1853年6月3日，4艘黑色的大船闯进了日本幕府的咽喉要地一一江户湾的浦贺港。就像在平静的湖水中投进了一块石子，这四艘大船的到来，在闭关锁国200余年的日本，激起了轩然大波。有100多万人口的江户城中敲起了警钟，全城陷入混乱，许多人开始向乡下逃亡。当天午夜，在300英里外的京都，孝明天皇也从信鸽传来的情报中，得到了黑船到来的消息。
这4艘黑色大船，是美国东印度舰队司令培里率领的一支舰队，它的使命就是要敲开日本的大门。6月9日，在13响号炮声中，培里率军乐队及水兵300人登陆，向日本当局递交了美国总统米勒尔·菲尔莫尔致日本国皇帝的国书。国书中说：“我们从加利福尼亚启航的汽船18天就可以到达日本……如果陛下能一改古时的法律而准许两国自由通商，则将对双方都极有好处……有时遇上飓风天气，我们的船只会在贵国海岸遇难，在发生各种这类事故时，我们要求并期望贵国，给予我国不幸遇险的人民以仁厚的待遇，同时保护他们的财物，直到我们派船接走他们为止……我们知道，贵国有极丰富的煤和粮食，希望我们的汽船以及其他船只能获准在日本停泊，以便补给煤、食品和水，他们当按价付钱或贵国人民所指定的物品来抵偿。对此，我们不胜企望。”国书是写在上等牛皮纸上的，打上了美国国玺的烫金大印，用精致的梨木盒装着。为了迫使日本政府低头服从，培里又以私人名义写信，连同一面白旗一起送交日本当局，声称如果不答应美国的要求，美国就要兴师问罪，那时美国一定胜利，日本政府可以打着这面白旗求和……可是，日本当局仅仅接受了这封国书，并表示在请示皇上之前，不能给他们任何答复。因为美国舰队所带的粮食和淡水不多，并急着赶往中国执行其他任务，所以在约定第二年来听答复之后，培里便率舰队匆匆离去了。
当时的日本，仍然是幕府掌握国家大权的时代，执政的德川幕府已经维持了200多年。第121代孝明天皇，只是一个傀儡，政治上无权，经济上无钱，天皇登基时没有钱举行仪式，天皇死了后没有钱举行葬礼。活着的天皇也很无聊，按照幕府的规定，天皇只能做“与天皇身份相称的事情”，也就是读读书籍，写写诗歌，其他一切都无权参与，国家大事完全不许天皇过问，天皇改变年号要经幕府批准，甚至连天皇出巡都要得到幕府允许。一般老百姓就更不能对国家大事发表意见了。
但是这一次，面对着美国的坚船利炮，外强中于的德川幕府乱了手脚。就在这个关键时刻，第12代德川幕府将军在江户病逝。紧接着，4艘俄国军舰又驶入了长崎港……接二连三的打击，迫使幕府不得不一边向天皇汇报请示，一边下令全国诸侯、官吏以至平民百姓，都可以为这件事向朝廷献计献策。
由于天皇长期被排斥在国家权力机构之外，加上德川幕府的闭关锁国政策，使得天皇和朝廷大臣对世界形势的发展变化知道得极少，对于西方列强在东方的侵略扩张十分恐慌。22岁的孝明天皇接连17天向天神祈祷，希望神明保佑，排斥外夷，天下太平。但对美国总统同书中的要求。尽管有不少人主张与外国人通商，天皇和朝廷大多数大臣都主张强硬拒绝。
8个月以后，培里果然带着更大的舰队又来到了日本。在美国舰队的强大军事压力下，幕府被迫同意签订了《日美和好条约》。孝明天皇对此很不满意，在批评幕府决定的同时，还发布命令，把各个寺庙中的铜钟都熔化了用来铸造大炮，以加强海防守备力量。从这时开始，孝明天皇打破了德川幕府独裁的一统天下，天皇的社会地位逐渐得到提高，又重新在政治舞台上发挥作用了。
日本的大门轻而易举地被西方列强敲开，幕府的虚弱也就暴露出来了。幕府将军的正式名称是“征夷大将军”，如今真的有外夷打进来了，“征夷大将军”却完全无能为力！于是一些强大的诸侯，趁机要求废除幕府独裁，让他们这些诸侯也参加执政。还有不少有影响的思想家和文化人也都纷纷批判幕府的无能，积极主张进行改革。
1856年，美国驻日本总领事哈利斯到日本后，就开始胁迫德川幕府与美国签订通商航海条约。德川幕府经不起哈利斯的威逼利诱，没有经过天皇批准就签订了条约，然后才把情况报告天皇。孝明天皇得知这一消息后，非常生气，甚至以要退位来表示自己的抗议，并公开向一些诸侯表示自己对幕府的意见。许多诸侯和下级武士也纷纷反对幕府的这种做法，甚至准备暗杀幕
