病虫害是影响香菇产量和质量的一大因素，防治病虫害是香菇栽培的重要内容。病虫害防治以防为主，防治结合，主要是防。必须使用化学药物防治病虫害要选择国家允许的农药，严格按照国家规定的安全用药标准施用。
1、香菇黑斑病
防治措施：强化转色管理，剔除感病菌袋，杜绝传染机会；控温控湿，加强通风管理；调低空气湿度。发生病害后，将病袋移出棚外，连续喷洒百病傻药液，或浸洗30分钟以上，杀死菌袋表面病菌。
2、香菇片菇病
防治措施：彻底清理接种、培养及出菇棚周围环境，周围喷洒400倍多菌灵及200倍苯酚混合溶液；病菌基数偏高时，菇棚内喷洒100倍苯酚溶液，密闭2天后方可启用。严格接种的无菌操作，培养室每5天喷一次药物杀菌，可交替使用百病傻和200倍苯酚。发生病害后，将病袋移出，焚烧或深埋，也可堆酵处理。
3、香菇褶腐病
加强清洁、杀菌等预防性措施。加强菇棚的通风，必要时降低湿度至75%以下，对病菌有较好的抑制作用。发生病害后，及时将病菇及病袋移出棚外，喷洒或浸泡500倍多菌灵或甲基托布津后，予以堆酵处理。
4、香菇褐斑病
褐斑病是由荧光假单孢杆菌引起子实体产生褐色斑、腐烂、发臭、产生粘稠物。此病多在20摄氏度、高温的环境发生。防治措施：采取预防措施，进行菇棚处理。菇棚外使用500倍多菌灵喷洒杀菌。采菇盆、周转箱、割菇刀以及其它工具使用消霉王溶液浸泡或擦洗，然后再带入棚内使用。加强菇房通风换气。防止菇蝇、螨进入菇房。局部发病时，可喷洒2％福尔马林或波尔多液。
5、香菇褐腐病
防治措施：参考前述，对菇棚进行彻底消杀，出菇期间，保湿和补水用水要清洁，同时要加强通风换气。出现病菇后，及时摘下、销毁，然后停止喷水，加大通风量，并喷洒赛百09溶液进行杀菌。
