严重者可有脱水、酸中毒，甚至休克、昏迷。肉毒杆菌中毒可引起失明，吞咽和呼吸困难，因呼吸麻痹死亡；真菌可引起肝、肾损害，惊厥，中性粒细胞减少、血小板减少等。
1.脱水
由于呕吐腹泻丢失大量水分，如不能即时补充，严重时会导致休克，甚至有生命危险，必需要及时补充体液。脱水可分为高渗性脱水、低渗性脱水和等渗性脱水，根据脱水的性质给予相应张力的液体。
2.酸中毒
腹泻可致碱性肠液丢失，严重脱水可致微循环缺氧，二者均可导致酸中毒。
3.休克
脱水、酸中毒、毒素等致病因素作用于机体，可引起有效循环血量减少，导致器官和组织灌流不足，出现多器官机能障碍或衰竭。
4.呼吸衰竭
严重的并发症如休克、脑水肿，或一些食物中毒本身如肉毒杆菌毒素可出现肌肉麻痹，而致呼吸衰竭的发生。
5.惊厥
严重的肝功能损害，休克、脑水肿，或一些神经毒性食物中毒都可引起惊厥，患儿出现抽搐、昏迷。
