现代大学制度是人类文明的共同成果，如同现代企业制度一样具有普适性。它曾经在中国长期、有效地运行过，创造了抗战时期西南联合大学的教育奇迹，现在也仍在包括台湾、香港在内的华人地区有效地运行。因而，不存在“水土不服”的问题。
尽管现代企业制度早已深入人心，现代大学制度却依然面目不清。今天我们需要特别认识制度改革的重要性。也许，应当拍一部教育版的《大国崛起》，认识知识权威的确立、大学的兴衰与大国的兴衰的特殊关系；认识大师云集、人才辈出的气象，绝不是急功近利的短期政策可以催生的，而是一种制度文明的产物。同样值得认识的是现代大学制度是人类文明的共同成果，如同现代企业制度一样具有普适性。它曾经在中国长期、有效地运行过，创造了抗战时期西南联合大学的教育奇迹，现在也仍在包括台湾、香港在内的华人地区有效地运行。因而，不存在“水土不服”的问题。大学的核心制度、大学制度创新的根本要义，就是确立“学术本位”的价值，在大学实行学术内行的民主管理，使教授真正拥有学术权力。丁学良曾经说过，知识经济时代是以知识分子的创造性活动为根本价值的，如果仍不能确立知识分子的核心地位，那就免谈“知识经济”。的确，时至21世纪，如果一所大学仍没有建立学术自由的价值，教授不拥有学术权力，那么无论它的楼宇多么高大、校园多么辽阔、设施多么豪华、校长是正部级还是副总理级，它也不可能是现代意义上的大学，更遑论什么世界一流。
长期以来，教育的贫困掩盖了教育自身的严重问题。显而易见，没有实质性的制度变革，不破除高等教育的行政化和官本位，仅仅靠增加投入和引进海外人才，不可能从根本上提升我国大学的教育品质和学术竞争力。高校暴露的问题，凸显了先进的发展观与落后的教育体制的矛盾。由于教育产出的质量具有复杂性、潜在性、迟效性等特点，不像医疗、住房的影响那样直接，对决策者不易形成显在的压力。因而，我们已经有了6套医改方案，却并没有一套教改方案，甚至沉溺于问题不大、水平尚可的自我安慰之中。对教育改革缺乏危机感和紧迫感的迟钝，与我国财政性教育经费占GDP的比例难以达到4％一样，是我国教育落后的两个最典型的表征。
重新焕发中国大学的精神活力和创造力，是高等教育改革的基本任务，这就需要恢复大学的自主性，重建现代大学制度。这首先是指政府治理模式的改革，按照“责任政府、法治政府、服务政府”的理念，转变和规范政府行为，落实高等教育法所规定的高等学校的各项办学自主权，建立新型的政校关系。要改变目前大学作为“政府代理机构”的尴尬现实，关键是要改变政府直接办学的模式，最终取消高校的行政上级，使大学真正成为“面向社会自主办学的法人实体”。相应地需要一系列的制度支撑，比较重要的，一是改革大学拨款制度，由政府和大学之外的第三方进行高校办学质量和绩效评估，并根据评估结果进行拨款。二是建立大学校长遴选制度，大学校长按照学校发展的需要，由专家系统经过深入细致的遴选产生。三是取消大学的行政级别，如大型国企已经实行的那样。建议首先取消“副部级”高校的级别以为示范。通过高校职员等级制的建立，最终取消高校各级干部的行政级别。一些政府部门已经实行的改革，例如减少领导人数、党委领导实行一正二副的改革，高校也应当实行。
高等学校内部的管理体制改革，核心是实行基层民主和学术民主，建立学术本位的管理。近年来我国部分高校实行的教授委员会的实践，体现了这一努力。自2000年东北师范大学首倡在学院一级建立教授委员会以来，目前全国已经有几十所高校实行教授委员会制度，其中东北师大实行的是“教授委员会集体决策基础上的院长(系主任)负责制”，教授委员会的权限最大，中南大学则建立了学校一级的教授委员会。虽然各校教授委员会的授权不一，作用有限，但这一制度所建树的管理理念和架构仍有重要意义，有可能成为一个生长点，逐渐由虚变实，由软变硬。
在我国政治体制改革、行政体制改革、事业单位改革尚没有整体开展的情况下，恢复高校的自主性绝非易事。但应该看到，基层的探索和制度创新仍然是有价值的。事实上，一场真正的改革，必然是自上而下和自下而上两种努力的合力。自上而下的教育体制改革，需要自下而上的实践和启动。在这一过程中，名校肩负特别重要的社会责任，尤其应当主动探索，率先改革。
