孔雀鱼3代之内近亲繁殖是没有太大问题的，因为近亲繁殖还能保证品种的纯正性，所以只要在3代以内，近亲繁殖是没有问题的。但是3代以后，就不建议近亲繁殖了，因为它们近亲繁殖超过3代，基因会出现退化的情况。而且超过3代以后近亲繁殖，小鱼可能会出现长不大或者出现早早夭折的情况。
孔雀鱼近亲繁殖只要不超过3代是不会出现太大问题的，近亲繁殖可以保证品种的纯正性，所以饲养者只要在3代以内近亲繁殖，是不会出现太大问题的。但是近亲繁殖超过3代以后，就有可能会出现基因退化的情况。而且超过3代以后，它们繁殖出的后代质量也会变差。比如3代以后近亲繁殖的孔雀鱼小鱼有可能会长不大，还有可能会出现胎死腹中的情况。
二、孔雀鱼怎么保证品种纯正
1、单独饲养：饲养者要想保证孔雀鱼品种的纯正性，最好将它们单独饲养。在繁殖的时候，也要选择同品种的孔雀鱼进行交配。繁殖出的小鱼也要分开喂养，这样可以避免它们自然繁殖。
2、饲养多条：虽然孔雀鱼同品种交配可以保证它们的纯正性，但是饲养者也不能让一对孔雀鱼一直繁殖。最好多样几条品种纯正的孔雀鱼，这样它们才能避免近亲繁殖导致基因退化的情况。但是纯种的孔雀鱼价格是比较高的，饲养者在养殖的时候需要悉心照顾，避免它们出现死亡的情况。
