1、小龙虾苗种繁育瓶颈
目前小龙虾大规模的苗种繁育还没有取得突破，养殖小龙虾的养殖户只能通过自繁自育来满足对苗种的需求。自繁自育这种繁育模式不能实现大规模高密度的繁殖虾苗，因此繁育虾苗需要占据很多池塘资源，造成池塘资源的较大浪费;如果需要建设大面积的池塘精养养殖场，那苗种来源就变的很困难，需要配备同样面积大小的稻田虾苗繁育场来提供虾苗，这将是很大的一笔支出，对小龙虾的规模化养殖是道难题，阻碍了小龙虾的产量的提升。
2、小龙虾苗种品质瓶颈
小龙虾虾苗除了人工诱导繁殖效率低下外，还存在着品质问题。很多养殖户采购虾苗的时候都是小心翼翼的，很多虾苗的种质资源已经退化，养殖中存在生长缓慢和疾病较多的情况。自繁自育的繁育方式无法选择和改良小龙虾生长的种质基因，这些劣质基因一代又一代的遗传到后代之中。对小龙虾产量提升来说极为不利。
3、小龙虾生理习性限制
淡水小龙虾学名叫克氏原螯虾，是一种底栖的爬行动物。这说明小龙虾是不会像鱼类一样可以在水中游动，它的行动方式基本还是靠爬，只有池中的附着的地方够多才能容纳足够多的小龙虾，池塘的面积是固定的，附着物的数量就变的有限了，所以小龙虾的产量就很难大量提高了;小龙虾生性好斗，需要蜕壳生长，也害怕强光，蜕壳要到浅水区，怕光就要躲藏在水底或者水草中，这就免不了小龙虾见面的机会增多，但小龙虾见面了就容易引起互相厮杀，以大欺小，以强欺弱，这也是阻碍小龙虾产量提升的一个难题。
4、缺乏小龙虾病害研究
小龙虾养殖的面积逐年增加，养殖范围越来越广，有相当一部分养殖户不注意后果，滥用抗生素，也不注意病害传染的防疫，导致现在小龙虾大规模流行的病害种类越来越多，以小龙虾的白斑综合征病最为严重，发病快，传染性强，由于缺乏对病害的研究，患病小龙虾基本没有救治的可能，这给高密度养殖小龙虾的养殖者提出更高的技术要求，病害肆掠阻碍了小龙虾产量的提升。
小龙虾养殖方式多半都是照搬螃蟹养殖的一套做法，针对小龙虾养殖还没有一种特别有效的方式去提升产量和质量，当前有几种探索如何提升小龙虾产量的模式。比如：室内流水养殖小龙虾，温室大棚养殖小龙虾，水泥池养殖小龙虾等，这些方式都存在严重的缺陷，但是确实是当前探索小龙虾产量提升的一些有用探索。
