有人担心B超检查会对母儿产生危害，这种担心不是没有根据的，超声波穿入人体后，声的波动可使组织细胞内的成分产生震动，部分声能转化为热能，会造成细胞内成分的破坏与组织损伤，尤其对生长较快的组织，对小胎儿不利。大剂量、高强度的超声波长时间作用于动物胚胎可使胚胎畸形率和死亡率明显增高。
然而，临床上所应用的B超声强效与10毫瓦／平方厘米，而且检查的时间往往只有5～10分钟，对每个器官的探测时间更短，所以对胎儿的危害是极小的，不会影响胎儿的发育。
孕期B超检查的次数应根据情况而定。正常情况下，妊娠早期的7～8周（胚胎发育的5～6周），应用B超检查，可以观察子宫腔内环状液性暗区，即孕囊或称妊娠环。其内可见胎心搏动，不但可以确诊为妊娠，还可以诊断胚胎是否存活或者是否健康，与此同时也可以明确宫内或宫外妊娠。孕4～5个月进行第二次B超检查，以方便了解胎儿发育与孕周是否相符，观察胎儿形态和结构，以便排除畸形儿。孕7个月以后可以根据需要安排时间做B超检查。
