如何判定一个国家的政治制度？这是一个充满争议的话题。这些争议主要围绕政治制度的合法性和有效性两个方面展开。首先，就政治制度的合法性而言，形成了不同的学术派别。古典政治学家（如柏拉图、亚里士多德）根据制度实施目的的公共性，区分了“良政”与“恶政”、正义制度与非正义制度。现代社会契约论者从制度合法性的视角出发，从理论上论证了正义的制度应该是社会契约的结果和公共意志的体现，换句话说，未经公共“同意”的制度充其量是“未合法化”或“待合法化”的制度。马克思主义从历史现实的角度出发，揭示以往包括政治制度（国家制度）在内的社会“上层建筑”不过是社会中居于统治地位的阶级（或集团）强加于社会且使其凌驾于社会之上的强制性制度，并且暗示新的公平正义的制度最终将取而代之。
当代政治学研究倾向于从制度形成过程的角度来说明制度的性质，认为政治制度作为政治生活较为固定的安排，实际上是不同社会力量互动的结果。正如有研究指出，政治制度是“在各种社会势力的相互作用和歧见中，从逐渐发展起来的解决这些歧见的程序和组织环节中脱颖而出的。人数很少、性质单纯的统治阶级的解体，社会力量的多样化以及社会力量之间日趋频繁的相互作用，是产生政治组织和程序并从而最终产生政治制度的先决条件”。根据这种观点，人们很容易推出如下结论：一种合法的制度应该是得到广泛认同的制度，即使是统治阶级强加的制度，也要尽可能实现合法化；不论其合法性如何，一种运行中的制度实际上是共同体内不同意志和社会力量均衡妥协的产物；共同体内新生意志和新生力量的产生将打破原有的均衡，构成制度变迁的内因。
就政治制度的有效性而言，依据目的论的原则，形成了更加纷繁复杂的观点，提供了不同甚至完全相反的评价标准。比如认为，一种好的制度应该是有效促进经济发展的制度；一种好的制度应该是有效促进国家竞争力提升的制度；一种好的制度应该是有效保障人权实现的制度；一种好的制度应该是有效促进普遍社会福利的制度；一种好的制度应该是有效制约公共权力的制度；一种好的制度应该是依法实施的制度；一种好的制度应该是有效促进信任合作的制度；一种好的制度应该是促进公民德性和社会自治发展的制度；一种好的制度应该是满足适应性、复杂性、自主性和内聚力的制度。凡此种种，不一而足。这些看似毫无争议的表述，在更加深入的讨论中都会引发歧见，而且，这些看似兼容的表述，相互之间又充满了内在的矛盾性。
今天的政治科学家们对不同的制度进行客观比较，试图说明各种制度的优劣高下，但努力的结果并不十分乐观。从目前不同研究所关注的视角来看，政治制度的评价指标完全是一个多元复杂的体系，它涉及不同的方面，具有不同的导向性，如，合法性导向（公平、开放、认可），效率导向（经济绩效、国家竞争力、国民财富），效能导向（行政效率、政府绩效），责任导向（政府廉洁、问责性）等。这些看似客观、完善的评价标准和指标，实际上把政治制度的评价引向了难有统一标准的境地。因为，这些评价指标不仅在不同的政治制度下会有不同的表现，而且即使在同一种政治制度的不同历史时段和不同政治背景（如不同党派、不同领袖主政）之下都可能有不同的表现。更何况，政治制度本身因受到各种复杂社会因素的影响而处于不断调适的状态，自身也有一个演化、修正和发展的过程，这就决定了在时间维度上也无法仅仅根据短时期的运转表现而对其做出评价。
横向多维指标的评价方式难以给出明确的结论，这就为纵向结构指标的评价方式提供了机会。“善治”出于“良政”，而“良政”产生于优良的制度安排。从纵向结构来看，政治制度涉及三个层面：一是底层为公共治理最基本的制度安排，如规定政权构成及其性质的制度、规定财产权利及其保障的产权制度等，解决谁来制定和为什么制定规则（谁统治）的问题；二是中层为公共治理的一般规则和程序，如规定党政关系及党际关系的政党制度、规定绩优选拔方式的选举制度、规定权力职责关系的责任制度、规定中央与地方关系的单一制或联邦制等，解决如何制定和改变规则（怎么统治）的问题；三是表层为公共治理的具体政策和行为，如社会政策、就业政策、维稳措施等，解决如何实现和执行规则（如何实施）的问题。底层制度犹如一座建筑的基础，需要考虑牢固扎实（耐久性），而要保证底层制度的牢固扎实，就要寻求将制度根基建立在普遍人性的基础上，要从最大限度地防范自图便利的人性弱点的角度考虑制度安排。中层制度犹如建筑的框架结构，可根据现实需求、社会特点和历史传统等特征进行差异性设计，必要的时候也可以改变式样和功能。因此，满足开放性和适应性是它的基本要求。表层的规则围绕制度实施的具体政策和行为而设定，关系到制度运行的实际效果，因此，有效性是它的基本要求。在上述三个不同层面，尤其是后两个层面，不同的国家或不同的时期为了满足不同的功能而采用不同的制度设计以及实施不同的政策是完全可能的。
总之，如果采用纵向结构评价方式，不同层面的制度和规则适合采用不同的评价体系和标准。除了分别评判外，似乎还应考虑三种层次制度的内部逻辑一致性，如，需要考虑中层制度的设计是否符合底层制度的基本原则，表层制度的安排是否能够有效实现底层制度的基本原则。此外，制度的学习和适应能力也应该一并加以考虑。
