕只动用七千七百步兵，却一举击败数万魏军，斩军杀将，迫使十余万魏军望河却步，不能不说是一则经典案例。
刘裕这里阻住魏军，王镇恶、檀道济一路进展得更加顺利，攻陷阳城、荥阳两城，与南路上来的沈林子合兵一处。后秦洛阳守将姚洸一面向长安方面求援，一面分兵扼守洛阳东部险要关隘。这些东西在王镇恶面前简直如同纸糊草扎的一般，遂斩将长驱而进，包围洛阳，姚洸见大势已去，出城投降。王镇恶并不在洛阳停留，直扑潼关。
在潼关前线，王镇恶做出部署，自己率部攻击潼关，命檀道济别攻蒲阪，又命沈林子负责殿后，保护粮道。后秦守将姚绍收集从中原溃退的后秦士兵，自己死守潼关天险。另外，姚绍知道晋军水师厉害，因此派遣别将率重兵把守蒲阪，阻水设阵，企图在关中最后一道防线上与晋军决战。
沈林子也是一员能将，他见姚绍分兵拒险，蒲阪水道又不易通过，立即建议王镇恶合檀道济独攻潼关。王镇恶采纳建议，招回檀道济军，猛攻潼关。
蒲阪守军虽然失去意义，但姚绍不敢召回，反而导致潼关兵少，被王镇恶一举攻克，姚绍后退百里，在定城再建防线，一面依险拒守，一面派姚洽、安鸾二将封锁水路，截断晋军粮道。负责殿后的晋将沈林子多次击败姚洽、安鸾等劫粮之军，斩杀姚洽。
此时，刘裕的船队抵达陕城(今河南三门峡)，晋军士气更壮。刘裕命第三路主将沈田子率军一千从秦岭山中秘密前进，进驻青泥关(今陕西蓝田附近)。后秦皇帝姚泓正准备亲率大军来援姚绍，突见沈田子出现在蓝田，恐后路被断，于是决定先消灭沈田子，再与刘裕决战。
沈田子的军队只有刘裕的疑兵，只要袭扰姚泓主力即可，不料沈田子(沈林子之弟)也是一位猛人，竟然以千人之兵直冲秦军主力，秦军猝不及防，被杀万余人，这仗打得更令人无语。姚泓大惧，狼狈逃回灞上。姚绍前被重创，后失援军，气得吐血而死，东平公姚瓒代行兵权，又被王镇恶、沈林子击败。
自此长安以东秦军皆被击败，刘裕下令水陆并进，自渭水直取长安。后秦将军姚难率陇西之军回救长安，姚泓仿佛抓住了救命稻草一般，从灞水退至屯石桥(在长安附近)，企图与姚难会师。
王镇恶看出此节，挑选骑兵千人，由骁将毛德祖率领，看姚泓比速度。毛德祖也很厉害，不仅跑得快，而且武艺高，阵斩姚难前锋部将姚强，又击溃了姚难军。姚泓赶到之时，姚难已经率溃兵逃入长安多时。姚泓慌忙派部将姚丕扼守渭桥，企图阻击王镇恶。王镇恶在渭桥东面弃舟上岸，大败姚丕。姚丕败军反冲入姚泓阵中，自相践踏，死者无数。姚泓单骑还宫，秦军主力全军覆灭。
第二天，王镇恶攻破长安平朔门，姚泓率皇子、文武官员跪地请降，后秦国灭亡。关中遗老引孙提壶，夹道欢迎晋军。刘裕入太极殿，见前朝遗物，不胜唏嘘。
恰逢崔浩进宫讲授《尚书》，拓跋嗣问崔浩：“姚氏父子亦是西羌之枭雄也，经营关中，长达三十三年，何故如此之速亡呢？”
崔浩说：“姚苌叛主逆起，姚兴好养虚名，姚泓幼而无才，三代皆无实用之人，只是命好，竖子成谋而已，他们爷仨捆在一块，也不是刘裕的对手，有何疑问！”
拓跋嗣沉默良久，又问：“刘裕与慕容垂相比，谁更厉害一些？”
崔浩答曰：“刘裕胜。”拓跋嗣请言其详，崔浩说：“刘裕却出身寒微，白手起家，举手而灭桓玄、谯纵、慕容超、卢循、姚泓等人，威震中外，无人可及，慕容垂承父祖之资，振臂一呼，屠何、乌桓同类争相归之，稍加倚仗，便足于立功建国，但平定一个河北之地却费时数年，武功如何可跟刘裕相提并论！”
拓跋嗣闻此，忧心忡忡，说：“刘裕与朕同世，真劲敌也！”
崔浩道：“陛下勿忧，关中戎夷混并，虎狼之国，刘裕易得之，不易守之，不久必然还兵江南，顾其根本，我们只须按兵息甲，待刘裕撤军，关中终为魏国所有也！”
拓跋嗣的心情被撩拨得七上八下的，又来了精神，说：“既然关中形势险恶，我们阻断黄河，困刘裕于关中，然后派精兵南袭彭城、寿春，刘裕即使有冲天只能何能为也？”
崔浩说：“我们西北有柔然、铁弗二寇，陛下不可弃近地而临远地。魏兵虽多，将无韩白(韩信、白起)，长孙嵩有治国之用，却无进取之能，于栗磾有勇无谋，奚斤有谋无勇，其余诸将，更不是刘裕的对手，微臣以为还是等待时机为妙。”
崔浩说话太直，一竿子打掉八颗枣，传出去岂不被人忌恨，没办法，这就是他的风格。拓跋嗣哈哈大笑：“崔卿一言，众将皆失色，请更论近代人物。”
崔浩大言道：“王猛之治秦，苻坚之管仲也，慕容恪之辅少主，慕容暐之霍光也，刘裕之平逆乱，司马德宗之曹操也。赫连勃勃，忘恩负义之跳梁小丑也”
拓跋嗣说：“崔卿别老说外国人，评价一下先帝如何？”
两人谈了半夜，小崔指天画地，吐沫星子满天飞，粪土当年万户侯，最后却碰到这个要命的问题，当下正襟危坐，不敢造次：“小人管窥，何能见玄穹之广大。太祖用漠北醇朴之人，南入中地，变风易俗，化洽四海，自与羲农齐列，臣岂敢仰评？”
三个月后，留守建康的重臣刘穆之病故，刘裕果然派十二岁的儿子刘义真镇守长安，自己还师江南。赫连勃勃见此大喜，趁机南进，击败晋军，占领长安。