府的大臣。他们打出的旗号，是尊王与排外。排外的思想，最初本是德川幕府实行闭关锁国、维护幕府统治的理论，但是这时，却成了反对幕府的口号。因为德川幕府在西方列强的侵略面前，采取了无能为力的屈辱投降立场。改革派实际上是借助天皇的名份，要求抵御西方侵略，维护国家的独立。但这种主张遭到了幕府的镇压，当时出任幕府的首席大臣是并伊直粥，他下令逮捕和处分了100多人，其中有诸侯，有贵族，有朝廷大臣，有下层武士，当时的改革派先进人物几乎都被判处了死刑。因为这些事发生在安政年间，所以历史上称为“安政大狱”。
民间的反幕府志士们，并没有被井伊直弼的高压手段所吓倒，他们进行了强烈的反抗。而孝明天皇也不能容忍井伊直弼对他的藐视。京都皇宫中孝明天皇居住的地方，成了尊王派的地下司令部，孝明天皇的妃子中山庆子亲自准备米酒和蜡烛，用来招待尊王派的诸侯和武士。中山庆子虽然出身在贵族家庭中，但是她们一家曾多次遭受德川幕府的打击，所以她积极支持孝明天皇与德川幕府坚决斗争。终于，孝明天皇下定了决心，让忠于他的武土们暗杀井伊直弼。
1860年3月3日，水户和萨摩地方的18名下层武士，趁着漫天大雪，埋伏在江户城樱田门外，等井伊直弼坐着轿子经过这里时，突然冲杀出来。井伊直弼的警卫人员虽然有60多名，但因为穿戴着笨重的雨衣和斗笠，行动不便，竟没有能挡住武士们的勇猛进攻。并伊直弼在轿子里被刺伤，接着又被拖出轿子，砍下了脑袋。井伊直弼的脑袋最后送到了孝明天皇手中，孝明天皇下令将它挂在一个刑场上示众，一直挂了好几个星期，旁边的告示上写着，“这就是卖国贼的首级，他违犯了日本‘严禁招引洋人入国，的最神圣的法律。”幕府的首席大臣被人杀掉，在日本是史无前例的。这次事件在日本历史上被称为“樱田门外事变”。从此以后，主张尊王排外的下层武士成了日本政治舞台上的主角。
孝刚天皇则成了这些改革志士的一面旗帜。
那以后的一段时间，谴责德川幕府卖国的传单经常在夜深人静时贴满了大街小巷。许多寺院里出现了据说是古代神灵留下的“天书”，预言德川幕府的末日已经来临。成帮结伙的行动队戴着假面具在陆路上拦截邮件，在海路上抢夺商船的财宝，并分发给穷苦百姓。有一群武士甚至闯进了德川家的家庙，把德川幕府前13代将军塑像的头都砍了下来。各地的武士聚集在京都，向孝明天皇表示自己的忠心。许多诸侯和官僚积极劝说孝明天皇下令起兵推翻德川幕府。但是，孝明天皇与这些改革志士的思想是有区别的，他坚决主张排外，然而却不主张打倒幕府。他并不想自己直接来治理这个困难重重的国家，希望仍旧由幕府承担这个重任，他则可以高高在上，做一个批评者与指导者。德川幕府看到了这一点，也就努力利用这一点来巩固自己的权势。
在全国蓬勃发展的尊王排外运动中，德川幕府不得不作出一些让步。1863年1月，朝廷宣布赦免在“安政大狱”中受到迫害的改革派人士，高杉晋作等人为当时的殉难者进行了声势浩大的改葬。接着，德川幕府勉强同意以5月10日为排外日。但是幕府并没有真正改变立场，它实际上是以此作为缓兵之计，仍然在寻找向改革派进行反扑的时机。
5月10日，尊王排外派斗士高杉晋作，首先在长州向西方侵略者发起攻击，炮击了经过马关的美国商船，这艘商船被打得差一点沉没，东倒西歪地逃走了。他们急忙兴奋地向天皇报功。美国公使当即向德川幕府提出抗议，要求他们管好各地的诸侯。德川幕府闭口不提孝明天皇的排外指示，把炮击事件说成是地方诸侯在发动内乱，并暗示外国人可以按自己的意愿行事。这就等于是出卖了长州。于是美国和法国的海军立刻进行了残酷的报复，击毁了长州海岸的全部74门大炮。为防止外国侵略者更大规模的军事报复，高杉晋作担起了防守马关的重任。高杉晋作曾经到中国的上海进行考察，一方面，他亲眼看到了中国沦为半殖民地社会的教训，另一方面，他也更清楚地了解到西方资本主义发展的历史和当时的国际形势，认识到盲目排外、闭关锁国并不能使国家强盛起来，正确的道路应该是一边改革国内腐朽的幕府政治，一边学习资本主义的富国强兵之术。他认为过去的武士己不能适应今天的战争需要，所以打破了日本历史上不许武士以外的平民参军的传统，从农民、渔民这些普通老百姓中招募了大量兵士，进行严格的训练，组成了一支战斗力很强的“奇兵队”。后来，这支队伍在抵御外敌和打击幕府上起了很大的作用。
