小花椒树在修剪时需在第一年进行短截，将其高度进行控制;之后再发芽前要剪除离基部30～50cm远的枝条，保留5～7个主枝使其生长即可。还要做好整形修剪，使其枝条通风透光旺盛生长;在果期要修剪出上疏下密的结构，使其更好结果。
1、短截修剪
在小花椒树怎样修剪中要注意在栽种后的第一年对其进行短截修剪，将其过长的枝条全部短截，使其生长高度控制在适宜的范围内，从而让小花椒树可以积蓄养分更好的生长，促使其变得茁壮健康。
2、芽前修剪
在小花椒树发芽以前，要对其做好芽前修剪，将距离树干基部有30～50cm远的枝条全部剪除，对于树干上的主枝也要做好修剪工作，只用保留下来5～7个主枝即可，能够让小花椒树更好的萌发侧枝变得旺盛。
3、整形修剪
等到其株型旺盛以后，还要对小花椒树做好整形修剪工作，将植株上过于密集拥挤的枝条疏剪开来，并要将其中存在的交叉枝条和细小瘦弱的枝条剪除，使小花椒树有着良好株型，并且枝叶可在通风透光环境中茁壮生长。
4、果期修剪
当小花椒树进入果期以后，则要注意做好果期枝条的修剪，按照上疏下密的枝条结构，对小花椒树的密生枝剪除，并要将上方顶端的细小弱枝剪除，保留下方密实的壮枝，将花芽多余的摘除，让小花椒树可更好生长结果。
