从两者的发病的原因上看来说，痢疾的产生是因为感染了痢疾杆菌或其他的致病菌后引起的，患者的肠道发生了感染性，最终成了一种肠道传染病。而中医认为多因外受湿热疫毒之气，内伤饮食生冷，积滞于肠中所致。
但肠炎是因为自身免疫较弱，易感染感染还有遗传因素造成的，大多数是因为感染病毒或细菌所引起，其中以病毒最为多见，如轮状病毒、诺沃克病毒、柯萨奇病毒、星状病毒等。常见细菌有致腹泻大肠杆菌、空肠弯曲菌、沙门菌、痢疾杆菌、金黄色葡萄球菌等。原虫及真菌亦可导致肠炎。
痢疾的发病往往是突发的，患菌痢的患儿轻者常以发热、腹痛、便后有下坠感及伴有粘液便或浓血便为主要症状，其腹痛在大便后不缓解，具有传染性。传染途径主要是通过病人或带菌者的粪便以及由带菌的苍蝇污染日常用具、餐具、儿童玩具、饮料等传染他人。
重症者可突发高烧、昏迷、抽痉、呼吸不畅等中毒性脑病症状，有的甚至会出现面色苍白、发绀、四肢冰冷、脉搏细弱等休克现象，如不及时送医院抢救治疗，会导致生命危险。
而结肠炎却大部分是隐匿很久才发病，但是发病过程比较长，主要表现形式为腹泻、便秘，肠炎大便稀薄，次数增多，但不夹有脓血，也没有里急后重，腹痛可有可无，其疼痛大多在腹泻后减轻。同时也可能出现肠炎外的其他形式的疾病，如关节炎，虹膜睫状体炎等并发症。
虽然痢疾与肠炎都有腹泻腹痛症状，但痢疾是由痢疾杆菌引起的，病变部位在大肠，所以腹痛症状更明显，并伴里急后重和下坠感，会有“拉了还想拉”的感觉，具有传染性。
而与其名称相反的是，大肠杆菌导致的肠炎，病变部位却在小肠，因而有的患者会出现恶心，呕吐症状，大便稀薄，次数增多，但不夹有脓血，也没有里急后重，腹痛可有可无，其疼痛大多在腹泻后减轻。
