(1)遗传因素：据报道约1/3病人有明显家族史，与常染色体显性基因遗传有关。由于先天性生化异常，导致发育过程中的心肌交感神经肌纤维传递障碍，心肌细胞肌动蛋白结构破坏，心肌细胞排列紊乱，而刺激肥厚的发生。心肌肥厚多发生于心室间隔、左室流出道，称为非对称性心室间隔肥厚，发生于心尖或全心者为心肌均匀肥厚及心尖肥厚。
(2)基因缺陷：某种目前尚未明确的基因缺陷所致。
(3)神经内分泌因素：神经内分泌调节异常，主要是由于儿茶酚胺分泌增多，或是由于心脏对儿茶酚胺过度敏感，使血压增高，导致心肌肥厚的发生。
(4)生物学缺损：有实验表明，室间隔肥厚的发生与环磷腺苷耗竭有关。
