1、自贸区和保税区的区别在于自贸区是通过签订自由贸易协定，不受海关监管可以自由运出境外的通道口，而保税区则是一个典型的经国务院批准设立的、技术、受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域。前者自由度会比较高，而后者往往看上去就是一个典型的储蓄点，因而这就是自贸区和保税区的主要区别。
2、在当前的世界上，自贸区往往是属于比较自由的那类地区，目前已有欧盟、北美自由贸易区等自贸区，还有中国东盟自由贸易区也是典型的。而保税区则往往是一个关境内的一小块区域，这个区域一般需要进行围网隔离，且对境外入区货物的关税实施免税或保税，而不是降低关税。
3、综合而言，自贸区一般是物流集散中心，大进大出，加工贸易比较发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能带动区域经济的发展。而保税区由于其历史的局限性，功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限，所以目前逐步不成为了主流。
