阿米巴组织的划分必须有利于公司整体的发展战略和经营方针。阿米巴组织不是一次划分完成以后就万事大吉了，还需要根据市场的变化和对手的动态，随着业务流程的改变、优化，现有的阿米巴组织架构也必须及时调整。
阿米巴组织的划分并非越细越好，但过于粗放型也难以改进管理。阿米巴组织划分必须根据企业实际情况进行调整。阿米巴组织如何划分至关重要，在阿米巴组织划分方面失败了，阿米巴经营的导入就困难重重。从这个意义上讲，阿米巴组织划分，既是阿米巴经营的开始，也是阿米巴经营的终结。
阿米巴经营模式注重精简的内部组织结构，强调各部门分工明确以提高效率，精简工作人员。阿米巴组织架构必须与企业发展战略相匹配，能贯彻经营方针和企业家的经营意志，这是划分阿米巴组织的前提。如果阿米巴组织内部结构划分科学合理，各部门各司其职，就能够创造高收益。
行业及企业发展的不同阶段、业务构造等不同，对阿米巴组织的划分就不同，即使是同一行业，各企业也有自己的方式。但是，无论何种方式划分都要格外慎重，阿米巴组织划分都必须符合四个基本条件：
（1）阿米巴组织收入来源明确
阿米巴组织的收入和费用必须清晰，阿米巴组织必须是一个可以独立核算的单位。为获取这些收入而产生的支出能够清晰计算。如：一般中小企业职能部门由于没有对外进行销售的业务，因此不能作为一个阿米巴组织独立出来；但对于大型企业集团，其有些职能部门，如企业大学培训部，既为企业内部提供培训服务，同时以其独特专业优势也为外部提供服务，就可以划分为阿米巴组织。
（2）以企业整体效益为前提，能够贯彻企业发展战略和经营方针
如：一家企业有两个项目，其中一个是新项目，已经进行了初期投资。这时新项目尚不能划分成阿米巴单元进行独立核算，因为此时除了公司总经理外，没有其他的人能对此项目负责，还不能完全贯彻公司发展战略和经营方针。
（3）阿米巴组织产出明确，具备独立完成某项业务的能力，能够独立完成业务
如：销售流程一般都是客户信息收集、需求了解、标书制作、投标公关、工程服务、收款，整个过程紧密相关联，如果不能独立完成业务，就不能将其项目下属的每个单位都划分成阿米巴组织。
（4）企业具有可以被授权的经营管理人才
阿米巴经营模式的本质是一种量化的赋权管理模式，每个“阿米巴”都像一个小企业，都有经营者，都有销售额、成本和利润。因此划分阿米巴组织之前必须有可以被授权的经营管理人才。
阿米巴组织划分的目的包括四个方面：透视企业实际状况；内部传递市场压力，实现内部竞争；达成全员参与的经营；快速大量培养经营管理人才。
其次，要正确划分阿米巴组织，必须以设置正确的企业组织结构为起点。设置好了正确的组织结构之后，就是阿米巴组织的划分了。
阿米巴组织划分必须首先遵守两大基本原则，第一能够贯彻企业的战略目标，第二是适当性原则，阿米巴组织划分也并非越细越好。其次，还要满足三大划分前提条件：能够独立经营核算；能够执行公司发展战略与经营方针；是一个能够独立完成业务的单位。
阿米巴组织的划分是一门科学，也是一门艺术，还需要考虑到公司是否有满足授权条件的阿米巴经营管理人才。没有经营管理人才作为支撑，就算满足其他条件也不能轻易划分阿米巴组织。
