国内外研究资料显示剖宫产儿与顺产儿在体格发育方面没有明显的差异。婴儿出生后体格的生长发育首先受遗传因素的影响，充足合理的营养摄入、良好的环境卫生条件、细致的护理、运动锻炼等均可促进宝宝后天的生长发育。不过，剖宫产可能在母乳喂养成功率低、婴儿易患感染性疾病等方面间接影响宝宝的体格生长发育。
另外，美国的一项研究声称剖宫产儿，在三岁时出现超重的几率是顺产儿的两倍。研究者在排除导致儿童超重的家族遗传和日常饮食习惯等因素后，仍然发现剖宫产和超重的比率是正相关的。推测这可能跟前述新生儿肠道内菌群的差异有关。这些孩子在吸收食物营养时存在某些差别，最终导致超重的发生，跟生产方式没有关系。
虽然目前研究尚未发现剖宫产儿与顺产儿在智力方面存在差异，但剖宫产可增加新生儿缺氧和窒息的风险，造成脑损伤，从而影响宝宝的脑功能。
因为剖宫产手术中麻醉时孕妇容易发生血压下降，当血压下降幅度超过基础值的1/3时可使子宫胎盘血流量降低，导致胎儿缺氧及酸中毒。再者剖宫产儿呼吸系统并发症较多，严重时可造成缺氧和窒息。
