征方腊见于百二十回《水浒传》第110回后半回至第119回前半回，计18个整回2个半回。第110回后半回，写宿太尉保奏宋江征剿方腊，天子降敕“定限目下出师起行”;宋江大军直抵扬州屯扎。第111回，写宋江过长江攻打润州，是为征方腊的第一个战役。此后，宋江与卢俊义兵分两路，一路出兵常州、苏州。一路攻打宣州、湖州。第118回写宋江与卢俊义分别攻占了睦州和歙州，合兵一处围剿方腊老巢青溪县帮源洞。第119回前半回，写宋江攻入帮源洞。鲁智深生擒方腊，凯旋班师。
百回本征方腊紧接征辽之后，百二十回本则在其间插增了征田虎和征王庆二十回。尽管百二十本作手做了许多修改接榫的工作，但其破绽依然存在。其一，河北降将在征王庆一战中一显身手，征方腊时则全无踪影。这是作手不愿意对征方腊大动手术的缘故。其二，百回本第90回“双林渡燕青射雁”，在百二十回本被拆成“双林镇燕青遇故” (第90回)和“燕青秋林渡射雁”(第110回)，痕迹十分明显。其三，百回本第90回，写燕青、李逵听了方腊造反、朝廷派兵剿捕，“慌忙还了茶钱”，急忙回营，报知此事。“宋江听了道：‘我等军马诸将，闲居在此，甚是不宜。不若使人去告知宿太尉，令其于天子前保奏，我等情愿起兵，前去征进。’当时会集诸将商议，尽皆欢喜。”百二十回本第110回完全保留了这段文字，而第91回又重复了这段叙述，只不过把方腊事改为田虎事，把燕青、李逵改为戴宗、石秀而已。这表明作手修补时的疏漏。其四，作手对征方腊一段也做了些修补，例如第119回燕青辞主一段。百回本第99回，卢俊义对燕青说：“自从梁山泊归顺宋朝以来，北破辽兵，南征方腊，勤劳不易，边塞苦楚。”绝口不提征田虎、征王庆，这是征方腊直接征辽的证据。作者为弥补破绽，故将第119回卢俊义的话“北破辽兵、南征方腊”删掉，而添加“俺兄弟们身经百战”一句。但有许多地方，作手却疏忽了，如第114回费保对李俊说：“去破辽国时，不曾损折了一个兄弟;今番收方腊，眼见锉动锐气，天数不久。”第113回吴用劝宋江说：“当初破大辽之时，大小完全回京，皆是天数。今番折了兄弟们，此是各人寿数。”第111回宋江对吴用说：“当初梁山泊发愿，五台山设誓，但愿同生同死。回京之后，谁想道先去了公孙胜，御前留了金大坚、皇甫端，蔡太师又用了萧让，王都尉又要了乐和。”这些地方按理都应提及征田虎和征王庆的事，但书中人物却避而不谈。其实不是有意避而不谈，而是百回本中没有这部分内容，百二十回本插增进去又失于照应造成的。
此外，本世纪初，鲁迅曾说，百回本之前“当又有别本，即以平方腊接招安之后”的本子，而征方腊接招安之后，“于事理始为密合，然而证信尚缺，未能定也”(《中国小说史略》)。后来，胡适也表示了同样的见解：“大概最早的长篇颇近于鲁迅先生假定的招安以后直接平方腊的本子，即无辽国，也无王庆田虎。”(《百二十回本忠义水浒传序》)郑振铎也讲过类似的话。无论是百二十回本留下的插增痕迹，还是鲁迅先生等人的猜测，都说明征方腊在《水浒传》结构中的重要地位。换句话说，一部《水浒传》，除了金本那样保持了自身结构的完整性之外，只有征辽、征田虎和征王庆而无征方腊，就是有头无尾，倘去掉前三部分，只保留征方腊，其结构也还是完整的。
宋江受招安，方腊被削灭，这是中国历史上农民起义的两种典型结局。作者将这两种结局绾合在一起，形成了合力，同时产生了更为深刻的意义。招安的一方征剿未招安的一方，结果双方同归于尽，而赵宋政权并未受到任何损害，佞臣贪官依旧权势赫然如故。这不仅是宋江和方腊的悲剧，而且是中国历史的悲剧。
