黑木耳在植物分类学上，属于真菌门，担子菌纲，异担子菌亚纲，银耳目，木耳科，木耳属。
(一)形态特征 黑木耳是一种大型真菌，由菌丝体和子实体组成 。菌丝体无色透明，是由许多具横隔和分支的管状菌丝组成。子实体是由朽木内的菌丝体发育而成，初时圆锥形、黑灰色、半透明。逐渐长大呈杯状，而后又渐变为叶状或耳状，胶质有弹性，基部狭细，近无柄，直径一般为4～10厘米，大的可达12厘米，厚度0.8～1.2毫米，干燥后强烈收缩成角质、硬而脆。背面凸起，密生柔软而短的绒毛，腹面一般下凹，表面平滑或有脉络状皱纹，呈深褐色至黑色，这一面有子实层。担子圆筒形。担孢子为肾形或腊肠形，无色透明。担孢子多的时候，呈白糊糊的一层，待子实体干燥后又象一层白霜粘附在子实体的复面。
(二)生活史 黑木耳属异宗结合二极性的菌类。担孢子具有“+”和 “-”不同的性别，其性别是受一对遗传因子所控制。担孢子在适宜条件下萌发成单核菌丝或形成镰刀状分生孢子，由镰刀状分生孢子再萌发成单核菌丝。单核菌丝和担抱子的性别是一致的。
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