治疗儿童孤独症应采取综合性的措施，常用的有以下一些方法：
(1)早期发现并干预：孤独症起病较早，尤其是不足周岁的孩子各方面都尚未发育，其言行是否异常有时较难辨别。因此，家长在日常生活与孩子密切的接触中，若发现有异常的蛛丝马迹，应有意识地多加留意。因为早期发现病情，早期采取干预措施，予特殊的教育方法对患儿进行矫治，对患儿日后病情好转有着一定的影响。
(2)训练教育：首先要对患儿家长进行教育，家长在得知自己孩子患了孤独症后，往往会产生焦虑、恐慌、绝望或内疚等情绪，家长的不良情绪会对患儿治病带来严重干扰，故做好家长的教育工作十分重要。告知其孤独症的情况及需要采取的措施和方法，配合医生共同对患儿做训练教育工作。在教育治疗过程中，应根据每个患儿的具体症状、严重程度制定针对性的计划，其中注视和注意力的训练是最基本的，对患儿一些固定的刻板动作和僵化的思维方式等应予逐步纠正。训练教育是一项长期而艰苦的工作，但若能持之以恒，则必定会有收获。
(3)行为治疗：孤独症患儿通过适当的行为治疗，能增强他们对社会的适应能力，如果在治疗中再结合一些专门技能的训练，可使患儿掌握一定的社会技能。此外，行为治疗还可以促进和提高患儿的语言能力，并使他们的异常行为获得显著改善。
(4)药物治疗：药物治疗不能改变患儿的病程，但可在一定程度上控制某些症状。常用的药物有氟哌啶醇，每日0、5~4毫克，分2次服用；利培酮（维思通）每日0、5~2毫克，分2次服。这两种药物能控制患儿活动过度、冲动和刻板行为等。患儿孤独伴有抑郁及刻板、强迫动作时，可用氯米帕明，每日12、5~50毫克。哌甲酯（利他林）可改善活动过度和注意力涣散症状。近年来，有报道用纳曲酮、维生素b6等治疗儿童孤独症，部分患儿的症状得到了明显改善。
