组织结构是组织设计最重要的内容，是企业运行的载体，也是企业的组织流程，结构越简单，效率越高，结构越复杂，则效率越低。但根据我咨询辅导的企业来看，大部分企业在设计组织结构时，都会犯一些低级的错误，有的只是一张组织结构图完事了，有的连组织结构图都没有，甚至有的连组织结构为何物都不清楚。组织结构的设计既要强调分工合作，但也要注重于部门之间的协调。
组织结构是一个企业的整体结构，是企业的“骨骼”，是企业内部资源、岗位设置、流程搭建、开展业务活动的依据。没有组织结构，企业是无法运转的。组织结构从表现形式来看有直线职能制、事业部制、矩阵制、株式会制、网络制、模拟分权制、委员会制等，随着管理理论的不断演绎，又提出了扁平化管理、宝塔式管理、倒金字塔管理等，各种管理模式可谓是五花八门，让人眼花缭乱，应接不暇，不知道该怎么选择。
直线职能制是目前中小企业普遍存在的一种组织结构，是直线制结构与职能制结合起来，以直线为基础，在各级行政负责人之下设置相应的职能部门，分别从事专业管理，作为领导的参谋，实行统一指挥与职能部门参谋、指导相结合的一种组织结构形式。其优点为：统一指挥，充分发挥参谋人员的作用；分工精细、责任清晰，效率高。缺点为：部门间横向联系差，信息传递路线长，可能会导致信息失真。随着企业规模的扩大，管理层次的增加，企业的效率越来越低，近年来，“扁平化管理”一词频繁出现。扁平化管理是指企业自上而下减少管理层次，增加管理幅度，建立横向组织，使企业效率增加的一种组织形式。当管理层次减少而管理幅度增加时，原来金字塔状的组织形式自然就会被“压扁”，从而达到了扁平化的目的。通过扁平化，提高了管理效率，也降低了管理成本，使之提高企业决策的及时性、有效性、扩大信息沟通的范围，以便灵活应对市场变化，最大限度降低企业经营风险。但由于扁平化是对企业冲击力度较大，不亚于流程再造，因此企业条件不成熟时，不要轻易使用，否则可能会造成企业一盘散沙，给企业带来灾难性后果。
21世纪信息高度发展，信息就是财富，这就要求企业的市场经济的浪潮中，反应迅速，谁反应迅速，就意味着谁掌握了主动权，尤其是对市场的反应。因此，中小企业的的组织结构设计应从提高管理效率的角度出发，“让离炮声最近的人及时做出决策”，根据企业的市场环境、反战战略、发展阶段、发展规模、企业文化等做出合理的调整。
组织结构的设计是企业战略运行的载体，是岗位设置、管理及业务流程优化、沟通渠道的依据。组织结构设计是否合理，最终影响的是效率的发挥，甚至会影响到企业的利润。
