目前对转轨阶段制度进行研究的学者，运用的分析方法大致分为两类:一类是马克思主义的历史唯物主义、辩证唯物主义的分析方法;另一类是诺思为代表的西方新制度经济学的交易成本分析法。如果我们把前一类简称为马克思方法，后一类简称为诺思方法，那么，我们可以清楚地看到，这两类方法被两类学者分别运用着，而某一类学者对于对方的方法往往采取排斥否定的态度。这种否定与排斥恰恰影响了中国学者在分析制度转轨问题时的针对性、准确性、科学性，无论是对于中国制度转轨理论的创新发展，还是对于中国制度转轨实践的深化都是极为不利的，因为从制度演进的历史看，两类方法各自针对不同层面的制度问题，他们之间的关系本来就是互补的。
马克思方法所针对的制度层面，是人类社会的本质层。在人类社会的各种制度结构中，什么是最根本的，马克思指出人们的生产过程是最根本的。没有生产，一切社会关系如政治、文化都成了无源之水、无本之木，因此，马克思提出生产力决定生产关系、经济基础决定上层建筑、由于生产实践是人类社会最基本的实践，从事生产活动的人民群众是人类历史发展的根本动力。马克思的历史唯物主义不是机械唯物主义，而是辩证唯物主义，所以在指出了生产的根本决定作用后，马克思又提出了上层建筑对经济基础具有反作用，也就是说，政治、文化等上层建筑不是完全被动地被经济过程所左右，在一定条件下，在一定历史阶段，会反过来左右经济活动过程。但是从长远看，从根本看，经济基础终究是决定政治文化等上层建筑的。
从马克思方法的简单概述中，我们可以看出马克思方法有以下特点：1.根本性，即对历史前进的决定因素作出了根本性揭示;2.系统性，即对社会制度的内部结构给出一个整体的表述;3.趋势性，即对人类社会历史的发展作出合乎规律的预测;4.宏观性，即对于社会问题关注的是宏观层面。马克思方法的根本性、系统性、趋势性、宏观性的分析特点决定其对中国转轨阶段的制度研究具有重要的指导价值。
中国的制度转轨，是从经济体制改革开始的。从农村土地承包制为起点的经济体制改革，是对已经不适应生产力发展的经济制度的突破，是生产力决定生产关系规律的历史体现。而十一届三中全会重新确定的“解放思想，实事求是”的思想路线所导致的中国改革开放的局面，则是上层建筑反作用于经济基础的生动写照。为此，我们在考察目前中国制度转轨阶段的问题时，仍然要坚持马克思主义的历史唯物主义和辩证唯物主义，坚信生产力的不断发展必然会显露传统制度模式的缺陷，生产力的充分发展过程也是寻找中国制度问题解决途径的过程。从而推动制度模式的变革，推动中国的制度创新。坚持发展是第一要务，只有发展，才能解决中国面临的种种社会问题，不发展，一切都无从谈起。坚持用先进生产力的要求继续改革经济体制、政治体制和文化体制，主动运用上层建筑的反作用力，促进思想的进一步解放，促进政治体制的进一步改革，更自觉更主动地以制度创新促进经济与社会的发展。在发展中，充分认识人民群众的社会主体地位，不仅将人民群众作为中国生产力发展的主体更尊重他们作为中国制度创新的主体尊重他们对制度改革的探索，用制度真实地体现和保障他们的积极性创造性，马克思方法对于中国转轨制度的研究价值完全被已经进行的改革开放实践并将被进一步改革开放的实践所证明。
但是，马克思方法对于中国制度转轨研究的局限性也是明显的:第一，马克思方法只是提出了人类社会发展的一般历史趋势，至于各个国家与民族在发展过程中的曲折变化及其原因，马克思主义并没有给出更多具体的说明，社会主义与市场经济结合更是没有事先遇见到;第二，马克思方法只是从一般制度关系理论角度提出了上层建筑的反作用，至于这个反作用是如何现实地表现的，马克思主义并没有更深入的分析;第三，马克思方法对历史进程的根本决定因素揭示透彻，但是对于社会主体怎样克服有限理性，通过边干边学主动推进历史发展缺乏深入的研究;第四，马克思方法对社会系统的宏观制度结构阐述清晰，但是对于宏观制度对微观制度的影响，以及微观制度的内部结构分析并不完整。马克思方法存在上述局限并不奇怪，如果认为马克思主义不可能有局限，恰恰是违背马克思主义基本原则的，人类思想的发展本来就是随着历史实践不断向前推进的。
