抗战以来，共产党领导的人民军队迅速扩大，敌后军民开辟了广大的抗日根据地，人民军队和解放区政权已成为巨大的抗日力量，对日军占领区构成重大打击，严重破坏了日本的统治，极大地牵制了日军兵力的转移使用。为此，日军将抗日根据地视为眼中钉、肉中刺，将进攻重点转移到抗日根据地来。从1941年起，日军集中在关内半数以上的兵力，对我抗日根据地进行疯狂的大“扫荡”：由华北伪政权配合，在华北推行“治安强化运动”；由汪伪政权配合，在华中推行“清乡运动”。为此，我抗日根据地广泛开展了反“扫荡”、反“清乡”的伟大斗争。
1941年初，紧随百团大战之后，日军对我华北根据地进行了疯狂的报复，实施野蛮的“扫荡”。敌华北方面军30万人和伪军10万余人，从春季到冬季对华北各抗日根据地的平原和山区进行“扫荡”，实行野蛮的“三光政策”，甚至施放毒气和进行细菌战，制造无人区，妄图消灭抗日根据地。鲁西、冀鲁豫、冀东、冀中等平原根据地军民，苦战经年，分别粉碎了日军千人以上的“扫荡”69次，其中万人至7万人的“扫荡”9次，歼灭了大量敌人，粉碎了敌人的第一、二、三次“治安强化运动”。
太平洋战争爆发后，日本由于深陷中国共产党领导的人民战争的洪流无法自拔，为了巩固占领区以支持大规模战争，将敌后抗日根据地作为主要作战目标。 为此，加强了对抗日根据地进行“扫荡”。这时，敌华北方面军已增加到25万人，伪军也达到30万人。从1942年2月起到年底，日军持续向华北各抗日根据地进攻。太行、太岳、晋西北、晋东、北岳、冀南、冀中、冀鲁豫和山东等地的军民，连续作战，发挥各抗日根据地党政军民的整体力量，开展反“蚕食”斗争，“把敌人挤出去”。全年共粉碎日军千人以上的扫荡77次，其中万人至5万人的大“扫荡”15次，粉碎了敌人的第四、五次“治安强化运动”。解放区人民基本上制止了日军的“扫荡”、“蚕食”，扭转了不利的局面。
1943年，华北各抗日根据地军民继续进行反“扫荡”和反“蚕食”战斗，同日军作战24800余次，歼灭日伪军18.1万余人，攻克据点740多处。期间，冀鲁豫军区和太行军区，于7月底和8月，先后发动卫（河）南、林（县）南战役，歼灭伪军1.2万人，开辟了卫南、豫北根据地。经过一年的战斗，使山区根据地得到发展，平原根据地也得到恢复。八路军由被动转变为主动，战争形势发生了有利于共产党的显著变化。
1941年，华中日军11万人和伪军15万人，对华中抗日根据地不断进行“扫荡”和“清乡”。同时，国民党的一部也向淮南、淮北、鄂豫边区等根据地进攻。华中根据地军民在敌顽夹击下，艰苦战斗，粉碎了日伪军的“扫荡”和“清乡”，并阻拦东犯的国民党军于津浦路西，巩固了津浦路东的抗日根据地，发展了浙东、皖中和鄂豫边区根据地。
1942年，华中日军共有29万人，伪军也增至16万人，从2月到12月日伪军集中大批兵力，继续向抗日根据地进行“清乡”、“扫荡”，重点指向苏中、苏南地区，这两个地区的军民经过半年的战斗，取得了反“清乡”斗争的胜利。在淮海、淮北和淮南地区，粉碎了日军的冬季“扫荡”。在浙东区和鄂豫皖区，粉碎了日伪军的“扫荡”和“清乡”，坚持和发展了敌后抗日游击队。
1943年，华中根据地军民全年共进行了4500余次反“扫荡”、反“清乡”、反“蚕食”战斗，歼灭日伪军3.6万余人，扭转了困难局面，巩固了革命根据地，为转入攻势作战创造了条件。
从1941年到1943年，日军的残酷“扫荡”，加上国民党军的包围封锁和严重的自然灾害，使敌后抗日根据地出现了严重的困难。但是，在中国共产党的正确领导下，经过抗日根据地军民的顽强战斗，使日军的企图遭到可耻的失败。从1943年秋开始，敌后抗日根据地得到恢复和发展，敌后军民愈战愈强，扭转了战争形势，逐渐转入反攻阶段。
敌后抗日根据地军民的抗日斗争，创造了人类战争史上的奇迹。中国共产党及其领导的军队在与日寇进行残酷斗争中，通过严峻考验，成长、成熟并壮大起来，成为抗击日伪军的主要力量，成为抗日战争的中流砥柱。
