红薯与马铃薯在贮藏期间对温度的要求相差较大，倘若硬把它们放在一起，那么迁就了马铃薯就害了红薯，满足了红薯就坏了马铃薯，甚至造成两败俱伤。这是为什么呢？
红薯、马铃薯虽说都是薯类作物，但它们确有所不同。二者的生长和薯块贮藏的适宜温度明显不同。
在贮藏红薯时，为了预防黑斑病、软腐病等入侵薯块，一般入窖后先将窖温提高到34℃～37℃、相对湿度85％上下，并持续4天左右，以使薯块在挖掘时所造成的伤口尽快愈合，防止染病，生产上称之为高温愈合。在此之后窖温一般掌握在10℃～15℃，相对湿度85％～90％，这样能使红薯处于相对稳定的休眠状态。如窖温低于9℃，时间过长便会发生冷害，使薯块的贮藏性减弱，易发生僵心或腐烂。如果窖温在3℃～6℃，6天就会表现出冷害然后发生干腐。当然如果温度高于15℃，薯块呼吸会加剧，大量消耗养分和水分使薯块减重，并且易造成病菌蔓延，导致薯腐或发芽。
马铃薯贮存期间的最适宜窖温为2℃～4℃。温度高于5℃，块茎的呼吸作用强水分消耗比干物质耗量大，会出现表皮皱缩现象，尤其是在通过休眠期后块茎芽眼中的幼芽便开始萌动，12℃以上块茎便大量抽芽。一旦出芽，其芽眼周围便会产生一种叫龙葵碱的毒素，对人畜有害，影响其外观和食用品质。所以发了芽的薯块一定要将芽眼周围的薯肉挖掉才能食用。薯块发芽变青严重时只好全部扔掉。至于窖内湿度，马铃薯与甘薯类似，以85％～90％左右为宜，湿度不够也会发生皱缩，影响食用和种用价值。湿度高时霉菌容易发生，甚至造成块茎腐烂。
