孕妇确诊为胎儿消化系统疾病并选择继续妊娠后，就需要接受分娩前的一系列孕期管理，为出生后的早期和后期做准备，而这个管理过程需要一个完整的一体化管理模式。
首先明确诊断，包括规范的产前三级超声检查以及胎儿腹部MRI检查;再进一步到专业机构进行相关的咨询和风险评估，孕期进行相关知识的学习和做好心理准备;孕晚期做好孕期的监测，包括远程胎监管理、及时的宫内转运、产儿科医生的无缝对接、针对性的围产期治疗以及胎儿出生后的手术治疗和康复管理等。
由于目前我国的医疗架构，导致从胎儿到新生儿的过程中是依赖完全不同的专业和群体进行管理的，即实质上的管理是脱节的。而在一体化的管理中，最重要的环节是产前胎儿到新生儿的对接及围产期管理。对于患有消化系统疾病的新生儿，出生后的呼吸道管理尤其重要，这需要管理团队有明确的目标和管理标准，需要有一个强有力的核心指挥和一支配合默契的多学科队伍。这里再次强调需要有一个强有力的核心指挥对从产前胎儿到新生儿进行全程的管理和负责，以弥补当前我国现有医疗架构的缺陷，完善胎儿到新生儿的无缝衔接。
临床实践中，由于没有一体化管理，没有宫内转运，导致胎儿出生后可能需要再转运到相关的三级医院;由于没有良好的胎儿监测管理，胎儿分娩时找不到相关的专业人员进行治疗而延误治疗时机;由于非专业人员的处理而达不到治疗效果等。这些都是因为没有整体的医疗管理而导致胎儿可能面临不确定的风险，所以一体化管理的意义重大，它可有效降低医疗风险，及时地诊断和治疗，防止并发症，如胎儿消化系统疾病多合并有羊水增多，胎儿出生时很容易出现因羊水吸入而导致吸入性肺炎。虽然我国在新生儿复苏和围产儿早期干预方面做出了很多努力，但仍然有少数病例由于没有及时处理而出现肺炎等。因此在胎儿离开母体前，应及时清理胎儿口腔和气道内的羊水，可以明显降低并发症的发生。
