对于大多数胎儿消化系统疾病预后良好者，在产前通常不需要特别的处理和干预，但需要在孕期动态监测羊水至32周，而在32周前，通常需要每3~4周做一次超声复查，检查遗传学指标，排除染色体异常的情况。
少部分胎儿消化系统疾病特别是消化道梗阻常导致羊水过多，这种情况一般是不需要产前干预的，但若羊水较多，导致孕妇自身难以承受时，可考虑抽羊水减压，以缓解症状。而部分羊水过多常导致胎儿羊膜早破或早产，需要提前做好安排和准备。而羊水过少的，在32周前则需要考虑羊水灌注，改善胎儿宫内生长环境。医生需要强调消化系统疾病的复杂性和胎儿出生后可能面临的并发症，让孕妇做好心理准备和病情咨询，必要时孕妇可选择到有小儿外科条件的三级医院分娩，做好宫内转运和出生后的干预准备。一般情况下，不需要剖腹产，可选择自然分娩。
很多孕妇在知道胎儿患有消化系统疾病后，常常会问医生是否能通过后来的补救措施来改善胎儿疾病，最多见的问题是需要吃点什么或要注意什么对胎儿更好，问题虽然简单，却是一个普遍现象。胎儿作为一个新生命，整体上就像婴儿一样，所有能提供生命生长的营养都需要，所以我们日常的生活所需就是胎儿的所需，重点强调可以多食用含多种维生素的食物，尽可能补充维生素A、B、C、D、E。孕妇的日常活动和休息就是胎儿生长的基本生活，简而言之，正常的生活规律就是对胎儿生长最大的帮助。此外，孕妇需要调整自己的心情，保持良好的心情是胎儿后期生长的必要条件。胎儿的生长发育不仅要有良好的物质基础，还要有良好的情感基础，孕妇可以和胎儿互动，使胎儿在宫内的活动和状态达到最优，为顺利分娩提供良好的条件。
