在现代学术分野中，哲学与史学是各自独立的两个学科，各有自己研究的对象、任务和方法；另一方面，哲学与史学往往又交织在一起，讨论共同的课题，相互启发，有时也发生激烈的学术争辩。一些哲学家研究现实问题，需要借鉴历史的经验教训，并借用历史资源为自己的论证作支撑；一些历史学家研究历史问题，最终目的是为现实服务。由于哲学研究与历史研究之间存在着一个交叉地带，双方立场不同，于是往往发生学术对立。这当中，中国思想史研究处于十分微妙的地位。
中国思想史学科，到底应该归属于历史学还是哲学，从事中国思想史研究的学者，到底是历史学家还是哲学家，从理论上说似乎不是问题，但实际上问题不少。我们经常能见到这样的情形：都在从事中国思想史研究，身处历史学科的研究者指责身处哲学学科的研究者的研究成果“不符合历史事实”，身处哲学学科的研究者认为身处历史学科的研究者的研究“远离现实，缺乏意义”。我认为，出现这种情况与中国思想史学科的不成熟有关。
顾名思义，中国思想史研究的对象是中国历史上的思想现象，中国政治思想史、中国经济思想史、中国文学思想史、中国伦理思想史等都属于中国思想史的范畴。随着学科的分化和研究的深入，不同分支的思想史不断地被划分到相关学科中，如政治思想史归入政治学科，经济思想史归入经济学科，军事思想史归入军事学科。于是我们看到了现今的情形，思想史的研究者有的身处历史学科，有的身处文学学科，有的身处哲学学科等等。不管哪一个分支的思想史，最终都属于思想史。这印证了先贤的一句名言：史学乃万学之母。中国思想史是中国历史的非物质、非制度层面，是中国历史的一个有机组成部分。因而，无论研究的是哪一分支的思想史，都属于历史学的范畴，都应该以历史研究的目标为彀的。
历史是逝去的存在。历史的研究者无法直接面对过去，无法直接观察历史事件发生的过程，无法直接面对自己试图研究的对象。研究者若要了解历史事件和历史过程，不得不依赖于特定的中介物——历史资料。正因如此，前辈学者认为历史研究就是史料研究，史学就是史料学。用史料说话，有一分材料说一分话，这已是历史学界从兰克到傅斯年以至今日学人的老生常谈。实际上，逝去的历史无法成为历史学家直接研究的对象，事实上的研究对象是历史资料。广义上的历史资料不但包括文字资料——历史档案、历史著作等，还包括非文字资料——实物、录音录像等。在传统的史学实践中，以文字资料为主，并泛称之为历史文献。历史文献资料是历史事件的碎片。就像考古学家用发掘出的陶器碎片复原陶器一样，无论发掘出多少陶器碎片，考古学家也无法承诺一定能复原出土碎片的全部陶器，更不用说复原历史上曾经存在的全部陶器了。殷墟卜辞的发现造成了对商朝历史一次颠覆性的改写，竹简文献的不断出土也使战国秦汉时期的历史被不断刷新。这里我们看到，历史学家笔下的历史在不断发生变化，呈现出一个动态的过程。真实的历史 是不变的，而历史学家笔下的历史却在不断更新。这是一个值得思考的现象。
一般说来，中国思想史研究的任务是揭示文献资料所反映的特定人物、特定事件和特定时期的思想现象，以及不同思想现象之间的相互关系，从而总结历史经验和教训，探索中国思想史发展的大体规律。也就是说，研究者的工作任务是分析文献资料中的思想事件，透过文献资料中的思想事件投射历史中的思想事件。这是司马迁所说“究天人之际，通古今之变”在中国思想史研究领域的具体化。
