所有消化道梗阻都需要考虑外科手术治疗。胎儿消化道梗阻的外科治疗通常分为产时胎儿处理、新生儿外科手术和小儿择期外科手术。对于出生前就已经明确有消化道梗阻或压迫的消化道疾病，如喉闭锁或颈部肿瘤等，若合并有呼吸道梗阻则需要考虑产时胎儿处理。但主要以解决呼吸道疾病为先，必要时可以一并解决消化道梗阻。对于出生后有完全梗阻的，如十二指肠梗阻、肠闭锁等，若出现呕吐、腹胀、便闭或排黏液样便时，且摄片可明确肠梗阻者需要新生儿外科手术。而对于生后经过禁食观察和X线检查确定无症状和体征者，可以保守观察治疗，必要时择期手术。
随着胎儿、新生儿麻醉和微创技术的进步以及手术器械的改进，小儿微创特别是新生儿微创已经可以全面开展，如十二指肠梗阻、胆总管囊肿、肠闭锁等都可以通过微创解决。临床上只要有明确的病理改变需要通过手术解决的疾病大都可以在新生儿期通过手术治疗。微创技术已经显示出传统手术无法比拟的先进性，但仍然要在围产期管理及器械方面有较大的改进，完善和提高相关的技术和理念。
基于对胎儿、新生儿认识的提高，过去一些新生儿疾病的手术治疗成功率也提高了，如肠闭锁、十二指肠梗阻等;而过去无法治疗的疾病如气道梗阻等现在也可通过手术救治;一些过去认为需要急诊手术的疾病现在可以延迟到胎儿出生后几个月再进行手术甚至完全不需要手术，如低位肛门闭锁合并瘘、脐膨出等。总之，新生儿手术的时机对于胎儿消化系统疾病而言是很重要的，适时掌握手术时机可以有效地解决疾病，同时可以让新生儿获得最大的生长发育机会。消化系统是生命初始的营养摄入通道，把消化系统疾病解决好可以使新生儿生长迅速，否则就容易出现营养不良及一系列的并发症。