当代新制度经济学代表人物诺思教授的理论在一定程度上回答了马克思主义没有能够深入涉及的一些制度问题，形成了独特的理论视角，诺思的研究方法在一定程度上弥补了马克思方法的局限性。从这个意义看，诺思方法与马克思方法具有互补性。
诺思方法在将制度经济学运用于各国历史发展的研究中，并不否认马克思生产力决定生产关系的观点，尤其是强调技术发展引起的要素价格变化导致制度变革的历史进化，同时注意从人口、地理、统治者偏好、政治结构、文化传统、经济模式等各个层面，用综合的历史眼光分析各国发展的不同特性，明确提出由于错综复杂的各种因素的共同作用，各国历史发展的质量、程度、方式、路径各不相同，并不都是一条直线。也许是折线、也许是抛物线。并不都在同一轨迹上。诺思比较美国19世纪的发展与第三世界的发展，比较英国、荷兰与法国、西班牙的发展，都提出这样的观点:一个国家的初始经济政治构架对今后的发展有制约作用，组织结构决定一国制度实施的质量，组织地位决定了社会阶层在产权界定中的谈判力量，统治者的管理方式与政治领域的竞争程度紧密相关，意识形态与思想理念决定了人们用以解释周围世界及作出选择的主观精神构想，主体的学习能力对一国的制度效率至关重要。正是由于各个方面因素的共同作用，无效产权的落后国家与有效产权的先进国家，有效产权国向无效产权国的转化、无效产权国向有效产权国的转化、此时的有效产权与彼时的无效产权、此时的无效产权与彼时的有效产权，都可以并列地存在，各自显示着各自复杂的社会、历史、政治、经济、文化特征，不是单个因素的分析能说清楚的。诺思对各国发展的不同特征的综合分析，丰富了马克思的历史趋势分析法，使马克思的历史趋势分析更富现实性。
由于注意到各国历史发展的区别显示的存在，诺思又深入分析区别的原因。在对区别原因的分析中，诺思将马克思的上层建筑的反作用分析法更具体化，提出了路径依赖概念。路径依赖概念是非正式制度概念的历史延伸，着重强调的是文化传统对一国历史的决定作用，虽然这种决定作用只是反作用意义上的决定作用，但是，诺思却比马克思更深入地探讨了这种反作用。诺思指出：即便是在最发达的经济中，正规规则也只是决定选择的总约束中的一小部分(尽管是非常重要的部分）我们日常在与他人发生相互作用时，实际上的控制结构差不多主要是由行为规范、行为准则和习俗等非正式制度结构来确定的。非正规制度约束来源于社会所流传下来的信息以及我们称之为文化的部分遗产。文化可以定义为一代一代的遗传，或者通过对知识、价值、和其他要素的教诲与模仿来影响行为。从短期看，文化确定了个人处理和使用信息的方式，是非正规制度的来源。从长期看，文化所构成的非正规制度在制度的渐进的演进方式中起重要作用，因此是路径依赖性的来源。从文化上衍生的非正规制度对于正规制度有拓展、阐明、或修正、阻滞的作用，如果正规制度进行变革，与其不相容的非正规制度不会立即对正规制度的变迁作迅速反应。诺思运用这一观点对西方与穆斯林世界的制度发展进行比较，力求弄明白是什么因素导致了两个世界的制度轨迹的不同，是什么因素导致了制度的路径依赖。这种路径依赖说明为什么西方国家的正规制度被照般到穆斯林世界，却不能即刻产生同样效用的原因。诺思也用这一观点对第一世界的经济增长与第三世界的经济停滞的原因进行分析，创造性地将文化传统融入了一国历史演进的制度分析中。
诺思基本上认可马克思提出的生产力与生产关系、经济基础与上层建筑的宏观制度结构，这在他的制度分析框架中体现出来。但是诺思在这一宏观制度框架中的分析层面却比马克思更具体、