中国思想史研究不是当下文化研究，思想史研究者是历史学家而不是思想家。这里我们看到了中国历史学与中国哲学、历史学家与思想家的分野。中国思想史上有“今文经学”。众所周知，今文经学虽也引经据典，但今文经学的出发点和归宿不是经典本身，而是现实。无论是董仲舒、康有为，还是现代新儒家，都是这样。康有为把孔子说成是伟大的改革者和议会制度的提倡者，现代新儒家把孔子塑造成现代圣人。这是时代赋予思想家和哲学家的任务，而不是中国历史学家的任务。思想家和历史学家各有自己的任务和使命，不应混淆在一起，更不应彼此在学术上作无谓的厮杀混战。
中国思想史研究的任务不包含对历史资料中的思想现象作道德的、意义的评判。中国历史上的思想现象璀璨绚丽，异彩纷呈。商周时代的宗教思想，战国时代的诸子百家，汉代的经学思想，唐代的佛学思想，宋明的道学思想等等，各具特色，自有道理。在这里，历史学家应该向生物学家学习。对于生物学家来说，无论是一株病毒还是一朵鲜花，都是客观存在，与个人的好恶无关。对于中国思想史的研究者来说，无论是商代的神权思想，还是孔子的人文思想，都是历史实在，研究者没必要按照自己的价值观对其作价值的定性。
中国思想史研究的基本方法是，全面选择被研究的文献资料，甄别文献资料的真伪，判定文献资料的性质，然后对文献资料作全面的归纳分析，最后形成有前提条件的结论。中国思想史研究的直接对象是历史文献资料，从事一项课题的研究首先应该明确被研究的史料。这就像士兵在训练场上打靶，靶子不明确，难免无的放矢。史料是中国思想史研究的出发点，史料与研究结论之间应当具有直接的对应关系，史料是验证结论正确与否的唯一依据。研究者得出的任何结论都必须内在于作为研究对象的史料中，而不是存在于史料之外。正如前辈学者指出的那样，中国思想史研究应该是“论从史出”，而不是“以论带史”。对象资料不是研究者的奴隶，不应该听命于研究者，相反它是与研究者并存的、独立的存在。诚然，文献资料离不开人的理解和解释，但解释工作不应该随心所欲，不应该是公羊学或今文学的，相反，应该是训诂学的，对文献资料的解释应该具有学术的稳定性。
应该全面地搜集史料。为了使研究成果客观可信，研究者应该尽量全面地搜集史料。受主体利益的制约和意识形态的影响，研究者往往在无意当中忽略掉自己不需要的资料，有时甚至故意隐瞒不符合自身利益要求的史料。海登•怀特批评说，“我们关于历史结构和过程的解释，与其说受我们所加入的内容的支配，不如说受我们所漏掉的内容的支配”。此言虽显过激，但确实指出了历史研究中存在的弊端。承诺全面搜集史料是专业历史学家最基本的职业操守，虽然这一承诺在常人看来显得荒唐或不可思议。“让史料说话”不是让部分史料说话，而是让自己掌握的全部史料说话。历史学家有权利在学术上保持缄默，也有权利揭示事件真相，但不应该随心所欲地选取和抛弃历史文献资料——否则就是伪历史学家。这对中国思想史研究来说同样适用。
史料的考据和辨伪是中国思想史研究的基本工作，是“小学”，也是专业性极强的工作。兰克就强调应该辨别伪档案和伪史料，中国学者（清代的考据派和近代的疑古派）也在史料的辨伪方面做了许多工作。任何一项研究如果忽略了史料的真伪，就潜在着结论的科学性风险。不仅应该注 意史料的真伪，还应该注意史料的性质。任何史料都是特定的人制作的， 都有特定的视角和立场，因而都有主体性。没有主体性的、完全超然的史料不存在。在自然事件中，人处于主体地位，自然现象处于客体地位，史料的主体性可以被忽略。但在社会事件中，特别是在冲突性的社会事件中，矛盾冲突的双方互为主客，都会提供相应的史料，而这些史料可能是相互矛盾冲突的，就像诉讼案件中控辩双方各自都会提供有利于自己的证据一样。从理论上说，绝大多数冲突性的社会事件都应该留下冲突双方各自的“证据”。但在实践上，我们有时仅看到一方面的证据和史料，并且往往不自觉地被那些一面之词所迷惑。在中国的“正史”中，末代帝王大多被描述得不甚完美甚至充满罪恶，宫廷政变中的失败者也往往被说成是无能之辈甚至是残暴无道者。这不应该被看成是偶然现象，在这背后隐藏着史料的主体性问题。也就是说，历史学家所能看到的作为“证据”的文献史料往往是胜利者的一面之词，失败者的“证据”可能已被胜利者销毁。这是权力意志的结果。谨慎地评估文献史料的性质，保持清醒的头脑，是客观研究的起点。