作者对方腊起义过程几乎没有写什么，仅仅在第110回说了下面几句：“因朱勔在吴中征取花石纲，百姓大怨，人人思乱，方腊乘机造反。”还提到了造反原因：“此人原是歙州山中樵夫，因去溪边净手，水中照见自己头戴天平冠，身穿衮龙袍，以此向人说自家有天子福分。”征方腊前后写了19回，文字量如此之大，且方腊占据八州二十五县，“自为国王，独霸一方，非同小可”，但是作者却始终回避对他的正面描写，这就值得深思。解决这一问题需要联系排座次以前的水浒故事。排座次之前，作品反复复现着乱自上作、官逼民反的主旋律。招安以后，这一主旋律也就戛然而止了，代之而起的则是维护一统、反对分裂的新的旋律，征方腊就是这一新旋律的基础乐章。无论是征辽，还是征田虎、征王庆，都只是围绕这一新旋律的变奏。作者不正面描写方腊造反经过，就是要突出方腊的“自号为一国”破坏了一统天下的局面。方腊是在“百姓大怨，人人思乱”的前提条件下起事的，循此写下去，必然是官逼民反旋律的复现。作者为了给宋江征方腊赋予更充足的理由，于是采取了回避的办法。插增王庆故事的作者没有考虑到这一层关系，写了长达四回的王庆造反经过，则既冲淡了征王庆的主题，也使结构不协调。官逼民反与维护一统两个主题之所以能够统一起来，是因为有反贪官佞臣这一条线索贯彻始终。
维护一统是征方腊更深刻的内涵，它积淀着几千年中国历史的事实，也对应了深层民族文化心理结构。维护一统和破坏一统既是一场政治军事仗，也是一场文化心理仗，其激烈程度远远超出了宋江、方腊双方争斗的本身。在维护一统面前，其他任何矛盾都要降为次要矛盾，例如招安与反招安的矛盾、水泊英雄与奸臣贪官的矛盾，都已构不成主要矛盾了。尽管这两组矛盾在征方腊的过程中仍然存在，但毕竟只是几度偶尔呈示出来的不协和音，而后一组矛盾是在维护一统任务完成之后，才再一次强化起来的。维护一统显示和强化了民族凝聚力，同时所付出的代价也是惨重的。这正是宋江征方腊故事更为隐蔽的意蕴。
征方腊战争结束，梁山好汉阵亡、病故的多达七十员，入京朝觐的仅有二十七员，以至于“东京百姓看了，只剩得这几个回来，众皆嗟叹不已”(第119回)。虽然得胜而归，却十分凄凉。众英雄阵亡，大多数都只有极简略的交代，少数的如张顺、解珍和解宝，着色笔墨较多，稍能显出悲惨景象。第114回，写张顺为了及早地攻下杭州，半夜只身过湖偷渡水门。尽管他十分谨慎小心，但最后还是被城上军士发现，结果被射死涌金门外水池中。这段文字描绘较细，张顺的心理也有所接触，给读者留下的印象也就较深。第116回，写解珍、解宝月夜偷上乌龙岭，被山上军士发现。“解珍正爬在山凹处，只听得上面叫声：‘着!’一挠钩正搭住解珍头髻。解珍急去腰里，拔得刀出来时，上面已把他提得脚悬了。解珍心慌，连忙一刀，砍断挠钩，却从空里坠下来。可怜解珍做了半世好汉，从这百十丈高岩上，倒撞下来死于非命。下面都是狼牙乱石，粉碎了身躯。解宝见哥哥颠将下去，急退步下岭时，上头早滚下大小石块，并短弩弓箭，从竹藤里射来。可怜解宝为了一世猎户，做一块儿射死在乌龙岭边，竹藤丛里，两个身死。”这段描写，再加上前面的环境烘托，气氛渲染，写得十分凄惨而悲壮。
第113回，在激烈的战斗气氛中，笔锋一转，出现了“混江龙太湖小结义”的场面，给平淡的战争故事添加了色彩。梁山好汉大聚义达到了起义事业的顶峰，而这里的小结义则是众好汉分崩离析的象征。费保等四人，大有水泊英雄的风采，李俊、童威、童猛被擒，义释一段文字，直是《水浒传》前70回风格的再现。当李俊提到保费保等人做官时，费保斩钉截铁说：“不愿做官，只求快活。”此时的费保是比梁山好汉们头脑更加清醒的。李俊受到费保的启发，因此在班师途中“诈中风疾，倒在床上”，脱离了宋江大军，然后乘驾出海，“自投化外国去了，后来为暹罗国之主”(第119回)这些叙述描写，意在言外，余韵无穷。清初的陈忱，即从此生发，演出一部《水浒后传》来。类似的，如第119回燕青辞主一段，也饶有文学意味。宋江与诸将离了杭州，望京师进发，燕青劝卢俊义：“纳还原授官诰，私去隐迹埋名，寻个僻净去处，以终天年。”但卢俊义尚执迷不悟，幻想“衣锦还乡，图个封妻荫子”。燕青没有说服卢俊义，只好“纳头拜了八拜，当夜收拾了一担金珠宝贝挑着，竟不知投何处去了”。除燕青辞主一段，第119回写鲁智深坐化，武松六和寺出家等描写，以及“林冲染患风病瘫了，杨雄发背疮而死，时迁又感搅肠痧而死”等交代，画面极为悲凉，令读者惊心动魄，足以显示作者的艺术功力。
