褐斑病多在贮藏中期至后期发生。初期症状为浅褐色不规则斑点，以后颜色变深，病斑扩大，在低温下发展成为以蒂部为中心的、不规则的环形病斑。
⑴褐斑病(干疤)：多在贮藏中期至后期发生。初期症状为浅褐色不规则斑点，以后颜色变深，病斑扩大，在低温下发展成为以蒂部为中心的、不规则的环形病斑。病斑处油胞破裂。凹陷干缩，部位仅限于外果皮。多数认为这是一种低温失调的生理病。在低温低湿下贮藏，发病尤为严重。在贮藏上通过适当晚采、高湿、低O2和高CO2避免贮温过低等措施，来控制和降低褐斑病发病率。
⑵水肿病：初期果皮变淡，局部果皮出现不规则、半透明的水渍状斑，食之有煤油味。病情严重后整个果实为半透明水渍状果，松软，易剥皮，食之有浓厚的酒精味。若继续贮藏，则被其它致病菌侵染而腐烂。
大量试验表明，贮温过低和通风换气不良使CO2积累过多，会导致水肿病的发生。只要两个因子中的任何一个存在一定时间后就会导致水肿病发生，两种因子同时存在时则发病更早、更严重。所以防治柠檬果实水肿病应注意防止贮温过低或波动过大，同时加强管理，注意通风换气。
