如果新生儿有先天性肠道畸形，那么是肯定会便秘的，这种便秘通过一般的调理是不能痊愈的，必须经外科手术矫治。不过绝大多数的婴儿便秘都是功能性的。
所以新生儿便秘应先排除疾病原因，常见的还有肠管发育存在的问题，比如巨结肠，乙状结肠过长，直肠黏膜脱垂，肠动力不足等，某些疾病还可引起便秘，如肛门狭窄或先天性肌无力等。
疾病导致的新生儿便秘特征：通常宝宝出生后十小时内开始排出胎便，为黑绿或深绿色，粘稠、无臭、有点像铺路用的沥青，一般在二至三天内排完，每天约3—5次，若生后二十四小时不见胎便，应怀疑是否消化道先天畸形而致粪便梗阻，须及时诊治。稍大些的宝宝如果排便时间间隔超过36小时没有胎便排出或排出少量不正常胎便，这都属于不正常情况，应及时送医院检查。