更直观。从运作层面角度，诺思将这一宏观制度框架细分为古典经济学意义上的技术进步、相对价格变化，以及新制度经济学规范意义的交易成本升降、正式制度规范、非正式制度规范等概念。从制度功能角度，他将宏观制度框架与微观制度框架相关联，分为制度环境:既政治团体的等级结构，以及它的基本决策结构和支配议事日程的明晰特征。一系列用来建立生产、交换与分配基础的基本的政治、社会和法律规则。支配选举、产权和合约权利的规则就是构成经济环境的基本规则类型的例子。政治规则会导致相应的经济规则，但是制度环境是可以改变的。因为经济利益的结构也将影响政治结构;制度安排即经济制度，用于界定产权，即关于财产使用、从中获取收入的权利束，以及转让一种资产或资源的能力，支配经济单位之间可能合作与竞争的方式的一种安排。制度安排可能最接近于制度一词的最通常使用的含义了。制度安排只能在制度环境的制约下进行，但是对于不适宜的制度环境，制度安排也可以推动其加以变革。他将在制度安排基础上的具体制度运作称为合约:包含着交易主体之间对一个具体决议的特定条款。从具体合约可以观察一国的制度安排和制度环境，从人们最普通的合约行为可反映出一国的制度环境，以及制度环境前提下的制度安排。从宏观制度与微观制度之间密切相关出发，诺思将制度归结为通过向人们提供一个日常生活的结构来减少不确定性，制度是人们发生相互关系的指南。他由此举例，即便是向亲朋致意、驾驶汽车、买橙汁、借钱、经营实业、安葬死者等具体合约，在孟加拉国与在美国的行为方式是不同的，制度确定和限制了人们的选择集合。
诺思还从制度可实施的角度提出制度与组织的关系，以期将制度与实施制度的载体相连，避免制度的虚幻。诺思强调组织是在现有制度约束所致的机会集合下有目的的创立的。具体的制度制约制定了组织运行的边界，组织也将制度变为可实施的。因而人们可以透过一国内部每一具体组织的行为，认识该国制度的真正内涵。比如第三世界国家的一些组织，如企业、工会等，将他们的努力用于从事非生产性活动，根源在于制度制约为从事此类活动提供了激励结构，看到这种行为，就可知第三世界国家经济发展为何停滞了。所以，诺思提出，其实第三世界国家存在着能够生产创新的个体关键是他们的谈判能力太弱。让能够促进生产力发展增进财富增长的个人通过组织占据制度制约的主导地位，增强生产创新组织与政治组织之间的谈判实力，激励社会所有的组织从事生产性活动，努力将社会财富蛋糕做大，而不是只关注瓜分蛋糕，是第三世界国家制度变革的重点。同样，至于第一世界，诺思认为不仅有必要评价整个制度框架在经济增长中的重要性，而且还必须对现有不断发生的边际变迁作自我反省一不仅要看这些结果对总体绩效的影响，而且还要看到对经济的具体部门及各种组织的影响。关注组织行为，关注组织动力，关注组织结构，从而关注制度的可实施，关注制度的可运作，关注制度的实际效果，从这个意义上说，诺思将马克思的宏观制度分析具体化了。
诺思对于制度主体边干边学的主观能动性分析，是对马克思系统分析方法的补充。马克思在确认人民群众为历史发展的基本动力的同时，比较强调阶级的整体作用，至于每一个阶级内部的个体与阶级之间的区别没有过多的分析，因为他认为，在阶级存在的历史阶段，个人基本上是作为阶级一员活动的，至于单个的人，只有在消灭阶级之后才具有真正意义上的价值。这样一来，虽然马克思注重的未来社会的制度是为了每一个人全面而自由的发展，但是在分析现实社会制度时，往往将单个的人的特性表述在阶级的分析之中。而诺思在制度的研究中，直接将个体的普遍特性作为分析对象，指出人的有限理性、私利性，及其导致的信息不对称、信息不确定，是制度缺陷的主体根源，这种个体特性使个人与其阶级群体之间存在差异，集体理性不是个体理性的简单相加。这种个体特征，也构成各种组织的特征，因为组织是各种私利性的人的有限知识集合体。任何组织都逃脱不了人性弱点带来的缺陷。由此看来，制度的目标也可以理解为使一个国家、一个民族的有限知识，在成本最低的情况下，