中国思想史研究最基本的方法是归纳，其次才是演绎。通过对史料的归纳和分析，研究者可以对个案事件得出基本的认识和结论；通过对若干个案的研究，可以形成有前提条件的假说或理论。个案研究是历史研究的初级成果，理论是历史研究的高级成果。理论的意义在于从已知推测未知，使人们的认识升华到一个更高的抽象的层面。“大胆假设，小心求证”的实证主义方法，是演绎方法在史学领域中的运用。但是，如果忽略甚至放弃了归纳的方法，一味地采用演绎的方法，将某种历史理论神圣化，这样的历史研究就失去了真正的功能和意义，或者说它发挥的不是历史学的功能。简言之，在归纳与演绎方法的关系上，归纳是本，演绎是末。
中国思想史研究所推导出的任何理论都是对特定文献资料研究的成果，都是有前提条件的。被研究的史料可以是一条，也可以是许多条，但无论如何这些资料都是有限的，因而只能得出有限的结论。任何“资料证明”都是有限的证明，任何“事实证明”都是有限的事实的证明，不存在绝对真理。这不是相对主义，而是客观主义和理性精神。
在中国思想史的研究中，为了保证研究结论的有效性和恒久性，应该坚持价值中立的原则，应该努力消除自我意识形态和价值观念对研究工作的干扰。对于身处特定环境中的研究者来说，不可能没有自己的意识形态和价值观，也不可能没有自己的道德观念。社会化使每一个人都不可避免地具有特定的社会属性。然而，如果一个历史学家的研究成果带有浓重的意识形态色彩，其研究成果的客观性就不能不受到质疑。受特定意识形态支配的人们往往习惯于给不同的思想学说作价值、意义判断，其实这种判断对中国思想史研究来说不仅不必要，而且是有害的。思想史的研究成果既没有必要对历史上的某种学说加以褒奖，也没有必要对某种学说加以贬斥。
在中国思想史的研究中，为了保证研究结论的客观性，还应该消除个人信仰对研究工作的干扰。兰克曾经自信地说，他写的《教皇史》应该能够被基督教不同教派的信徒认可和接受。但是，他却无法承诺能被伊斯兰教徒所接受。这是宗教信仰对历史研究工作的干扰。同样，无神论也会造成对历史研究的干扰。很多现代人认为，宗教信仰是一种愚昧的行为，应该被否定。带着这样的有色眼镜从事中国思想史研究，有的研究者对董仲舒的天人感应学说大加挞伐，有的研究者对孔子的鬼神观讳莫如深。历史学家声称“让材料说话”，但在遇到此类资料的时候，恰恰是不让材料说话，而一定要自己站出来说话。在有些学者看来，如果让带有宗教色彩的资料说话，研究者难免有唯心主义的嫌疑，甚至有被人认为宣传迷信的风险。克罗齐讥讽说这标志着“语文文献性历史的破产”——用我们自己的话来说，就是“让史料说话”原则的破产。其实，第一，文献史料所说的话不等于研究者所说的话；第二，只有揭示文献史料的真实内容，才能进一步发现不同文献资料反映的历史现象之间的关系，揭示历史的脉络。
只要研究者明确了自己研究的对象资料，阐明了研究的目的和方法， 就可以摆脱研究工作与个人信念之间的纠葛。兰克为此曾作过尝试和努力，但仍不够彻底，问题出在学界没有建立公认的完善的研究程序和规则。海登•怀特说历史学仍处于前科学阶段，值得历史学家反思和探索。
