1、细菌性痢疾
细菌性痢疾顾名思义是由细菌引起，抗生素可杀灭和抑制细菌的生长，所以要合理地应用有效的抗生素。在用药的方法，用药的疗程上，因急性、中毒性、慢性痢疾而有所不同。
常用的药物有复方新诺明、氨苄青霉素、氟哌酸、吡哌酸、庆大霉素、卡那霉素、菌必治、痢特灵、黄连素等。在用药方法上，有口服和注射，注射分肌肉注入和静脉输入，还有将药物经肛门注入的灌肠。如前所述采用哪种方法，须根据不同年龄、病情的轻重、痢疾的类型(急性、中毒性、慢性)而决定。
2、急性痢疾
病情若不重可以在家服药治疗，如病情重，腹泻频数、高热不退，特别是婴幼儿应住院，经静脉用药，中毒性痢疾患儿则必须注射治疗。用药的疗程是7天，即使症状和大便性质都恢复正常，也应按时用药。
此外，还应作好对症处理，高热应及时降温，中毒性痢疾还需进行相应的抢救措施，如积极制止抽风，及时纠正休克等。
3、慢性痢疾
治疗难度较大，患儿久病身体虚弱，自身抗病能力差，所用抗生素较多、时间较久，细菌多产生了耐药性，治疗效果较差。因此，用药时间要长，还应根据患儿的症状采用不同的治疗方法。
常采用间歇疗法，即用药7～10天，停4天，再用药4天，如此用药整个疗程共23～26天。治疗效果不佳时，可采用药物灌肠，每日1次，疗程7～12天。还可同时用中药治疗。为提高患儿自身抵抗力，可采用支持疗法，小剂量反复输血或输血浆。
1、清热化湿法
用芍药汤加减可治疗急性菌痢，本方由白芍、黄芩、黄连、黄柏、槟榔、马齿苋、广木香为基本方，随证加减。有清肠化湿、调和气血、通腑导滞的作用。
用苦参薤白汤（苦参、薤白、山楂、当归、木香、甘草、白芍等）治疗痢疾，总有效率达95%。本方重用苦参，苦参清除肠中湿热。
2、寒温并用法
用加味椒艾丸治疗小儿菌痢，疗效满意。方为乌梅、艾叶、川椒、赤石脂、干姜、槟榔、黄芩、黄连等组成，全方寒温并调，具燥湿运脾，导滞清痢之功。或用辛开苦降、寒温并用、补泻兼施、具有调和肠胃之功的半夏泻心汤治疗本病，取得良效。
3、中西医结合法
用止痢汤加甲氧苄氨嘧啶治疗菌痢。止痢汤（由干石榴皮、白头翁、黄柏各30g加水300ml，煎至100ml），每次30ml，1天3次口服；TMP每次0.2g，1天2次口服，2天为1疗程，未愈可再服1疗程，儿童酌减。
4、外治法
贴敷法：用“贴脐止泻饼”治疗本病取得较好疗效。方药配制：羌活、白胡椒、肉桂、丁香、青皮、肉果、木香各2g研成细末，以去核大枣4枚，生姜、小葱各10g，捣烂如泥，与药末搅拌均匀，再参入适量炼蜜，作成钱币大小的药饼。使用方法：药饼贴于脐上，以绷带围腰一周固定脐上，每6～8小时换药饼1个。此方具有散寒温中，止痛止泻功能。
灌肠法：用大黄灌肠液治疗小儿急性菌痢，有效率达96.8%。此方配制：生大黄30g，加水500ml，武火急煎15分钟后，去渣成200～300ml药液，冷却备用。每次30～50ml肛门灌注，尽可能保留药液1小时以上，以利药液吸收。生大黄具有攻下积滞，清热泻火解毒，活血化瘀之功。