组合起来，以求其运用价值最大化。特别是怎么能够让掌握了促进财富增长与社会进步的知识的人得到制度的最佳保护和激励。这叫做制度的适应性效率。他指出：适应性效率考虑的是确定一个经济随时间演进的方式的各种规则，研究一个社会去获取知识、去学习、去诱发创新、去承担风险及所有的创造力的活动，以及去解决社会在不同时间段的制度瓶颈的意义。制度框架中所内含的激励结构会引导边学边做的进程以及默认知识的发展，后者将个人的决策过程引向不断演进的系统以使之不同于它们开始时的情形。允许实验的最大化形成将更有可能解决时间进程中的问题。因此，适应性效率提供了促进分散决策过程以揭示解决问题的可选方式的激励，我们也必须从失败中学习。诺思实际上提出有效性制度就是学习型制度，探索型制度、创新型制度，这种制度不承认先知先觉，不承认全知全能，不承认国家的至善至美，甚至不承认只有明示知识(通过理论阐述的知识)才是知识，认为千百万普普通通民众的默示知识(并没有表达出来的经验感受)是最具制度演进意义的知识，千万不可小视。如何对待民众的默示知识，如何通过分散决策充分挖掘民众的默示知识，并激励积累默示知识，是政治权利是否民主的一个标志，是法治社会的一个标志，从而是制度有效与否的一个标志。
历史经验表明，一个国家，一个民族，其经济增长的停滞，社会发展的落后，固然有其文化传统包袱即路径依赖性的问题，但是如果善于学习，克服自身弱点，在模仿中创新，是可以变无效产权为有效产权，建立有利于经济增长和社会进步的制度的，诺思对此作了总结，非常强调主体的学习、认知、理性、思想观点和意识形态在变革落后制度中的作用。这样一来，无论是正式制度，还是非正式制度，对于一个国家的发展来说，都不是一成不变的，一个善于学习的民族是可以后来居上的。诺思对主体的主观能动性与制度关系的揭示，对于落后国家的发展是很有启示作用的。
诺思的制度分析方法，对于正处在转轨阶段的中国来说，具有重要的理论与实践价值。诺思对于一国制度特殊性的综合分析法，可以提醒我们认识中国需要有综合思维，我们不能只从一个方面或几个方面去了解自己的国家，中国之所以是现在的样子，总是有着各种各样的原因，而各种各样原因的错综复杂作用才形成了今天的中国，对于中国的自然、地理、历史、人口、风俗、文化、经济、政治、国际关系、潜能等因素的各自作用，以及各自作用基础上的结构性均衡构成中国本身的特殊性，
做到胸中有数。对于这一特殊均衡结构的变革的长期性更应有理性预期，中国的问题不是简单地进行某一方面的单边突进能解决的，各因素之间实际上是一个结构性渐变的博弈过程，这样来想问题，我们就会清醒地看到，每天都在发生的表面杂乱无章的局部变革，实际上是结构性变革的互为条件、互相适应、互相促进，就会增添许多耐心研究各种局部变革之间在空间状态与时间状态的匹配关系。从实然性而不是从应然性出发，推进中国的制度创新进程。
诺思关于非正式制度导致一国路径依赖性的分析方法，为我们研究中国的文化传统与中国制度变革关系提供分析工具。中国是一个文明古国，有着极其丰富的历史文化积淀，其中不少优秀的部分。但是两千多年的封建专制统治，确实留给我们许多消极、惰性，甚至阻碍变革的文化因子。这些文化因子无疑会延缓或扭曲我们的制度创新进程。虽然我们的正式制度正在改革，但人们的积习已久的心理定势、行为惯性、伦理价值等非正式制度如关系本位等却成为正式制度变革的巨大障碍。从传统社会向现代社会转化，不仅是正式制度变革的过程，更是非正式制度变革的过程，立志成为世界强国的中国人，应该有勇气面对自身的弱点，反思自身的文化缺陷，在变革正式制度同时，变革我们的非正式制度，在追求人格现代化的基础上实现国家现代化。