明末清初，蒙古族分为三部：漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西厄鲁特蒙古。厄鲁特，蒙古分为和硕特、准噶尔、土尔扈特、杜尔伯特四部。其中准噶尔部势力最强，其先后兼并了土尔扈特部以及和硕部的牧地。噶尔丹执政时，准噶尔部势力更强。随着准噶尔势力不断膨胀，噶尔丹的野心也越来越大。此时，沙皇俄国也正疯狂扩张，为了侵占中国西北而不断唆使噶尔丹叛乱。在沙皇俄国的支持下，噶尔丹终于率兵进攻喀尔喀蒙古。
1688年，噶尔丹亲自率兵攻占喀尔喀地区。喀尔喀三部首领仓皇逃往漠南，向清廷求援。康熙将他们安置在科尔沁(今内蒙古科尔沁旗)放牧，又勒令噶尔丹停止战争。噶尔丹不但不听反而率军南下侵入乌珠穆沁境内。面对噶尔丹猖狂南下，康熙下令征集兵马，准备北上。1690年六月，康熙亲征，分两路出击：左路军从古北口(今河北滦平南)、右路军从喜峰口(今河北宽城西南)迂回北进，准备在乌珠穆沁地区消灭噶尔丹。康熙亲自指挥，并命令塞外地区将领率各部协同作战。右路军北进初战不利向南撤退。噶尔丹乘势南下，进抵乌兰布通。清左路军也抵达乌兰布通南侧，与右军会合。马兰布通地势险要，噶尔丹背山面水列阵。清军隔河布阵。八月初一，两军交战。清军先集中火铳火轰击噶尔丹驼阵，将驼阵断做两部，然后渡河进攻。噶尔丹战败，仓皇北撤。
噶尔丹战败后仍不死心，他召集旧部，企图东山再起。为了预防噶尔丹再次南下，康熙加强边防守备，稳定安抚喀尔喀蒙古贵族，又专门训练士兵使用火铳火炮。
1694年，清廷诏噶尔丹会盟，噶尔丹不但抗命不至，反而发兵入侵喀尔喀。康熙决定诱其南下一举将其歼灭。为此，清军积极做好战前准备。
1695年九月，噶尔丹率领3万骑兵，大举内犯。第二年二月，康熙调集9万军队兵分三路亲征。他亲自率领的中路军经科图(今内蒙古苏尼特左旗北)向漠北挺进，逼近敌军。噶尔丹得知康熙亲自率精锐前来，而清西路军又已过土剌河，恐被夹击便连夜西逃。五月十三日，清西路大军抵达昭莫多(今蒙古乌兰巴托东南)，与噶尔丹军相隔15千米扎营。昭莫多地区多森林。清军将领采取以逸待劳、设伏截击的策略，将主力隐匿于树林之中，并派出400骑兵诱使噶尔丹军进入设伏地点。噶尔丹果然率军追击，企图攻占清军控制的山头。清军将领孙思克率军驻守，双方激战。费扬古趁机指挥伏军迂回到敌后，并分兵袭击阵后家属、辎重。噶尔丹军大败。清军乘胜追击，俘歼敌军数千人。噶尔丹西逃。
噶尔丹率军东侵之际，后方叛乱。1697年二月，康熙再次亲征。噶尔丹众叛亲离，服毒自杀。
噶尔丹如何带领部落不断扩张？
噶尔丹是卫拉特蒙古准噶尔部首领巴图尔浑台吉的第六个儿子。1670年，噶尔丹杀兄继承台吉之位。而后，他出兵擒获其叔父楚琥尔乌巴什，攻占和硕特部首领鄂齐尔图车臣汗。1678年二月，他又率军攻青海，行军是一天后，唯恐清兵从甘肃关外阻断其后路而中途撤兵。1679年夏，噶尔丹两次出兵攻占哈密、吐鲁番。西藏达赖喇嘛曾封噶尔丹为“博硕克图汗”。1680年，噶尔丹应达赖喇嘛的邀请出兵参与伊斯兰教“白山派”首领阿帕克和卓与“黑山派”的斗争，趁机夺取南疆地区。噶尔丹率军经过阿克苏、乌什等地攻入喀什噶尔(今新疆喀什)。叶尔羌王伊斯玛伊勒汗子巴巴克苏勒坦出兵迎击，兵败身亡。噶尔丹在占领喀什噶尔后，又夺取了叶尔羌，俘虏了伊斯玛伊勒汗。至此，噶尔丹兼有四卫拉特，将南疆地区控制在手中，随后他转入攻打漠北喀尔喀蒙古。
噶尔丹死后，策妄阿拉布坦成继位。在沙皇俄国的支持下，策妄阿拉布坦不断袭击科布多、巴里坤、哈密等地区清军驻守的军事重镇，并派兵入侵西藏。康熙及时派兵协助西藏将准噶尔的反叛势力驱逐出去。康熙去世后，雍正继续平叛。雍正五年(1727年)冬，策妄阿拉布坦去世，他的儿子噶尔丹策零继位继续反叛。从雍正六年以后，清军多次征缴噶尔丹策零叛军。
十年七月，噶尔丹策零率军袭击在塔半尔河驻扎的清军。八月初，清军3万精骑夜袭其营，准噶尔军败逃。清军乘胜追击至光显寺歼灭敌军，噶尔丹策零被迫投降。乾隆十年(1745年)，噶尔丹策零死后，准噶尔部发生内乱，达瓦齐继位。乾隆二十年(1755年)二月，清廷以5万精兵直捣伊犁，达瓦齐兵败被俘。不久，降清的阿睦尔撒纳聚众叛乱。二十二年春，清廷派兵由巴里坤等地分路进军，叛军溃败，阿睦尔撒纳逃往沙俄。至此，清军平定了准噶尔贵族分裂叛乱。
此战，清平定噶尔丹的叛乱历经8年，连续发动3次进攻。噶尔丹叛乱的平定，维护了西陲边疆的安宁，也积累了丰富的远途作战的经验。
