传说通灵宝玉是女娲补天时没用到的一块石头，经过女娲的修炼，那块石头已经有了灵性，因为没有被用到，以为自己没用，说以，它十分羞愧。一次外出时，它听到了两位仙人在谈论神瑛侍者下凡的事，便乞求把自己放在神瑛侍者的身边，两位仙人经不住乞求，便答应了。
而宝玉就是神瑛侍者，他出生时口含的通灵宝玉就是那块被遗下的石头。
第三回中，黛玉心中正疑惑着：“这个宝玉，不知是怎生个惫懒人物，懵懂顽童?倒不见那蠢物也罢了。”此“蠢物”显然是指贾宝玉，而书中所说的“蠢物”均指补天余石或由其幻化的通灵宝玉，可见贾宝玉就是补天余石即通灵宝玉的人格化身。
然而等黛玉见到贾宝玉时，便吃一大惊，心下想道：“好生奇怪，倒象在那里见过一般，何等眼熟到如此!”林黛玉与贾宝玉一见如故，说明贾宝玉的形象与神瑛侍者相似，是由西方灵河岸边三生石畔的神瑛侍者投胎而来。黛玉下凡是为了用眼泪偿还神瑛侍者的灌溉之恩，而黛玉常常为贾宝玉而流泪，表明贾宝玉就是那个下凡的神瑛侍者。
这就产生了疑问：贾宝玉究竟是补天余石的人格化身还是神瑛侍者的人格化身?通灵宝玉与神瑛侍者到底是什么关系?
有人说，贾宝玉的长相象神瑛侍者，其性情也与神瑛侍者相同，神瑛侍者昔日以甘露灌溉绛珠草，是护花使者，而贾宝玉怜香惜玉，也是护花使者，贾宝玉应该是神瑛侍者的人格化身。而“蠢物”补天余石即通灵宝玉是含在神瑛侍者即贾宝玉口中带到人间的，只是挂在贾宝玉脖子上的一个饰物，类似记录器。但这又带来一个新疑问：为什么作者要将主人公命名为“宝玉”并将其与“蠢物”补天余石等同起来?对此则很少有人解释清楚。
我认为，补天余石即幻化后的通灵宝玉和神瑛侍者的人格化身都是贾宝玉。
我们先来看看“石头”与贾宝玉的关系。
甲戌本凡例写道：“又曰《石头记》，是自譬石头所记之事也。”意谓书中的石头就是作者。第一回“空空道人遂向石头说道：‘石兄，你这一段故事，据你自己说有些趣味，故编写在此，意欲问世传奇。’”在这里，空空道人直接说《石头记》的故事就是石头“编写”的。由此可见，石头就是《红楼梦》的作者。
作者在凡例中写道：“此书开卷第一回也，作者自云：‘因曾历过一番梦幻之后，故将真事隐去，而撰此《石头记》一书也。……当此时则自欲将已往所赖上赖天恩、下承祖德，锦衣纨绔之时、饫甘餍美之日，背父母教育之恩、负师兄规训之德，已至今日一事无成、半生潦倒之罪，编述一记，以告普天下人。’”作者在开篇郑重申明书中所写的故事是自已少年时的亲身经历。第五回“新填《红楼梦》”甲戌侧批：“点题。盖作者自云所历不过红楼一梦耳。”在此脂砚斋也明确指出：《红楼梦》是写的作者自已的亲身经历。
是谁经历了书中的那些故事?自然是故事的主人公贾宝玉。可见，青埂峰下的那块补天余石，既是幻化后的通灵宝玉，也是投胎为人的贾宝玉，同时还是《红楼梦》的作者。
再来看看“神瑛侍者”与贾宝玉的关系。