中国的问题，与其说正式制度的建设重要，不如说非正式制度建设更重要。因为即便是正式制度转轨到位，根据诺思的分析，非正式制度转轨到位还有相当长时间。为了尽量减少非正式制度对正式制度变革的阻力，思想解放，理念创新对于中国改革就是必要的前提。从中国改革的经验看，虽然改革的实践会推动人们的思想解放，观念更新，但是理念的滞后往往导致改革步履艰难，事倍功半。改革推进者，只有不断在促进思想解放，观念更新的前提下，才有可能真正实施改革措施，才能使改革事半功倍。否则，形式上的改革的新瓶装传统体制的旧酒，对中国的发展伤害更甚。正如鲁迅所言:此后，最要紧的是改革国民性，否则，无论是专制，是共和，是什么什么，招牌岁换，货色依旧，全不行的。
诺思对于制度环境与制度安排之间关系的分析适合中国转轨阶段政治制度变革与经济制度变革之间的现况。政治制度作为制度环境是经济产权等制度安排的现实前提。鉴于中国政治制度长期以来对于经济制度的直接干预作用，政治制度变革为经济制度变革起到的前提作用更显著，更关键。随着中国经济体制改革的深入，这一点也从理论家的呼吁变成实践家的共识。由于政治体制改革的相对滞后，经济体制改革的深入遇到了困难，只要我们按照十六大报告的精神，坚定不移地推进政治体制改革，经济体制改革中遇到的问题都是可以有条件解决的。如果不推进政治体制改革，现已获得的经济改革成果会出现边际效益下降，甚至出现回流。顺应目前经济体制改革中的可交易要求，政治体制改革的宗旨是可协商，建设民主政治，探索组织民众搞民主的具体途径。从可交易到可协商，用可协商服务于可交易，这是中国从经济制度创新到政治制度创新的历史进程吧。按照马克思的分析法，政治体制与文化体制只具有反作用意义上的重要性，但是，在中国制度转轨的特殊时期，这种反作用却具有一定历史时期的特殊决定作用，所以大力推进政治体制改革，巩固与发展目前已取得的经济改革成果，对中国的制度转轨至关重要。
诺思将制度的演进与人们的学习能力相联，对于中国这样一个处在转轨进程中的发展中大国，是一个重要提示。从现代化强国的要求看，中国目前仍然是一个相对落后的国家，从经济发展的质量看，经济效率不高。从技术发展的质量看，核心技术不多。从社会发展的质量看，社会自治还没有形成。从国家管理的质量看，党和政府改革还没有完成，从体制运行的质量看，市场机制还不完善。从文化发展的质量看，现代人格亟待培育。但是，诺思方法对于制度主体的边干边学能力的认可，对试错性博弈过程的揭示，对制度是知识的外在体现的判断，确实给我们以信心。落后不要紧，关键在于是否善于学习。中国人的聪明才智是举世公认的，现在中国已经处在全球化信息化的国际环境中，完全可以在学习中形成后发优势，学习不仅是从书本中学习明示知识，更重要的是实践中学习，形成默示知识。要成为一个学习型国家，需确立以民为本的人才理念。尊重普普通通民众的主体地位，赋予民众充分的经济政治权利，充分发挥民众默示知识的价值，同时，开掘知识阶层的民主参与渠道，让创新型人才在自由的氛围中及时创新，以是否能够使每一个人人尽其才，作为制度变革的标准，学习能力的培育可以使中国有可能在尽量短的时间里，学习别国经验，总结自身教训，自我突破，形成后发优势，实现跨越式发展，成为世界强国。
总之，诺思方法与马克思方法具有互补性，是我们研究中国制度转轨的重要理论工具，但是诺思方法本身也是有局限的，它更适应的是制度运行层面，是制度存在层面;而马克思方法比诺思方法在一个更本质的层面，更长远的时期体现出自身的理论价值，因此诺思方法不能替代马克思方法。我们只有将马克思方法与诺思方法结合，才能形成一个适合中国制度转轨阶段的分析方法，才能真正找到解决中国制度转轨阶段问题的心灵钥匙。
