1906年秋主导改官制最终失败，使袁世凯不仅未能如愿进一步扩大自己的权势，反因成为众矢之的而不得不辞却八项兼职并交出四镇新军，权势大为减损。以袁之雄心勃勃，自不甘心，所以虽然在中央官制改革中大权顿失。但在地方官制改革中，他却大获成功，总算是“收之桑榆”。
一，倒袁
袁在中央官制改革中的失败，除了满清亲贵集团反对外，另一个重要的反对力量是以瞿鸿禨、岑春煊、王文韶、赵炳麟等为要角的汉族大臣、御史。由于瞿素有清廉之名，所以这种力量颇得时论好评。两广总督岑春煊是瞿派要角，由于在八国联侵华时护驾西逃有功，甚得慈禧太后宠信。在“倒袁”活动中，他起了重要作用。在因地方改制而起的权力争夺战中，袁世凯奋力反扑，与瞿、岑展开一场恶战。
与中央官制改革几乎同时，清廷又着手进行地方官制的改革。朝廷提出大改、小改两种方案供讨论，由于对改革方案分歧较大，最后决定了一个折衷的方案。这个方案有两点最为重要：一是规定督抚设会议厅，定期传集司道以下官员讨论重要事件，如果涉及地方，要让乡绅参与。二是各省设提法司，置提法使，管理司法行政，监督各级审判，为日后地方司法的行政与审判分离打下基础。官制改革事关重大，清廷决定先在东三省进行改制试点，然后再向全国推广。东三省为清王朝的“龙兴之地”，一直被清政府作为特区，建置也自成体系，最高长官为将军。东三省改制试点从1907年4月开始，废除东三省原有将军体制，设东三省总督兼管三省将军事务，同时设奉天、吉林、黑龙江三省巡抚。
奕劻是掌管实权的军机大臣，以贪渎无厌著称，袁世凯早花巨资将其买通。1906年9月中旬，正是在奕、袁的策动下，朝廷将两广总督岑春煊改任云贵总督，两广总督则由袁世凯的亲家、原闽浙总督周馥接任。这样，地位特殊的两广总督由袁控制，瞿派干将岑春煊在地处边远的西南一隅难有作为。同年10月中旬，奕劻长子、农工商部尚书载振与军机大臣、袁世凯心腹徐世昌赴东三省考察，表明袁派要将东三省纳入自己的意图。一行途经天津时，载振为歌妓杨翠喜倾倒，直隶道员段芝贵当即以一万二千金赎出，献给载振，同时从天津巨商王竹林处借银十万量，送给奕劻作寿礼。
面对袁世凯的挑战，瞿派当然不会罢休。岑春煊自持得宠于太后，拒不到西南上任，反而以养病、出洋为名跑到交通便利、信息灵通的上海，观察形势。朝廷无奈，只得在1907年3月3日改调岑为四川总督，但岑依然按兵不动。4月20日，东三省官制发表，徐世昌为东三省总督，奉天巡抚唐绍仪、署吉林巡抚朱家宝，段芝贵由道员跃升为署黑龙江巡抚，尽是袁的党羽，举国舆论哗然。这时，一直在上海不愿入川就任的岑突然以进川赴任为名直抵武汉，又突然电请入京觐见太后。由于怕奕劻阻拦，他不等回电便乘车北上。他在5月1日夜到达北京，次日慈禧、光绪即予召见，随后三天连续被召见三次。他对慈禧面奏说：“臣不胜犬马恋主之情，意欲留在为皇太后、皇上作一看家恶犬。”慈禧大为感动，由于邮传部尚书出缺月余，谋此肥缺者甚众，便任命岑为该部尚书。
在慈禧召见时，岑春煊还面奏奕劻贪庸误国，贿赂公行，引用非人，并且将早已掌握的段芝贵向载振献歌妓杨翠喜、借巨款贿赂奕劻等事向太后面奏。5月7日，以敢谏著称的御使赵启霖也向太后上奏，同样指控段芝贵因献妓于载振、向商人借巨款作为奕劻的寿礼因此从道员跃升巡抚。慈禧太后闻此勃然大怒，当即下令撤去段芝贵撤职，痛斥奕劻：“如是欺蔽朝廷，不如用麻绳缢死我母子为佳”，并命令醇王载沣与大学士孙家鼐查办此案。
此时奕劻、袁世凯派如大厦将倾，有传言慈禧要将奕劻开缺，甚至纷纷传说岑春煊要取代袁世凯成为直隶总督。
二，袁世凯反攻
奕劻、袁世凯派一时人心惶惶，阵脚大乱，尤其是奕劻更加不知所措。工于权谋的袁世凯知道奕劻一倒，自己顿失靠山，于是不惜一切“挽救”奕劻。
“杨翠喜案”是斗争焦点，案发后奕劻忙派儿子载振赶往天津与袁密商。袁世凯当机立断，派部下将杨接到天津，让他人冒领杨翠喜，成为天津盐商王益孙买的使女。同时，袁操纵《大公报》、《顺天时报》等发表“更正”杨案的文章。商人王竹林也宣称自己根本就拿不出这么多钱借给段芝贵。
