现行征地制度的弊病在于：一、征地范围过宽，违反宪法；二、征地补偿过低，损害农民利益；三、征地程序的设计和执行不当，被征地农民没有知情权、参与权、决策权，同样损害农民利益。对此已有广泛共识，问题在于如何改革还有不同意见。
如何缩小征地范围
一般认为，征地制度改革的难点在于如何界定《宪法》规定的“公共利益的需要”。其实问题不在于此，而在于征地补偿能不能到位和能不能全面开放集体土地入市。如果征地补偿到位，征地与被征地双方对补偿费能取得合意，被征地者就不会计较土地征去以后做什么用途，是否属于公共利益。满足了这个条件，“公共利益”就可以用列举法去界定，列举若有疏漏，可用个案判定法作补充。
集体土地能全面开放入市，征地才能缩小到仅限于《宪法》规定的“为公共利益的需要”，否则就缩小不了。然而对于集体土地入市，目前还有一些要设置市场准入限制的意见。
一种意见是：只允许符合规划、经依法批准的集体建设用地才能入市。但由于目前合规合法的集体建设用地只占集体建设用地中的极少数，如浙江衢州市调查，2001至2008年全市合规流转的集体建设用地只占全部集体建设用地的2.6%。而且目前的规划是政府制定的，没有公众参与，政府可以通过规划来限定集体土地入市的范围。要依此严格的限制来规范集体建设用地入市，无异于不开放。
另一种意见是：允许集体土地进入建设用地市场，但不准进入房地产市场。其理由是：“小产权房”私搭乱建、脏乱差，治安混乱；不利于保护耕地。其实，“小产权房”私搭乱建是长期以来政府只禁不管的结果，只要加强规划管理就可解决。为保护耕地，则在农村宅基地、集体建设用地上建“小产权房”，不占用耕地，应当允许；何况政府目前也在大量征收耕地，为保障性住房储备土地，为什么不准农民集体利用耕地建廉租、廉价房呢。再说，允许集体土地进入房地产市场才能打破政府对房地产一级市场的垄断，使房地产价格回归到正常的市场价。这是房地产市场化改革必经之道。
还有一种意见是划出“圈外”、“圈内”的限制：在规划的城镇建设用地区外的集体土地可以入市，区内的集体土地则不能入市，必须先征为国有，才能建设。理由是为维护城市土地国有。这条限制也值得商榷。1982年前城市土地国有化是为了消灭私有制，建设苏联模式的社会主义；现在土地已全盘公有化，为什么只能在国有土地上建设城市，而不能在集体土地上建设城市呢？况且，目前已有一些在集体土地上建设小城镇的成功实例，如北京市郑各庄等。所以，划分“圈外”、“圈内”的限制也无必要。
所以，集体土地（建设用地使用权）应全面开放入市，同时加强与国有土地相同的规划管理、市场监管，这样才能把征地范围缩小到“公共利益的需要”之内。
如何确定征地补偿标准
这是征地制度改革中的关键。所有强征强拆致命案件都是因为征地补偿谈不拢所致。据国土资源部资料，“十一五”期间征地补偿费由2003～2005年全国平均每亩3.5万元提高到2009年的4.1万元，而同期土地出让金（含存量建设用地的出让金）由每亩21.8万元提高到每亩51.9万元。可见，虽然提高了征地补偿费，但政府从农民手中拿走的财产性收入更多。这是近年强征强拆致命案件频发并愈演愈烈的根本原因。
在市场经济条件下，土地、房屋是其所有人的财产，这些财产的价值是按市场价格计算的。征收其财产而又不要求被征收者做出特别牺牲、减少其财产性收入，保证原有生活水平不降低，则就必须按市场经济等价交换原则，对被征地和房屋按其正常的市场价格（不是因垄断或投机形成的价格）进行补偿。这就是公平补偿，这样才能避免强征强拆。所以，征地补偿标准不能由政府确定，要由市场来定，只需明确规定一条：“征收土地及地上附着物按当时当地市场价格进行补偿”即可。
