清末时期，西方的帝国主义国家不断的强迫着大清增设通商口岸。为了方便与这些洋人打交道，于是便设置了三口通商大臣的职位，而这就是北洋大臣这个职位的前身。在1870年天津教案之后，朝廷将五口通商大臣改为北洋通商大臣，其中以直隶总督兼领北洋大臣，管路着直隶、奉天以及山东三省通商交涉事务和监督着海防以及一些其他事务。所以其地位就更加重要了。
从同治九年开始，也就是1870年开始，曾国藩为首任直隶总督兼北洋大臣，在这之后就是李鸿章担任此职位长达28年的时间。李鸿章专门办理一些清政府外交的事务和组织北洋海陆军。另外还会在北方和长江流域筹办轮船公司、煤铁、纺织、电报等一些企业，使得北洋大臣的地位不断提高，职权也不断的扩大，其影响力和势力远远的超越了南洋大臣。
北洋大臣一直都是由直隶总督所兼任的，而直隶总督是全国督抚之首，担任着拱卫京师的重要任务。所以权势滔天，尤其是在清末时期，因为镇压太平天后运动，总督和巡抚掌握了兵权，对朝廷也不再是唯命是从了。作为一省或是数个省的封疆大吏，朝廷就更加没办法约束了。这些督抚大员们兴办洋务，掌管着地方军政，财政大权俨然成了海外天子。
1901年袁世凯就任直隶总督和北洋大臣的职位，利用着手中的权利开始推行新政，编练北洋新军，使得北洋新军成为了朝廷最为精锐的中央军，其权利达到了顶峰。袁世凯利用着北洋新军直接逼着清廷退位，使得大清王朝彻底灭亡。
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