第一回那僧笑道：“此事说来好笑，竟是千古未闻的罕事。只因西方灵河岸上三生石畔，有绛珠草一株，时有赤瑕宫神瑛侍者，日以甘露灌溉，这绛珠草便得久延岁月。后来既受天地精华，复得雨露滋养，遂得脱却草胎木质，得换人形，仅修成个女体，终日游于离恨天外，饥则食蜜青果为膳，渴则饮灌愁海水为汤。只因尚未酬报灌溉之德，故其五内便郁结着一段缠绵不尽之意。恰近日这神瑛侍者凡心偶炽，乘此昌明太平朝世，意欲下凡造历幻缘，已在警幻仙子案前挂了号。警幻亦曾问及灌溉之情未偿，趁此倒可了结的。那绛珠仙子道：‘他是甘露之惠，我并无此水可还。他既下世为人，我也去下世为人，但把我一生所有的眼泪还他，也偿还得过他了。’”
绛珠草就是指林黛玉，林黛玉常常为她与贾宝玉的感情纠葛而伤心流泪。林黛玉的泪是为贾宝玉而洒，可见贾宝玉就是那个下凡的神瑛侍者。
从以上引述内容看，贾宝玉既是作者的艺术化身，也是“石头”的人格化身，同时是“神瑛侍者”的人格化身。“神瑛侍者”与“石头”二者可以等同。
第五回中《终身误》曲里唱道：“俺只念木石前盟”。“木石前盟”是指绛珠仙子与神瑛侍者之间的盟约，在这里作者将“神瑛侍者”直接称作为“石头”，由此可见作者将“神瑛侍者”与“石头”等同齐观，视为一体。
为什么作者要贾宝玉同时代表“石头”和“神瑛侍者”呢?这是因为作者要表达不同的思想意旨。“石头”和“神瑛侍者”分别具有不同的含义。
作者写大荒山青埂峰补天余石主要是为了表达自己“无材补天”的悔恨之情。将其幻化成通灵宝玉由贾宝玉含而生之，是为了增加其神秘性和趣味性。
作者之所以悔恨，都是因为自己少年时代为情所迷，沉湎于风花雪月，厌恶功名，不求上进，致使老大一事无成，无材补天，半生潦倒。作者就是想通过讲述当日闺友闺情，来说明自己为何为情所迷，为何沉湎风月，为何厌恶功名，以警世人。
作者为何为情所迷?是因为作者当时身边有几个出类拔萃的女子，其中最为突出的便是自己的妻子薛宝钗和恋人林黛玉。因此作者以“怀金悼玉”作为全书的故事纲领。然而这块补天余石在投胎为人之前不能行动，只能孤零零地躺在大荒山青埂峰下，与书中的女孩子们没有交集，无法与闺友闺情联系起来，故事无法展开，于是作者不得不又杜撰出一个赤瑕宫神瑛侍者与绛珠草的故事，以此作为贾宝玉与林黛玉感情故事的起点和主线。
金陵十二钗正册：林黛玉、薛宝钗、贾元春、贾探春、史湘云、妙玉、贾迎春、贾惜春、王熙凤、巧姐、李纨、秦可卿
金陵十二钗副册：甄英莲、平儿、薛宝琴、尤三姐、尤二姐、尤氏、邢岫烟、李纹、李绮、喜鸾、四姐儿、傅秋芳
金陵十二钗又副册：晴雯、袭人、鸳鸯、小红、金钏、紫鹃、莺儿、麝月、司棋、玉钏、茜雪、柳五儿
十二贾氏：贾敬、贾赦、贾政、贾宝玉、贾琏、贾珍、贾环、贾蓉、贾兰、贾芸、贾蔷、贾芹
十二官：琪官、芳官、藕官、蕊官、药官、玉官、宝官、龄官、茄官、艾官、豆官、葵官
十二家人：赖大、焦大、王善保、周瑞、林之孝、乌进孝、包勇、吴贵、吴新登、邓好时、王柱儿、余信
其他人物：贾母、王夫人、薛姨妈、赵姨娘、邢夫人、林如海、贾雨村、甄士隐、刘姥姥、柳湘莲、薛蟠、贾瑞