北京市这样做了，2004年《北京市建设征地补偿安置办法》规定：政府只规定“征地补偿最低保护标准”，具体的补偿方式、补偿款金额及支付方式则由征地单位与被征地集体经济组织或村委会协商决定，并创造了“大望京模式”。大望京村的协议补偿价实际上就是双方合意的市场价。2011年1月颁布实施的《国有土地上房屋征收与补偿条例》，也规定房屋征收的补偿金额不得低于征收之日的房地产市场价。所以，按市场价进行土地补偿势在必行。
另外，被征地农民在丧失土地所有权、使用权的同时，也被强制地丧失了在其土地上的劳动权，也需要补偿，即所谓“安置补助”。对劳动权的补偿：自谋职业者可给予货币补偿，作为创业的资本；不能自行就业者，要给予职业培训和失业保险，保证其重新就业；对丧失劳动能力者，给予养老保险。这样就能保证征地农民的长远生计。
一些地方实行“以保障换土地”、“留地安置”。社会保障是每个公民应享的权利，为什么农民非要用土地来换呢？何况低额度的社会保障与土地价格相比，完全是一种不等价交换，是变相剥夺农民财产的手法，绝不可行。
“留地安置”实际上是把原本属于农民集体的建设用地使用权还给农民，让农民自行开发土地取得收益，来弥补征地补偿费的不足；换言之是让农民自己来补偿自己。这在目前禁止集体土地入市的情况下，在经济发达的城郊地区尚可行，但仍需农民自行承担开发的风险；在没有开发机遇、办不成乡镇企业的农村地区，就得不到开发收益，如何能弥补征地补偿费之不足。在开放集体土地入市之后，“留地安置”也就立刻失去其必要性，再也不能作为安置补助的办法。
然而，上文简单明了的土地补偿标准和安置补助办法，在2004年以来的历次征地制度改革中，一直没有加以明确规定。原因是存在两个障碍：
一是思想认识的障碍。因为土地的市场价格中包含着“自然增值”，即区位地租的增值。不少人认为，这部分增值来源于种种社会非农建设所形成的级差地租的资本化，理应归社会所有，而不应归原土地所有者所有，并且说这是基本的经济学基础理论。然而，这并非经济学的基础理论，而是早就被马克思、恩格斯批判过的约翰·穆勒及其追随者蒲鲁东、孙中山等人的理论。
1848年英国经济学家约翰·穆勒在其著作中，把因人口增长、资本增加和生产技术进步造成的地租增值称之为“自然增值”，并说：“社会的进步和财富的增加，使地主的收入无时无刻不在增长；……他们不干活儿，不冒风险，不节省，就是睡大觉，也可以变得愈来愈富。依据社会正义的一般原则，他们究竟有什么权力获得这种自然增加的财富？”于是，设计了一套制度：在“确保地主得到其土地的现时市场价格”后，对土地因社会进步等“自然原因”而“增加的地租课以特别税”收归国家。孙中山接受穆勒的观点，制定了平均地权第一阶段“自报地价，照价征税，照价收买，涨价归公”的政策。
然而，马克思说：在生产领域，分配（指初次分配）不能由“公平”这个法的概念来调节，而是决定于参与生产的方式。在商品经济生产方式下，土地作为生产要素参与生产，其分配形式就是地租，其交换形式就是等价交换。按马克思的地租理论：地价是地租的资本化；地租的来源是剩余价值，但剩余价值之转化为地租是由于所有权、经营权的垄断，而非因土地所有者的投入或土地使用的收益。城市扩展、基础设施的完善确实使城郊集体土地获得外部经济效益，但是这部分外部经济效益之所以转化为级差地租（区位地租）的增值却是由于所有权、使用权的垄断，而非关土地所有者投入劳动与否。恩格斯在《论住宅问题》一书中，还直截了当地批评主张“这种增值是是未经土地所有者干预而形成的，所以不应归他所有，而应该归社会所有”的蒲鲁东主义者说：“他却没有察觉到，他这样说实际上就是要求废除地产。”
