首先，试点阿米巴的人员覆盖面小，因而不能完全反应阿米巴全面推行时的困难。
阿米巴经营是全员共同参与式的经营模式，其经营哲学需要整个企业每一个人的认同，而试点部门最多不过几十人，可能是一个销售小团队，可能是一个制造车间，又或者是其他部门中的某个组织。统一几十人的理念和统一整个企业的理念，其难度系数和可能遇到的困难肯定不会一样。所以，可能在试点阿米巴单位进展顺利的哲学统一，一但到了全面展开时难免波折重重。
其次，试点阿米巴如早产儿一样羸弱，不能反应健康的阿米巴单元能取得的运行效果。
正常情况下，我们需要把企业划分成一个个小的组织，也就是阿米巴单元，再根据企业实际情况赋权给每个阿米巴单元。而当企业采用试点推行的途径，很可能省略划分阿米巴单元的过程，“胡乱一指”一个试点就诞生了。
试点阿米巴与真正意义上的阿米巴截然不同，它不是企业对阿米巴组织划分、优化、重组的产物，因而就像温室中的花朵一般经不起外部市场的检验；它始终是孤立、理想化地存在于企业中，对外界变化敏感度低，也不具有灵活可变的特征；由于原始试点的划分过于粗放，试点往往只在单一职能的某个部门里试行，正因为如此，意味着该试点无法完成阿米巴单元本该具有的完整功能。
再次，试点阿米巴缺乏与之互动、互相促进的相应组织，无法实现阿米巴经营所要求的各部门资源优势互补。
经过一段时间的经营工作，阿米巴单元的巴长根据经营会计报表做出决策后，将资源重新分配，这时往往需要其他阿米巴的配合。但既然只有一个阿米巴试点，不存在其他阿米巴单元与其进行内部交易式的合作，那么资源重新分配后产生的成效何从算起？这样谈阿米巴的循环完善是不现实的。
或许有人会问，那么如果我谨慎安排阿米巴试点的人才结构，使其具有完整的职能，问题不就迎刃而解？如果试点能够在真正意义上成为企业整体的缩小版模型，那么结论还是有一定科学性的。可是这样一来，阿米巴经营所要求的各部门相互配合，资源优势互补就无法实现。
与此同时，引入内部交易会计有利于打造外部竞争优势。内部交易涉及到企业内从生产到销售的各个环节，每个不同职能的部门都将参与其中。而在试点过程中，仅靠试点阿米巴本身无法传导或感受市场竞争压力，也就无法运用市场竞争机制，所以这样的试点不是最逼真的阿米巴场景。
总之，通过再现阿米巴贯彻的流程，我们可以看到，试点阿米巴无法满足整个企业阿米巴的大部分条件，它所模拟的环境和真正的企业大环境有很大差距，试点的经验借鉴意义并不大。下面再来看，试点阿米巴在其他方面能否给出有效的经验。