等到载沣、孙家鼐到天津调查时，袁已将一切安排妥当。载沣还不到25岁，少不更事，容易轻信。孙家鼐老奸巨滑，知道奕劻、袁世凯权势熏天，得罪不得，更加他曾倾向“维新”，在戊戌政变时曾受牵连，明白多一事不如少一事，明哲保身。所以，5月16日，载沣、孙家鼐以赵启霖所奏查无实据复奏。慈禧又勃然大怒，以“任意诬蔑”罪将赵革职。但奕劻也知道自己成为众知之的，于是载振也在5月17日奏请开去自己的农工商部尚书及一切差役，立即得到慈禧批准。这样，两派各有得失，进入相持阶段。
言官本有上书言事之权，赵启霖因上书获罪，舆论大哗，瞿鸿禨更加愤怒，由他的门生汪康年主办的《京报》更专门刊登消息，为赵鸣不平。还有一些言官上奏，为赵喊冤，分析载沣、孙家鼐复奏中的可疑之处。但这些却毫无用处，因与奕劻、袁世凯关系密切的大学士世续在与慈禧单独对话时说奕劻与岑春煊素来不和，言外之意是岑等人挟嫌报复；奕劻之女四格格深得慈禧宠爱，日日流泪为父兄说情。
阵脚暂稳之后，奕劻、袁世凯认为瞿、岑终是后患，决定除而后快。尤其是岑，深得慈禧宠信，又身居京城，常见慈禧，因此威胁最大，所以袁首先设计要将岑赶出京城。袁要两广总督周馥上奏，曾广东数地发生民变和革命党造反，非岑不能平定，提出要他重任两广总督。慈禧立即同意此请，明发岑任两广总督上谕。任邮传部尚书只二十余日的岑春煊于是被排挤出京。岑自然不满，想挽回局面已不可能，于是又以养病为名前往上海。奕、袁还想将瞿派另一重要人物、军机大臣林绍年赶出军机，由奕劻授林为度支部侍 郞，由于瞿鸿禨力保，他们的计谋未能实现。
将岑春煊赶出京城，只是第一步。奕、袁决定一不做二不休，扳倒政敌领袖瞿鸿禨。袁世凯知道，由瞿派人物来反瞿更有说服力，于是以一万八千两银买通了一度倾向于瞿的御使恽毓鼎，由他向慈禧上奏了一道由袁的心腹起草的奏折，成为袁的枪手。6月16日，恽将此折呈递，恽的弹章列举了瞿暗通报馆、授意言官、阴结外援、分布党羽四条罪状。第二天，慈禧果然就不经查证就将瞿革职。因为恽的弹章还详细罗列了瞿的具体“事实”，如要太后归政皇上、请赦还康有为、梁启超等。所有这些都为慈禧深痛恶绝。只有林绍年公开为瞿辩护，因此触怒慈禧。虽然以后查明恽氏所奏皆非事实，但太后仍未收回成命。
至此，奕、袁在党争中取得了决定性胜利，但岑春煊仍有两广总督之职，并且在出京前连上十数通奏折，议论朝政，指责奕、袁。因此，奕、袁认为必须除之而后快，且认为最后打击岑的时机已经成熟。6月1日，岑将即将离京赴沪，袁的心腹即密电与袁关系密切的两江总督监视岑在上海的行动。7月8日，奕、袁策动御使陈庆桂参奏岑春煊，列举种种严重罪名，并且说岑与慈禧恨之入骨的“逆党”康有为、梁启超、麦孟华等暗中往来，甚至说他曾入保国会，本是康梁死党，但是慈禧并未轻信。他们见此折仍不能从根本上动摇慈禧对岑的信任，只得另想他计。袁氏心腹蔡乃煌为了讨好袁，于是找到岑春煊和康有为的相片，将两张相片“合成”为岑、康合照交袁，由奕劻在独对时面呈慈禧，慈禧开始疑岑。
奕、袁决定趁热打铁。8月10日，他们的枪手恽毓鼎又上奏严参岑春煊。与上次一样，底稿仍由袁世凯提供，恽其实只是抄录。此折反复强调岑内结康梁“密谋推翻朝局”，外“借日本以倾朝局”。此折最终打动慈禧，8月12日，朝廷谕令开缺岑春煊，要岑“安心调理”；林绍年也被逐出军机，任河南巡抚。
这场由地方官制改革引发的政坛高层大恶斗、大地震史称“丁末政潮”，最终以有清望的瞿派彻底失败告终。但是，奕、袁种种过分举动，也引起慈禧警觉。她命年轻的醇亲王载沣进入军机，有以后取代奕劻之意。她同时任命袁世凯、张之洞为军机大臣，但明显扬张抑袁。最重要的是，经过这次大风潮，她明显重用满族亲贵和一些本已渐退的老臣，后来载沣上台执行的使汉族官员大为不满的扬满抑汉、只信任亲贵的政策，实际此时由慈禧开始。
地方官制改革本是清末新政、预备立宪必走的重要一步，却完全成为各利益集团你死我活的生死场，“清流”为“浊流”所败，政坛更加乌烟瘴气，根本谈不上为“立宪”打下基础。中央官制改革一塌糊涂，地方官制改革乱七八糟，二者都使人大失所望。作为立宪重要准备的官制改革（中央和地方）竟如此混乱不堪，说明清王朝已经丧失了主导改革的能力，等待它的，只能是覆亡的命运。
