除了正常的孢子生殖外，蕨类的根、根状茎及叶，都能依靠产生的无性芽孢和顶端分生组织产生新植株，所以根据不同类型的蕨类植物应采取不同的繁殖方法。
分株繁殖是蕨类无性繁殖最常用也是最有效的方法。这种方法主要适用于有横走茎或丛生的种类。分株过程很简单，将蕨挖出后用利器分成两个或多个独立的植株，每个小植株至少要有1个芽，并给母株留有足够生长的根状茎就行了。姬蕨的地下茎蔓延很快，可在早春到夏初出现新芽时将其分株。骨碎补科植物，根总是暴露在培养土表面，只需切取带有足够根系和新芽的部分，适当剪去老叶，栽于腐殖土中，很快就能长出新根和新叶。有气生根的蕨如槲蕨，多成丛地附生在树干或岩石上，根状茎肥厚，能贮存水分，分株时要保证有足够的根。对于丛生性或直立根茎的蕨如鳞毛蕨、蹄盖蕨等，可用利刃一分为二，分别栽植。一些特殊的蕨如鹿角蕨，会在根上或根状茎上长出小植株，可待其长出保护叶后，用刀在其最老的保护叶上切下小植株并带部分基部蕨叶，用铁丝固定在蛇木板或腐烂的木板上，保持高的湿度使其恢复生长。分株后的植株都需要精心养护，以利于长出新根。需将每个部分剪掉过大的根系及枯叶、叶柄及受伤部位后，栽于排水良好的基质上，并适当遮荫，保持温湿度，特别要保护好新的拳芽和未展开的小叶，在细心养护下很快就能恢复生长。
有些蕨有在叶子上产生小植株的能力，这种小植株称为珠芽。在叶子顶端着生珠芽的种类有长生铁角蕨、单芽狗脊蕨以及过山蕨等。过山蕨每株植物会有2~3个成熟的珠芽，如弓状弹落到地面便形成小植株，小植株长大后又能长出小珠芽，不断地繁衍就能越过小山梁，因此得名过山蕨。在叶脉上散生小植株的种类有多鳞耳蕨，可分段切下带小植株的叶脉，植入沙和腐殖土(3：1)混合的土壤。胎生狗脊蕨和芽孢铁角蕨等在叶面上着生珠芽。连在母体上的珠芽可以从母本植株获得充分的水分和养料，一般待其长到一定大小时，最好是生根后，才从母体分离下来。此时繁殖成活率高，可栽于沙和泥炭土混和的基质中，不要埋得过深，盆上覆盖玻璃板或塑料薄膜，以保持空气湿度。也有人借助于一个铁丝圈将母体的珠芽部分固定在土面上，使之自然长成小植株，最后再与母体分开，成为独立的小植株。
与珠芽十分相似的是芽孢，这也是一种叶上的无性繁殖芽，是松叶蕨属和附生的石松等蕨类所特有的。在配子体发育过程中产生一群小芽孢，当它们成熟后，就会随着雨水扩散，着生于树皮上或土壤中。
许多蕨类能在侧枝上生长出类似根的匍匐茎，大多数的匍匐茎是地生的，肾蕨属植物的匍匐茎是气生的，往往悬于空中，只有落到地面接触土壤时，才能长成小植株。匍匐茎会从母体向四周延伸，这时如再用土壤压盖，就会产生新的芽和根。刚长出的小植株需继续从母株上吸取水分和营养，所以不能急于将它与母株分离，要待其能够自养独立生存时，才能在接近母株的地方切断匍匐茎，将小植株移到新的培养条件下。一般在春夏间移植成活率最高。
压条对一些特殊的蕨是很好的方法。如对穗状的石松及攀缘的蕨如海金沙等，将其生长部分用混合土压盖，芽眼处就会生根，待生长良好后分离即可。骨碎补科的一些种类地上部分有长的根状茎，可用空中压条方法。将湿润的腐殖土和苔藓用塑料薄膜包扎在茎干上，2~3个月后可以看到根开始生成，当根系布满后，从主茎上剪下移植，就成为新植株了。对开蕨类植物也可采用压条法繁殖，将靠近根茎的成熟的老叶片摘下，去掉死亡物质，置于消毒过的沙和泥炭土(3：1)的混合土壤中，栽植槽上面覆盖玻璃或薄膜，在温暖而遮荫的条件下，1~2个月就会出现新芽，待其长出良好的根和叶时就可移于盆中。这种近似扦插的方法很有实用价值。
块茎是地下根或匍匐茎膨大而成的变态结构，具有贮藏营养和再生功能。有块茎的蕨很少，最有代表性的就是肾蕨。块茎一般都是拥挤地着生在根状茎上的，肾蕨的块茎为卵圆形或球形，直径1~2厘米，幼时外皮有亮白色鳞毛，成熟后呈褐色，块茎肉质，白色，充满水分。肾蕨的块茎着生在铁丝状的匍匐茎上，繁殖时可切取带有一部分匍匐茎的块茎移栽于疏松透水的土壤中，很快就能长成新植株。
蕨类植物的无性繁殖方法还有很多，如莲座蕨属的植物还可通过叶耳繁殖。石松属的一些种可通过茎尖繁殖。用组织培养方法可对珍稀濒危蕨类及产生不育孢子的杂交种进行繁殖。