孝明天皇得到外国军队攻击马关的消息后很愤怒，在8月13日发布诏书，宣布要亲自出征，去与西方侵略者作战。为此，孝明天皇决定在8月18日去祭莫祖先神灵，希望能得到祖先和神灵的保佑。
一旦天皇的计划得以实现，就等于让尊王排外派掌握了全国的军事和政治大权，就在这个关键时刻，德川幕府和顽固派迫不及待地进行了反扑。他们在8月17日深夜至18日凌晨发动了宫廷政变，把尊王排外派的大臣以及长州等地的尊王排外派武士2600多人赶出了京都。一些尊王排外派的领袖被逮捕甚至被处死，孝明天皇又落入了幕府的控制之中。这个时候，天皇个人究竟是什么政治主张已经无关紧要了，无论谁把天皇抓在手中，都可以用天皇的名义号令天下。所以一夜之间，京城又成为幕府和顽固派的天下，朝廷中的重要职位都换上了幕府的大臣。这次政变被称为“八一八政变”。
尊王排外派的武士只得撤往长州，重新聚集力量。过去，他们始终认为，自己是按照孝明天皇的旨意行动的，是天皇的忠臣义士。可是现在，他们却被赶出了京城，他们感到自己是被孝明天皇出卖了，于是不断发动反攻，企图打败幕府，夺回京城。1864年7月，以长州的改革志士为核心的尊王排外派力量，攻入京城，与幕府军在皇宫禁门展开了激烈的战斗，枪炮声、厮杀声响成一片。改革派希望能够攻入皇宫，把孝明天皇抢到自己手中，这样他们就有了号令全国的力量。这时孝明天皇与皇后、太子躲在宫殿中，被不时传来的震耳欲聋的枪炮声吓得魂不附体，他甚至已经让人抬来了御轿，随时准备逃离皇宫。但是，尊王排外派的军队终究没能攻进皇宫，最后还是被幕府军打败了。德川幕府立刻进行反攻，以“进攻皇宫”这个“大逆不道”的罪名，调动全国的军事力量讨伐长州。与此同时，英、法、美、荷4国也组成联合舰队，向长州的马关发动进攻。长州的改革派军队抵挡不住，当地的诸侯向幕府投降，尊王排外派力量四散逃走，坚持了4年多的尊王排外运动到此结束。
但是，日本的改革运动不但没有结束，而且在这次血与火的洗礼中得到了提高。1865年1月，以高杉晋作为首的“倒幕派”走上了历史舞台，他们认识到，天皇和诸侯都是靠不住的，盲目排外也是行不通的，日本改革的第一步，首先就是要打倒幕府。他们在马关发动了起义，经过3个月的艰苦奋战，重新夺回了长州的控制权。从此，日本国内的政治局面发生了根本性的变化。
高杉晋作在长州首先实行政治改革，并起用精通西方军事的将领进行军事改革，同时执行打开国门求进取的政策，致力于长州新政权的富国强兵。这时，他们也没有放弃争取孝明天皇的支持，向孝明天皇上书，要求罢免幕府派的大臣，为“八一八政变”中遭到不公正处罚的改革派大臣恢复名誉，让他们重新担任政府的领导职务。但是，尽管德川幕府的统治已经摇摇欲坠，孝明天皇还是盲目地坚持维护幕府，拒绝了改革派的所有要求。1866年6用，德川幕府发动了第2次讨伐长州的战争，但是这时，日本国内爆发了全国范围的大动乱，城市居民和农民都起来造反，捣毁官衙和监狱，袭击粮店和富商，使德川幕府的政治经济中心江户和大阪都陷于混乱，给幕府统治沉重的打击。而幕府大军遇到了装备先进、士气高昂的长州军队的英勇反击，一败涂地。7月20日，第14代将军德川庆福病死，战争很快就以幕府军的彻底失败宣告结束。
在这一场关系到日本民族生死存亡的大动荡中，孝明天皇左右摇摆不定，因为固守几百年来幕府执政的形式不知道变革，他终于从改革派的一面旗帜，走到了自己的反面，变成了阻碍改革发展的绊脚石。
1866年12月，年仅36岁的孝明天皇因患天花突然死去。德川幕府失去了最后一个有力的支柱，很快土崩瓦解。日本历史上具有伟大意义的明治维新也就来到了。
