清理鱼缸中鱼屎一般有三种方法。首先可以用设备清理，也就是过滤器，过滤器会产生水流，将鱼屎吸附到滤槽中，然后被微生物分解掉，产生的氨氮则会被硝化细菌转化。其次可以人工清理，每次换水的时候将水从底部抽出，也能抽出鱼屎来。还有一种是养工具鱼清理，不过短期有效，时间长了还是没什么用。
一、设备清理
想要清理鱼缸里的鱼屎，最简单的方法就是交给过滤设备。过滤器可以产生一定的水流，进而将水中的污物吸到过滤槽中。污物在过滤槽内会被微生物分解，产生的氨氮则能通过硝化细菌转化，将它们变为对鱼儿无害的硝酸盐，这样一来就可以保持水质，避免水体恶化后，鱼儿的健康得不到保障。
二、人工清理
如果鱼缸中没有过滤设备，鱼屎就只能人工清理了。一般在换水的时候，找一根管子，将其一头放到水底，然后在另一头吸一口，通过虹吸法将水从底部抽出，这样可以将底部的鱼食抽走，之后再兑入新水就可以了。也可以定期清理鱼缸，把鱼儿捞出来放到别的地方暂养，排空水后擦一擦鱼缸，把污物清理走。
三、养鱼清理
有一些工具鱼也有清理鱼屎的能力，比如清道夫等异型鱼，这类鱼生活在水底，嘴长在下方，方便吸附水底的残饵和鱼便。需要注意的是，虽然它们可以吸走鱼屎，但它们也会排泄，所以短时间内虽然可以清理干净，但时间一长还是会有问题，所以最好的办法还是人工清理或过滤清理。