一直实行低价征购土地的新加坡，在2007年修改了《土地征购法》，以征购之日的市场价格作为征地补偿标准。在一向实行孙中山“涨价归公”的台湾地区，在近年一次征地纠纷爆发后，马英九立刻宣布要修改土地征收条例，征地按市价补偿，以宣示土地正义。我们进行征地制度改革是以马克思的地租理论为指导，还是以穆勒、蒲鲁东、孙中山的思想为指导呢？
还有人顾虑：按市场价格补偿会造成农民“一夜暴富”，“带来更大的不公平和混乱”。的确，在深圳等地方的征地拆迁中是拆出一些亿元户、千万元户。问题是这些被征地（使用权）、被拆房是不是被征地户的合法财产，若是，则这些被征地户早就是富有的亿元户、千万元户了，一次征地不过是将他的财产变现罢了，何来“一夜暴富”？也确实有些征地亿元户、千万元户买起了宝马、奔驰车，犯了“征地综合症”。这是因为他们熟悉的投资渠道——建厂房、“小产权房”出租出让被封杀，而又没有他们会做的新投资渠道所致。
二是经济上的障碍。政府征地按集体土地所有权的市场价格补偿，就没有多少出让金收益。征地本来就不是一桩赚钱的买卖。世界各市场经济国家没有一国政府是靠征地、卖地来建立土地财政的。唯独中国大陆，靠低价征地、高价出让，建立了庞大的“卖地财政”，2010年土地出让金收入2.9万亿，相当于地方财政收入的71%；而且地方政府对“卖地财政”的依赖已如此之深。农村土地整治、城市基础设施建设、保障房建设都要靠土地出让金收益开支，10.7万亿地方债务中有2.5万亿要靠土地出让金偿还，还要从出让金收益中提取10%作为水利基金，10%作为教育资金。在这种情况下，就不可能启动会导致减少出让金收益的征地按市价补偿的改革。
所以，为消除这个障碍，还需要与财税制度改革相配合，要调整涉地的租、税、费，开征不动产税（或分别征收土地使用税、房产税），改进转移支付办法，使地方政府有稳定的、与其事权相匹配的地税体系，以取代“卖地财政”，然后才能顺利进行征地制度改革。
如何规定合理的征地程序
征地拆迁是一桩重大的产权变动，必须要符合《物权法》规定的物权变动合意加公示的规则模式。征地虽是强制性的政府行为，为了公共利益，被征土地必须交付国家，但对补偿方式、补偿款金额及支付方式应当取得当事人合意，才能保障农民权益不受损害。
现行征地程序是：市县政府拟定征地方案，经上级土地管理部门批准后，10日之内公告，45日之内拟定征地补偿安置方案，再次公告，听取被征地农民集体和农民意见；有争议的协调，协调不成，由批准征地的政府裁决；但征地争议不影响征地方案的实施。整个征地程序中一切都由政府决定，虽有公示，但没有征地当事人双方必须就产权转移取得合意（当事人一致的意思表示）的规定。这是强征强拆之所以盛行的重要原因。
所以，现行的征地程序要改：在政府公布征地方案后，要明确规定有一个“当事人双方签订征地协议”的步骤；在协议过程中，征地与被征地双方有平等的谈判权；在征地协议中，写明当事人双方合意的补偿方式、补偿款数额、支付方式以及先补偿后交付的条款。
被征土地、房屋等价格可以由当事人双方协商决定，也可以由独立于政府、当事人双方都信任的估价机构来决定。被征地户要价过高，超过市场价，达不成协议时，要提交中立的法院来裁决，而不是由当事人之政府来裁决。地方政府官员不按征地程序办事，强征强拆也要承担法律责任，提交法院惩处。这样才能保证征地制度的公正性。
